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172304

铁虫 (小有名气)

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[求助] 赝试基组输入出错，求教

# opt  wb97xd/gen pseudo=read scf(maxcycle=1000) test

Title Card Required
。。。（分子结构）。。。
H                                                 24.42253670 26.91113767 30.34576750

C H N O 0
3-21G
****
Cd  0
lanl2dz
****

Cd  0
lanl2dz

按照这个输入，计算结果出错：

。。。
H                   24.42254 26.91114 30.34577

Error parsing secondary structure:
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
C H N O 0
'
Last state="Top"
TCursr= 31 LCursr= 0
Error termination via Lnk1e in /root/g09/l101.exe at Tue Feb 19 10:20:19 2013.
我实在想不出哪不对了，请指教

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1楼2013-02-19 11:11:10

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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

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2楼2013-02-19 16:14:59

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172304

铁虫 (小有名气)

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19-Feb-2013
******************************************
%nprocshared=8
Will use up to 8 processors via shared memory.
%chk=zds-triph-2.chk
%mem=16GB
----------------------------------------------------
# opt wb97xd/gen pseudo=read scf(maxcycle=1000) test
----------------------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=7,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,71=1,74=-58/1,2,3;
4//1;
5/5=2,7=1000,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=7,6=1,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,71=1,74=-58,82=7/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,7=1000,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =-12 Multiplicity = 1
C(PDBName=C30,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.19    5.84    20.456
O(PDBName=O7,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.96995 6.03132 20.69775
C(PDBName=C30,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.428 15.485 20.532
O(PDBName=O7,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.87092 14.33077 20.76682
C(PDBName=C30,ResName=MOL,ResNum=2) -1 17.456 18.664 20.537
O(PDBName=O7,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.2328 19.62216 20.78618
Cd(PDBName=Cd2,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.132 5.965    23.001
C(PDBName=C11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.142 2.807    22.908
H(PDBName=H11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.291 3.175    22.825
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.293 1.432    22.893
H(PDBName=H12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.541 0.887    22.831
C(PDBName=C13,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.562 0.849    22.967
C(PDBName=C14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.621 1.763    23.084
H(PDBName=H14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.496 1.452    23.132
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.37    3.114    23.128
H(PDBName=H15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.089 3.696    23.227
C(PDBName=C17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.055 9.278    22.931
C(PDBName=C19,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.932 10.77    22.978
C(PDBName=C20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.765 9.635    23.086
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.688 9.706    23.173
C(PDBName=C21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.109 8.399    23.054
H(PDBName=H21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.646 7.637    23.075
C(PDBName=C22,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.518 12.134 23.013
C(PDBName=C23,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.042 5.86    25.589
N(PDBName=N3,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.193 3.617    23.041
N(PDBName=N5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.829 8.209    23.
N(PDBName=N6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.837 12.247 23.03
O(PDBName=O4,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.82088 5.98345 25.31116
O(PDBName=O5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.89438 5.79867 24.66528
O(PDBName=O8W,ResName=MOL,ResNum=2) -1 17.879 6.411    22.965
H(PDBName=H17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 28.562 12.026 22.898
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 26.651 12.559 22.97
H(PDBName=H18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 26.316 11.694 22.951
Cd(PDBName=Cd2,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.22    10.039 30.219
C(PDBName=C11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 33.137 8.476    30.282
H(PDBName=H11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 33.488 9.333    30.374
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 33.992 7.388    30.283
H(PDBName=H12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 34.911 7.524    30.342
C(PDBName=C13,ResName=MOL,ResNum=2) -1 33.493 6.084    30.197
C(PDBName=C14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 32.097 5.997    30.086
