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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 建树的依据
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邹忌

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 建树的依据

建立系统进化树中用的数据是blast之后的数据做出来的，还是要找出其他的但是BLAST结果没有物种加进去，才算数据合理。例如我做的鱼的一个免疫基因，我blast之后，相似的结果都是鱼中的免疫基因，这个时候建树要不要假如哺乳动物的样本，例如，人，猪等
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不是不能，只是不想
1楼 2013-02-21 15:03:30
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fding1128

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
邹忌: 金币+2, ★有帮助 2013-03-03 08:35:29
我觉得取决于你的研究目的。

如果你选定你研究的物种范围只有鱼类，那就可以。如果你选定是更广的物种范围，那就都应该包括进去。

另外，blast出来的结果显示出来的是有限的。显示的比对结果的最大数目，缺省值250，你可以更改这个默认参数。但即使这样远源的不见得显示出来。用homologene 查找你感兴趣的物种中的同源基因，补充到现有的同源序列中，也是可以的。
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2楼2013-03-02 13:46:37
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