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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » ELFCAR坐标混乱，与原子结构不匹配
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pelargonium

新虫 (初入文坛)

[求助] ELFCAR坐标混乱，与原子结构不匹配 已有1人参与

VASP做结构优化是加了LELF=TRUE，得到ELFCAR用VESTA处理时，发现ELFCAR导出的数据和原子结构不匹配，在有的有原子的地方显示是空位，有的是空位的地方显示有原子，但是CHGCAR导出数据和原子结构是符合的。
截了几个面，发现ELFCAR的010面试CHGCAR的001面，ELF的001面是CHGCAR的100面，ELF的100面是CHGCAR错开的010面，试了几次都这样，不清楚是怎么回事。
010面，d=0.5a，图给大家看一下对比，蓝底的是ELF，绿底是CHG，还有一张是原子结构。
拜托大家告诉我这是怎么回事吧！！！！！！万分感谢。

CHGCAR.jpg



ELFCAR.jpg



STRUCTURE.jpg
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1楼 2013-01-16 12:59:06
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢交流！ 2013-01-19 20:05:40
ELF反映的电子的局域化程度
可以用于判断成键的情况
没有原子的地方，也有可能形成多中心键

不知道你这两种原子都是什么，以及其他层面都怎么样，不好进一步分析了
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pelargonium
2楼2013-01-19 19:57:06
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pelargonium

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 魔鬼中的天使 at 2013-01-19 19:57:06
ELF反映的电子的局域化程度
可以用于判断成键的情况
没有原子的地方，也有可能形成多中心键

不知道你这两种原子都是什么，以及其他层面都怎么样，不好进一步分析了

之前文献的情况是空位处显示蓝色的，而且现在已经基本确定是ELFCAR的坐标轴与原子结构和CHGCAR相错，ELF的a,b,c轴分别为原子结构的b,c,a轴，不知道这种坐标混乱有没有办法可以解决？
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3楼2013-01-20 12:28:52
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-01-21 21:42:03
我觉得你的结构有点怪异。原子间的间隙巨大啊～
ELF最好是用弛豫后的scf得到。不知道用弛豫得到的会不会一样。
建议贴出你的INCAR和POSCAR
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4楼2013-01-20 16:53:41
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pelargonium

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fzuvivi at 2013-01-20 16:53:41
我觉得你的结构有点怪异。原子间的间隙巨大啊～
ELF最好是用弛豫后的scf得到。不知道用弛豫得到的会不会一样。
建议贴出你的INCAR和POSCAR

INCAR

SYSTEM =GSTGO

Start parameter for this run:
ISTART = 0
ICHARG = 2
NWRITE = 2
ISPIN = 1

Electronic Relaxation
ENCUT = 320
IALGO = 38
NELM = 60
EDIFF = 1E-05
LREAL = .TRUE.
NELMIN = 8

Ionic Relaxation
EDIFFG = -0.01   Stopping-Criterion for IOM (HF-FORCE)
NSW = 200
IBRION = 2
ISIF = 3
POTIM = 3

DOS related values:
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1

Write flags
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .TRUE.
LELF = .TRUE.


