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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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hengyue5257

木虫 (著名写手)

[求助] 如何用Real-time 检测投加反应器后的纯菌

我们已经获得一株纯菌，想投加到原反应器中看这株菌能否提高反应器的处理能力。想通过Real-time PCR来检测这株菌在反应器的变化。怎么来做，比如如何设计引物，采用什么标记；采用相对定量还是绝对定量。之前没有做过，所以问题较多，请大家帮助。
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1楼 2013-01-17 15:32:36
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necilyx

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hengyue5257: 金币+20 2013-01-18 20:47:32
real time pcr是对某一基因的表达高低来分析的，是基因水平的研究，听楼主说想要检测菌株在反应器的变化，个人觉得应该首先选取几个与菌株生理变化相关的基因来研究，比如微生物衰亡相关的，细胞分裂相关的等等，然后设计每一个基因的引物（prime5.0设计），优化基因的扩增体系，最后可以用SYBR GREEN法或者探针法进行rt PCR，数据分析建议还是相对定量法好一些，常用2-ΔΔct法。
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聪明才智要为意外做准备~~
2楼2013-01-18 14:29:16
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hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by necilyx at 2013-01-18 14:29:16
real time pcr是对某一基因的表达高低来分析的，是基因水平的研究，听楼主说想要检测菌株在反应器的变化，个人觉得应该首先选取几个与菌株生理变化相关的基因来研究，比如微生物衰亡相关的，细胞分裂相关的等等，然 ...

感谢您的回复。我可以选取该菌株的16SRNA来设计引物。谢谢您。
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3楼2013-01-18 20:47:27
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oldflying

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hengyue5257: 金币+10 2013-01-19 21:31:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by hengyue5257 at 2013-01-18 20:47:27
感谢您的回复。我可以选取该菌株的16SRNA来设计引物。谢谢您。...

反应器中如果是混合菌的话，用16S rRNA做恐怕得不到真正的结果，因为16S的保守度太高了，其它细菌的16S照样会被扩增出来，所以混合菌的话只能选用目的菌株的特异基因来做。而如果是单一菌种的话，直接做生长曲线就能知道其生长情况了，当然real time PCR也可以，但比较麻烦吧。
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一个人的努力和坚持！
4楼2013-01-19 18:09:51
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hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by oldflying at 2013-01-19 18:09:51
反应器中如果是混合菌的话，用16S rRNA做恐怕得不到真正的结果，因为16S的保守度太高了，其它细菌的16S照样会被扩增出来，所以混合菌的话只能选用目的菌株的特异基因来做。而如果是单一菌种的话，直接做生长曲线就 ...

您好，之前回复有误。应该是可以选取16SRNA来设计引物吗？请问反应器是混合菌的，除了用RT-PCR之外还有什么好方法来检查目标菌株呢？另外怎么选择目的菌株的特异基因，该菌株我们已经进行了全基因组测序，但是目前结果还没拿到。
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5楼2013-01-19 21:31:38
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oldflying

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by hengyue5257 at 2013-01-19 21:31:38
您好，之前回复有误。应该是可以选取16SRNA来设计引物吗？请问反应器是混合菌的，除了用RT-PCR之外还有什么好方法来检查目标菌株呢？另外怎么选择目的菌株的特异基因，该菌株我们已经进行了全基因组测序，但是目前 ...

以16S rRNA基因作为检测对象不好做，因为保守度实在太高，反应器里是混合菌就很难把目的菌检测出来的。应该可以直接通过平板计数来检测其数量增长情况的。当然如果有其它的指标，就以其它的指标或参数的变化来衡量了。
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一个人的努力和坚持！
6楼2013-01-19 22:24:54
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