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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请问物种多样性的分析中布雷柯蒂斯（Bray– Curtis）聚类分析有何优点
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lyfhd008

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1楼 2013-02-13 10:23:56
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diatom7890

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 谢谢详尽的解释 2013-02-15 07:20:22
lyfhd008: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 十分感谢啊！ 2013-02-15 08:56:09
所有聚类分析都是根据样本之间的距离来计算的，bray-curtis距离是反应两个群落差异性方面最常用的指标，大部分生态学家喜欢用这个指标表征两个群落的差异性。你做DGGE时，每个条带可以看做一个群落，用这个指标恰好可以满足条件。另外还有一些距离指标可以计算，比如纯粹的马氏距离方法等。不过bray-curtis更被生态学家所接受，因为其采用的基础数据试有无该物种，也就是该物种在一个群落中是否存在。这是因为1：各个物种的权重存在很大不同；2物种随着时间的变化很大，这一刻很少，但是下一刻就可能很多，所以不论多少，该物种在群落中都是存在的。
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垂死病中惊坐起 一只熊猫出墙来
2楼2013-02-14 17:48:11
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lyfhd008

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3楼2013-02-15 08:58:02
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diatom7890

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wizardfan: 金币+2, BioEPI+1, 谢谢补充，回答得很到位，以后保持 2013-02-16 08:08:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by lyfhd008 at 2013-02-15 08:58:02
请问有没有这方面的资料书或文献都行，想好好看看这方面资料，谢谢！...

可以参见这个pdf
http://www.econ.upf.edu/~michael/stanford/maeb5.pdf

另外如果对R软件熟悉的话，可以参考R中的vegan和ecodist这两个包，这两个包都涉及到了生态距离的计算

祝好运
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lyfhd008
垂死病中惊坐起 一只熊猫出墙来
4楼2013-02-15 17:25:44
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lyfhd008

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5楼2013-02-16 20:38:21
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diatom7890

木虫 (正式写手)
★
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2013-02-16 21:22:21
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垂死病中惊坐起 一只熊猫出墙来
6楼2013-02-16 21:00:58
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