LPLANE = .TRUE.
NPAR = 16
LSCALU = .FALSE.
NSIM = 4



POSCAR

GST-225-cell                           
   1.00000000000000     
    12.2260291973393400    0.1071386669248578    0.1068990913524132
     0.1062901342114842   12.2971433711523677    0.1266777097852780
     0.1071629105308827    0.1285186331593658   12.4085723481011669
   Ge   Sb   Te
  13  13  32
Direct
  0.2519444564005303  0.2457650359981172  0.2589318176278494
  0.9927053793093025  0.9851977837201132  0.2377197587234996
  0.9847656567988778  0.2441427315650469  0.9859656537539453
  0.7532801304209262  0.2405193933916095  0.2365323037081040
  0.2402338531882204  0.7317140768334295  0.2500469243345699
  0.7585458972719255  0.5026892086543936  0.0140526432258342
  0.7488639557907306  0.7300586050060833  0.2435272347899303
  0.5124517623788239  0.4901326923991314  0.2343940508892826
  0.2464789415580683  0.9966328293509528  0.5020853638061832
  0.9896531867357761  0.9896993819502333  0.7313560950104891
  0.7578957624066532  0.2403120816158282  0.7362630466060839
  0.2467912369537892  0.7402204498240136  0.7331464874811989
  0.4853241725839526  0.7437039613269170  0.4976385054579157
  0.2446537617615977  0.0101704672063675  0.9990239284972979
  0.4954447844712491  0.9886963908846171  0.2457399807276524
  0.4779860929624358  0.2437909840228637  0.9906872509279020
  0.0222978516260149  0.4940013608414566  0.2419840098388959
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  0.4879393101776366  0.7393977408814439  0.9982058770527577
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  0.7549128404365534  0.9950845213535415  0.5020269979281050
  0.4806749429222791  0.0012382276111660  0.7467919525564011
  0.4783393303541885  0.2588258627011283  0.4918010438989920
  0.9989970643581659  0.4851712292950179  0.7271421997035031
  0.7527816405010023  0.7368405125863526  0.7325543658277024
  0.4817467914679128  0.4955063641435581  0.7263492414510502
  0.9995052005851364  0.0105595111571409  0.0075771143015635
  0.0111381844645109  0.2526350184622870  0.2537269248999988
  0.2529633263429800  0.0086620331218877  0.2630359439461608
  0.2449699822131942  0.2583896810417008  0.0129869751112543
  0.5100361831251892  0.0036238242955188  0.9972282484001543
  0.5093765691924282  0.2561539933374071  0.2459015795385913
  0.7611950653331003  0.0074763795033628  0.2523437702375352
  0.7585466502820453  0.2605063310871414  0.0091509414561707
  0.0080808804359646  0.5004152073476789  0.0059334469243291
  0.0002474538275418  0.7568838571405621  0.2578349987132699
  0.2604060566781884  0.5062093367456050  0.2628974700532522
  0.2500801542345424  0.7565511235223725  0.0155052129586275
  0.5129979956374742  0.5018297484045962  0.0087276696241538
  0.5012379857196617  0.7502477556259579  0.2614003317637340
  0.7484634736392360  0.5027604652114496  0.2542926995097022
  0.7502333873297276  0.7559447522281058  0.0141444212019392
  0.0068069837567921  0.9999011504486340  0.5056746910041416
  0.0092744233091103  0.2456527385910226  0.7554944601660344
  0.2472848544007048  0.0162934618380240  0.7543049508788309
  0.2495370184462199  0.2509602457234247  0.4984650384033009
  0.4981482922097248  0.0010717880027854  0.4990170422813112
  0.5094273359802668  0.2501536854750596  0.7447353012090167
  0.7598255044207077  0.0050704018401942  0.7540840647062297
  0.7509258963240159  0.2561924300758582  0.5081148019252496
  0.9784486739513182  0.5053378403855117  0.5002774584947939
  0.0062984808006569  0.7561554278386354  0.7548978855564014
  0.2510887217941662  0.5147773422790127  0.7652279773662356
  0.2564402820479537  0.7617933353737597  0.5063840621064575
  0.5193177584487135  0.5103125109590432  0.4992852729611504
  0.4954255066751551  0.7531821694545787  0.7496872726425334
  0.7540879316347565  0.4976036947879685  0.7672703110791221
  0.7556889528668411  0.7523474486354006  0.5019361186768055



这个是经过优化的晶体结构GeSbTe，有的地方间隙巨大的应该是空位
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5楼2013-01-21 08:59:30
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pelargonium

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fzuvivi at 2013-01-20 16:53:41
我觉得你的结构有点怪异。原子间的间隙巨大啊～
ELF最好是用弛豫后的scf得到。不知道用弛豫得到的会不会一样。
建议贴出你的INCAR和POSCAR

还有，什么叫弛豫后的SCF？
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6楼2013-01-21 09:00:50
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fzuvivi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by pelargonium at 2013-01-21 09:00:50
还有，什么叫弛豫后的SCF？...

我的意思是先弛豫，达到精度后，再做一次自洽，在自洽中加入LELF。然后再通过VESTA读取。看了你的POSCAR，首先佩服下你们的服务器作业能力！呵呵～。应该没什么太大的问题。可是你给出来的图形结构有点怪。。是不是对称性的不足。刚用VESTA看了下，总觉得你那个胞的第一层原子间距有点怪异
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7楼2013-01-21 22:10:23
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by pelargonium at 2013-01-20 12:28:52
之前文献的情况是空位处显示蓝色的，而且现在已经基本确定是ELFCAR的坐标轴与原子结构和CHGCAR相错，ELF的a,b,c轴分别为原子结构的b,c,a轴，不知道这种坐标混乱有没有办法可以解决？...

坐标轴还会混乱么？
直接文本打开CHGCAR和ELFCAR，对比头上的abc看看
同一次计算的结果，应该坐标轴一样的啊
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8楼2013-01-22 00:25:52
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DF11G0005

新虫 (初入文坛)
我的也出现了这个问题，和楼主一样一样的。查看过了ELFCAR和CHGCAR头上的若干行，坐标和原子位置都是一样的。非常郁闷。
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9楼2013-07-24 13:32:41
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pelargonium

新虫 (初入文坛)
我的ELF坐标混乱的问题后来解决了，之前用vasp5算的坐标混乱，后来换了一台机器用vasp5.2计算就再没出现坐标错位的问题，可能是程序的问题？具体的我也不太清楚，你看你要不也换一台机器试一下？
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10楼2013-12-01 16:05:05
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