H(PDBName=H14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 31.689 5.163    30.031
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 31.33    7.138    30.056
H(PDBName=H15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.409 7.051    29.961
C(PDBName=C17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 27.956 12.458 30.324
C(PDBName=C19,ResName=MOL,ResNum=2) -1 25.571 12.211 30.285
C(PDBName=C20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 25.77    10.818 30.161
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 25.061 10.224 30.071
C(PDBName=C21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 27.104 10.394 30.183
H(PDBName=H21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 27.253 9.475    30.152
C(PDBName=C22,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.197 12.775 30.262
C(PDBName=C23,ResName=MOL,ResNum=2) -1 29.632 9.355    27.626
N(PDBName=N3,ResName=MOL,ResNum=2) -1 31.819 8.32    30.154
N(PDBName=N5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 28.151 11.154 30.241
N(PDBName=N6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.177 11.932 30.24
O(PDBName=O4,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.41928 10.29458 27.91053
O(PDBName=O5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 29.06998 8.70485 28.54524
O(PDBName=O8W,ResName=MOL,ResNum=2) -1 31.517 11.934 30.269
H(PDBName=H17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.957 8.467    30.35
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.948 10.185 30.292
H(PDBName=H18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.793 9.803    30.303
C(PDBName=C30,ResName=MOL,ResNum=2) -1 29.562 9.183    32.757
O(PDBName=O6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 29.05196 8.53896 31.80377
O(PDBName=O7,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.29843 10.17612 32.5226
O(PDBName=O6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.00925 5.72728 21.40452
Cd(PDBName=Cd2,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.83    14.484 23.07
C(PDBName=C11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 34.061 15.206 23.009
H(PDBName=H11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 34.168 14.286 22.918
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 35.176 16.025 23.009
H(PDBName=H12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 36.024 15.647 22.95
C(PDBName=C13,ResName=MOL,ResNum=2) -1 35.045 17.415 23.095
C(PDBName=C14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 33.724 17.874 23.205
H(PDBName=H14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 33.555 18.786 23.26
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 32.679 16.981 23.234
H(PDBName=H15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 31.815 17.312 23.329
C(PDBName=C17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 28.    12.762 22.964
C(PDBName=C19,ResName=MOL,ResNum=2) -1 25.769 13.641 23.001
C(PDBName=C20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 26.334 14.929 23.126
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 25.811 15.692 23.215
C(PDBName=C21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 27.733 14.979 23.104
H(PDBName=H21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 28.124 15.825 23.136
C(PDBName=C22,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.294 13.467 23.024
C(PDBName=C23,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.446 15.302 25.663
N(PDBName=N3,ResName=MOL,ResNum=2) -1 32.832 15.71    23.137
N(PDBName=N5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 28.538 13.966 23.047
O(PDBName=O4,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.95211 14.1853 25.37944
O(PDBName=O5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.07989 16.07871 24.74308
O(PDBName=O8W,ResName=MOL,ResNum=2) -1 31.571 12.311 23.021
N(PDBName=N6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.085 14.073 30.255
H(PDBName=H17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 28.695 13.016 30.39
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 26.712 13.016 30.318
H(PDBName=H18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 26.621 13.939 30.336
O(PDBName=O6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 30.11021 16.24291 21.48497
N(PDBName=N6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.69    13.14    23.033
H(PDBName=H17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.136 9.16    22.868
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.554 10.547 22.949
H(PDBName=H18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.972 11.271 22.94
Cd(PDBName=Cd2,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.615 8.637    30.193
C(PDBName=C11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 13.803 6.891    30.249
H(PDBName=H11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 14.371 6.158    30.33
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 12.434 6.695    30.252
H(PDBName=H12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 12.093 5.831    30.303
C(PDBName=C13,ResName=MOL,ResNum=2) -1 11.554 7.78    30.181
