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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用DFT-D2方法计算范德华力后的结果，怎么分析范德华力？
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rainxin2008

新虫 (小有名气)

[求助] 用DFT-D2方法计算范德华力后的结果，怎么分析范德华力？

我用DFT-D2方法计算完范德华力后，在OUTCAR中能找着Estimited Vdw Energy的值。但是我想知道怎么进行分析范德华力，这个值就可以直接拿来用吗？我算的是表面吸附四个分子的构型，请教高手进行一起讨论一下。
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1楼 2012-12-14 11:10:38
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rainxin2008

新虫 (小有名气)
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2楼2012-12-14 11:37:57
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
rainxin2008: 金币+10, ★有帮助 2012-12-14 17:41:44
Estimited Vdw Energy的值，单纯的这个值不能告诉很多的信息。

看加了Vdw修正之后，检查吸附物与衬底的距离、吸附构型（比如是躺着的、斜着的，side-on或end-on等等）、吸附能的变化情况等等这些才是分析关键。
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3楼2012-12-14 16:13:16
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rainxin2008

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-12-14 16:13:16
Estimited Vdw Energy的值，单纯的这个值不能告诉很多的信息。

看加了Vdw修正之后，检查吸附物与衬底的距离、吸附构型（比如是躺着的、斜着的，side-on或end-on等等）、吸附能的变化情况等等这些才是分析关键。

谢谢老师，我算了不加VDW时的吸附能和加了VDW的吸附能，相比多了0.4多个eV，这个吸附能的增加可不可以解释成吸附分子之间范德华的贡献？还有一个问题就是优化四个吸附分子时，在INCAR中加入计算VDW的参数，然后在OUTCAR中Estimited Vdw Energy的值是不是就是吸附分子之间的范德华力？分析时需不需要提到范德华力是多少？
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4楼2012-12-14 17:41:36
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

可以那个多出来的0.4 eV左右的数据就是vdw修正的贡献。

不需要提范德华力是多少。
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5楼2012-12-14 19:55:07
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rainxin2008

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-12-14 19:55:07
可以那个多出来的0.4 eV左右的数据就是vdw修正的贡献。

不需要提范德华力是多少。

谢谢！不好意思老师，我还有一个问题，因为我的结构是表面吸附了四个分子，所以优化后的倾斜角和吸附物与衬底的距离都有四个值，我该选哪一个值进行比较？而且有一个结构优化后，有三个分子都正常吸附，还有一个分子吸附时竟然变形严重，我把图片贴上来了，你看一下，怎么回事？

未命名.jpg
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6楼2012-12-14 21:47:18
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
rainxin2008: 金币+10, ★有帮助 2012-12-15 12:44:24
对你所用的模型，感觉比较奇怪。从你贴的结构图来看，用的4x4超原胞，里放了4个分子来考虑吸附度为1的情况。那你为什么不直接考虑1x1计算原胞里只放1个吸附分子？

如果你考虑结构重构的现象的话，你的计算出现你所看到的结果可能是合理的。

你目前所看到的4分子的吸附在加了修正之后，各自出现了不同的变化。这是由于你模型所取的方式导致了。会导致对称性下降。

在考虑不同吸附度的计算时，比较方便的方式是：取不同大小的衬底超原胞，考虑里面放一个吸附物。在考虑吸附物引起的重构时，需要根据重构模式，在超原胞里放至少一个以上的吸附物。

建议：
1、采用1x1原胞，里面放1个吸附分子，看vdw修正对它的影响；
2、在第一步优化的结构基础之上，将它扩展至4x4，得到里含4个吸附分子。再看vdw修正对它的影响。并把这种情况下的结果与你目前已得到结果进行比较，比如哪种情况的能量更低。 如果是你目前已得到的结果的能量更低，说明可能存在重构。
3、如果你只想看vdw修正对吸附的影响，建议看第1步中的结果就好了。
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7楼2012-12-15 06:54:24
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
rainxin2008: 金币+10, ★有帮助 2012-12-15 12:44:30
修正一下：

"在考虑吸附物引起的重构时，需要根据重构模式，在超原胞里放至少一个以上的吸附物。"
应为
在考虑吸附物引起的重构时，需要根据重构模式，取合适大小的超原胞，在超原胞里放至少一个以上的吸附物。
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8楼2012-12-15 06:56:50
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rainxin2008

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-12-15 06:56:50
修正一下：

"在考虑吸附物引起的重构时，需要根据重构模式，在超原胞里放至少一个以上的吸附物。"
应为
在考虑吸附物引起的重构时，需要根据重构模式，取合适大小的超原胞，在超原胞里放至少一个以上

老师， 我取的是(2√3 X2√3）R30的超原胞，上面吸附四个分子，其实和(√3 X√3）R30上面吸附一个分子的结果是一样的。之前我就准备这样做，可导师说上面吸附四个分子，加VDW进行计算，我就照做了，可是没有明白为啥要这样做，现在你给我讲后我明白了。我现在准备写高覆盖度下考虑VDW的小论文，因此应该不需要考虑重构模式，这样的话我的这个计算结果就用不成了，要重新算了，但目前没有空余的VASP计算节点使用，你看我用原来的吸附四个分子的结果行不？有别的办法吗？
上面贴的图中，红色是第一层原子，黄色是第二，蓝色是第三层，第四层看不到
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9楼2012-12-15 12:25:19
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

"你看我用原来的吸附四个分子的结果行不？有别的办法吗？"

就我个人的看法，单看你目前的结果，还不够。还需要做的就是，我就是我前面提到的几点建议。
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10楼2012-12-15 12:41:52
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