| 查看: 1774 | 回复: 9 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
Mascot搜库结果，软件自动筛选了还是要根据protein scores再作筛选？
|
||
|
Mascot搜库后导出的csv文件，其中列出的鉴定到的蛋白还需要再用鉴定结果给出的protein scores筛选一下吧？得分在给出的protein score以上的，才是p-value小于0.05的？ 可是为什么format as 下面那行已经标注Significance threshold<0.05,难道是输出的结果软件已经自动按p-value筛选过了？  1.png |
回复此楼» 猜你喜欢
309分085801求调剂
已经有7人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有3人回复
-
求调剂：一志愿：南京大学 专业：0705 总分320 ，本科985，四六级已过
已经有3人回复
-
环境工程 085701，267求调剂
已经有14人回复
-
308求调剂
已经有12人回复
-
求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319
已经有21人回复
-
311求调剂
已经有8人回复
-
294分080500材料科学与工程求调剂
已经有13人回复
-
288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工
已经有19人回复
-
288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行
已经有23人回复
送鲜花一朵 8楼2013-01-31 11:03:51
wizardfan
管理员
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西岩: 金币+5, ★★★★★最佳答案, Thank you so much! 2013-01-30 20:58:35
感谢参与，应助指数 +1
西岩: 金币+5, ★★★★★最佳答案, Thank you so much! 2013-01-30 20:58:35
|
In my opinion, p-value having the statistical significance is far more important than mascot score (the value you select). According to http://www.matrixscience.com/help/msms_summaries_help.html Format Controls These controls enable the report format to be modified. After making changes, press the "Format As" button to reload the report using the new settings. Significance threshold The default significance threshold is p < 0.05. You can change this to any value in the range 0.99 to 1E-18. the p value is set to be 0.05 by default and the listed proteins have that level of significance. You can play with it by setting to a big number e.g. 0.5, reformatting the result and checking whether new protein turns up in the list and what is the p-value for them. |
2楼2013-01-30 17:27:40
3楼2013-01-30 21:42:42
4楼2013-01-30 21:43:38