C(PDBName=C14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 12.176 9.034    30.082
H(PDBName=H14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 11.658 9.804    30.037
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 13.547 9.127    30.048
H(PDBName=H15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 13.932 9.97    29.96
C(PDBName=C17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.843 9.387    30.294
C(PDBName=C19,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.821 11.576 30.275
C(PDBName=C20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.515 12.102 30.162
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.354 13.014 30.083
C(PDBName=C21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.481 11.158 30.178
H(PDBName=H21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 17.61    11.489 30.154
C(PDBName=C22,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.997 12.484 30.257
C(PDBName=C23,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.307 9.517    27.611
N(PDBName=N3,ResName=MOL,ResNum=2) -1 14.327 8.112    30.132
N(PDBName=N5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.616 9.871    30.221
O(PDBName=O4,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.72781 8.36224 27.88122
O(PDBName=O5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.02748 10.31825 28.54021
O(PDBName=O8W,ResName=MOL,ResNum=2) -1 17.608 6.566    30.217
C(PDBName=C30,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.213 9.606    32.744
O(PDBName=O6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 15.90649 10.3799 31.80023
O(PDBName=O7,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.70354 8.47411 32.49548
Cd(PDBName=Cd2,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.103 19.49    23.088
C(PDBName=C11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 15.863 21.927 23.032
H(PDBName=H11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.606 22.481 22.951
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 14.596 22.483 23.027
H(PDBName=H12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 14.5    23.407 22.976
C(PDBName=C13,ResName=MOL,ResNum=2) -1 13.457 21.675 23.097
C(PDBName=C14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 13.719 20.3    23.197
H(PDBName=H14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 13.013 19.697 23.241
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 15.015 19.841 23.232
H(PDBName=H15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 15.16    18.926 23.32
C(PDBName=C17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.01    17.9    22.99
H(PDBName=H17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.367 18.756 22.934
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.86    16.834 22.992
H(PDBName=H18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.777 16.976 22.981
C(PDBName=C19,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.364 15.529 23.008
C(PDBName=C20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.965 15.373 23.121
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.565 14.538 23.2
C(PDBName=C21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.222 16.56    23.104
H(PDBName=H21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.294 16.475 23.128
C(PDBName=C22,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.252 14.338 23.027
C(PDBName=C23,ResName=MOL,ResNum=2) -1 17.567 18.725 25.67
N(PDBName=N3,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.039 20.61    23.149
N(PDBName=N5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.698 17.763 23.062
O(PDBName=O4,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.28348 19.72378 25.40044
O(PDBName=O5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 17.08355 18.02815 24.74035
O(PDBName=O8W,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.615 21.218 23.065
N(PDBName=N6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.537 14.553 23.045
Cd(PDBName=Cd2,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.203 21.12    30.283
C(PDBName=C11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.098 24.427 30.375
H(PDBName=H11,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.179 24.301 30.458
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.613 25.711 30.391
H(PDBName=H12,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.035 26.438 30.452
C(PDBName=C13,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.992 25.932 30.317
C(PDBName=C14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.766 24.767 30.202
H(PDBName=H14,ResName=MOL,ResNum=2) -1 25.693 24.831 30.154
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.162 23.533 30.156
H(PDBName=H15,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.698 22.779 30.058
C(PDBName=C17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.239 17.949 30.352
H(PDBName=H17,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.386 18.309 30.416
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.378 16.592 30.335
H(PDBName=H18,ResName=MOL,ResNum=2) -1 20.624 16.051 30.343
