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lmyiop

金虫 (小有名气)

[求助] cub文件减法问题

我有一个单分子A的电子密度cub文件,还有一个此小分子A与另一个小分子B复合物的电子密度cub文件,我只想做这两个cub文件中关于小分子A电子密度的减法,请问有没有什么方法可以实现?
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

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lmyiop: 金币+4, ★★★很有帮助, 感谢指教 2012-12-14 16:14:37
gmy1990: 金币+5 2012-12-14 16:23:17
1、作这种cub差,在multiwfn中可以进行。但是严格要求二者的坐标、cub格点参数是完全相同的。即A的原子坐标要取在AB之中的、格点参数也与AB一样。

2、但要特别注意的是,这样相减得到的并不是单纯B的真正电子密度数据。因为AB.cub包含A、B形成复合物的电子密度变化,比如在AB之间增加了电子聚集等。纯粹将AB.cub减去A.cub,这时AB之间增加的电子聚集就带到B.cub之中了,B.cub将不是单独的B了。

3、此时不如统一做AB.cub、A.cub、B.cub,然后做Δρ。
2楼2012-12-14 15:02:25
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