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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 自由能计算
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fcg200808

金虫 (初入文坛)

[求助] 自由能计算

本人想用分子动力学模拟固体体系的自由能，看了很多文献，一般都用热力学积分方法。请问这种方法在哪个软件可以实现，应该怎么设置。MS可以做吗?
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奉献才是得到
1楼 2013-01-15 20:17:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-19 14:04:31
我知道gromacs和NAMD可以算PMF（potential of mean force），你可以搜索一下这两个软件相应的教程就知道如何设置了。
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2楼2013-01-15 20:33:42
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-01-16 21:24:54
自由能比较难算。固体体系是不是计算一下相互作用能就好了，熵可能变化不大。
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3楼2013-01-16 10:14:12
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sunyongxia77

铁虫 (职业作家)
祝福楼主
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4楼2013-01-16 10:42:14
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fcg200808

金虫 (初入文坛)
我也看了一些关于PMF的原理和方法，好像PMF对溶液体系比较适合，对于固体体系，人们大多数还是要用热力学积分。大家有没有这方面研究，给点意见哦。
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奉献才是得到
5楼2013-01-16 15:59:15
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