C(PDBName=C19,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.646 16.007 30.307
C(PDBName=C20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.754 16.876 30.199
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.624 16.561 30.113
C(PDBName=C21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.454 18.244 30.231
H(PDBName=H21,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.176 18.833 30.21
C(PDBName=C22,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.845 14.535 30.272
C(PDBName=C23,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.11    20.975 27.695
N(PDBName=N3,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.892 23.364 30.243
N(PDBName=N5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.272 18.77    30.284
O(PDBName=O4,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.90059 21.18523 27.97197
O(PDBName=O5,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.94695 20.80572 28.61935
O(PDBName=O8W,ResName=MOL,ResNum=2) -1 19.913 21.295 30.318
N(PDBName=N6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 21.777 13.79    30.251
C(PDBName=C30,ResName=MOL,ResNum=2) -1 23.254 20.955 32.828
O(PDBName=O6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 24.07429 20.84453 31.88011
O(PDBName=O7,ResName=MOL,ResNum=2) -1 22.02763 21.09875 32.58528
O(PDBName=O6,ResName=MOL,ResNum=2) -1 16.95209 18.00085 21.48033
H(PDBName=H28,ResName=MOL,ResNum=2) -1 18.934 15.687 26.54
C(PDBName=C1,ResName=MOL,ResNum=2) 0    25.014 15.2    26.683
C(PDBName=C2,ResName=MOL,ResNum=2) 0    26.359 14.814 26.709
C(PDBName=C3,ResName=MOL,ResNum=2) 0    26.698 13.455 26.692
C(PDBName=C4,ResName=MOL,ResNum=2) 0    25.691 12.484 26.648
C(PDBName=C5,ResName=MOL,ResNum=2) 0    24.346 12.87    26.622
C(PDBName=C6,ResName=MOL,ResNum=2) 0    24.007 14.229 26.639
C(PDBName=C7,ResName=MOL,ResNum=2) 0    23.339 11.899 26.578
C(PDBName=C8,ResName=MOL,ResNum=2) 0    21.993 12.285 26.552
C(PDBName=C9,ResName=MOL,ResNum=2) 0    21.655 13.644 26.569
C(PDBName=C10,ResName=MOL,ResNum=2) 0    22.662 14.616 26.613
C(PDBName=C11,ResName=MOL,ResNum=2) 0    23.677 10.54    26.56
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=2) 0    22.67    9.569    26.516
C(PDBName=C13,ResName=MOL,ResNum=2) 0    21.325 9.955    26.49
C(PDBName=C14,ResName=MOL,ResNum=2) 0    20.986 11.314 26.508
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=2) 0    20.31    14.031 26.543
C(PDBName=C16,ResName=MOL,ResNum=2) 0    19.971 15.389 26.56
C(PDBName=C17,ResName=MOL,ResNum=2) 0    20.978 16.361 26.604
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=2) 0    22.324 15.974 26.63
H(PDBName=H19,ResName=MOL,ResNum=2) 0    24.753 16.248 26.696
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=2) 0    27.136 15.563 26.743
H(PDBName=H21,ResName=MOL,ResNum=2) 0    27.736 13.157 26.712
H(PDBName=H22,ResName=MOL,ResNum=2) 0    25.952 11.436 26.634
H(PDBName=H23,ResName=MOL,ResNum=2) 0    24.715 10.242 26.58
H(PDBName=H24,ResName=MOL,ResNum=2) 0    22.931 8.521    26.503
H(PDBName=H25,ResName=MOL,ResNum=2) 0    20.548 9.206    26.456
H(PDBName=H26,ResName=MOL,ResNum=2) 0    19.949 11.612 26.487
H(PDBName=H27,ResName=MOL,ResNum=2)  19.533 13.281 26.509
H(PDBName=H29,ResName=MOL,ResNum=2)  20.717 17.409 26.618
H(PDBName=H30,ResName=MOL,ResNum=2)  23.1    16.724 26.664
H                   16.05652 9.9104 33.75778
H                   23.59929 20.9267 33.84036
H                   29.3695 8.88618 33.76682
H                   29.44046 9.10891 26.60245
H                   16.18686 9.81759 26.59114
H                   23.4267 20.94018 26.67353
H                   30.32696 15.59109 26.68631
H                   21.35554 5.80718 26.61067
H                   17.36886 18.46827 26.68967
H                   17.22397 18.41316 19.52303
H                   21.5308 5.77317 19.44393
H                   30.3216 15.82198 19.52204
H                   12.46422 22.07354 23.07598
H                   10.49059 7.66302 30.20063
H                   20.7137  -0.20976 22.93683
H                   35.88617 18.0761 23.0782
H                   34.12573 5.2213 30.21448
H                   24.42254 26.91114 30.34577

Error parsing secondary structure:
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
C H N O 0
'
Last state="Top"
TCursr= 31 LCursr= 0
Error termination via Lnk1e in /root/g09/l101.exe at Tue Feb 19 10:20:19 2013.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  2.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

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3楼2013-02-19 18:32:08

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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

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172304: 金币+2, ★★★很有帮助, 很好 2013-02-20 13:50:01
gmy1990: 金币+2 2013-02-25 18:21:25

lz这个gjf输入文件是从pdb文件生成的吧？建议先把该文件打开，然后将分子结构copy，在新开一个gaussview窗口，粘贴，保存gjf文件，这时候生成的gjf文件里就是标准的高斯输入，不会有C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=2).....这样的内容。再试试应该就可以了，赝试基组格式没有写错

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4楼2013-02-20 10:43:23

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