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如何将pdb文件批量转换为mol2格式文件？
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我要转换很多蛋白的pdb文件到mol2格式。试过amber自带的top2mol2程序，但是转换后的mol2文件在赋予电荷时会出现问题，部分残基无法赋予电荷。根据命令行信息，应该是sybyl不能在它的dictionary中找到这些残基，所有的残基都没有被当做大分子来看待。 在sybyl下使用for循环似乎只能针对database，而sybyl的database不支持pdb文件。难道只能一个一个手动转换了吗……求助！  PS：不知道问题阐述清楚了没有，明天我传两个不同转换方式得到的mol2文件上来吧，今天电脑关了…… |
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 酶的资料 | 分子模拟要术 |
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chaizhm
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9楼2013-01-26 18:21:47
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ValYu2楼2013-01-25 23:33:21
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我对 mol2 格式的文件不熟悉，不知道他里面有什么特殊的数据， 我仅对你的标题“将pdb文件批量转换为mol2格式文件”，予以回复： 楼主稍微学习一下VMD ，即可，把你的PDB格式的文件导入到VMD中保存成mol2格式的数据即可：比如我有100个pdb文件： for {set i 1} {$i <=100 } {incr i} { mol load pdb yourpdbname_$i.pdb set all [atomselect top all] $all writemol2 yourpdbname_$i.mol2 mol delete top all } |
3楼2013-01-26 10:12:44
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参见附件。wt.mol2是用top2mol2程序转换的，wt-sybyl.mol2是用sybyl读取pdb文件另存的mol2文件。两者差别好像主要在于后者的原子后面有个DICT…… 将这两个文件读入sybyl后分别赋予电荷 前者命令行显示： Loading AMBER7_FF99 charges onto 7199 atoms in molecule M1: 0 AMBER7_FF99 charges assigned from dictionary 6856 AMBER7_FF99 charges assigned by SLN Typer 343 atoms with charge of 0.0 have been added to set {ZERO_CHARGE} 后者命令行显示： Loading AMBER7_FF99 charges onto 7200 atoms in molecule M2: 6605 AMBER7_FF99 charges assigned from dictionary 621 AMBER7_FF99 charges assigned by SLN Typer All atoms have charges assigned 前者在sybyl的dictionary里找不到，结果就是有300多个原子无法赋予电荷……前者容易批量得到却有错误，后者正确却无法批量得到，就是这么个问题…… |
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- 附件 2 : wt-sybyl.mol2
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2013-01-26 10:15:19, 882.76 K
4楼2013-01-26 10:21:20