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rainxin2008

新虫 (小有名气)

[求助] 用DFT-D2方法计算范德华力后的结果,怎么分析范德华力?

我用DFT-D2方法计算完范德华力后,在OUTCAR中能找着Estimited Vdw Energy的值。但是我想知道怎么进行分析范德华力,这个值就可以直接拿来用吗?我算的是表面吸附四个分子的构型,请教高手进行一起讨论一下。
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rainxin2008

新虫 (小有名气)

2楼2012-12-14 11:37:57
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
rainxin2008: 金币+10, 有帮助 2012-12-14 17:41:44
Estimited Vdw Energy的值,单纯的这个值不能告诉很多的信息。

看加了Vdw修正之后,检查吸附物与衬底的距离、吸附构型(比如是躺着的、斜着的,side-on或end-on等等)、吸附能的变化情况等等这些才是分析关键。
3楼2012-12-14 16:13:16
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rainxin2008

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-12-14 16:13:16
Estimited Vdw Energy的值,单纯的这个值不能告诉很多的信息。

看加了Vdw修正之后,检查吸附物与衬底的距离、吸附构型(比如是躺着的、斜着的,side-on或end-on等等)、吸附能的变化情况等等这些才是分析关键。

谢谢老师,我算了不加VDW时的吸附能和加了VDW的吸附能,相比多了0.4多个eV,这个吸附能的增加可不可以解释成吸附分子之间范德华的贡献?还有一个问题就是优化四个吸附分子时,在INCAR中加入计算VDW的参数,然后在OUTCAR中Estimited Vdw Energy的值是不是就是吸附分子之间的范德华力?分析时需不需要提到范德华力是多少?
4楼2012-12-14 17:41:36
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

可以那个多出来的0.4 eV左右的数据就是vdw修正的贡献。

不需要提范德华力是多少。
5楼2012-12-14 19:55:07
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rainxin2008

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-12-14 19:55:07
可以那个多出来的0.4 eV左右的数据就是vdw修正的贡献。

不需要提范德华力是多少。

谢谢!不好意思老师,我还有一个问题,因为我的结构是表面吸附了四个分子,所以优化后的倾斜角和吸附物与衬底的距离都有四个值,我该选哪一个值进行比较?而且有一个结构优化后,有三个分子都正常吸附,还有一个分子吸附时竟然变形严重,我把图片贴上来了,你看一下,怎么回事?

未命名.jpg

6楼2012-12-14 21:47:18
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
rainxin2008: 金币+10, 有帮助 2012-12-15 12:44:24
对你所用的模型,感觉比较奇怪。从你贴的结构图来看,用的4x4超原胞,里放了4个分子来考虑吸附度为1的情况。那你为什么不直接考虑1x1计算原胞里只放1个吸附分子?

如果你考虑结构重构的现象的话,你的计算出现你所看到的结果可能是合理的。

你目前所看到的4分子的吸附在加了修正之后,各自出现了不同的变化。这是由于你模型所取的方式导致了。会导致对称性下降。

在考虑不同吸附度的计算时,比较方便的方式是:取不同大小的衬底超原胞,考虑里面放一个吸附物。在考虑吸附物引起的重构时,需要根据重构模式,在超原胞里放至少一个以上的吸附物。

建议:
1、采用1x1原胞,里面放1个吸附分子,看vdw修正对它的影响;
2、在第一步优化的结构基础之上,将它扩展至4x4,得到里含4个吸附分子。再看vdw修正对它的影响。并把这种情况下的结果与你目前已得到结果进行比较,比如哪种情况的能量更低。 如果是你目前已得到的结果的能量更低,说明可能存在重构。
3、如果你只想看vdw修正对吸附的影响,建议看第1步中的结果就好了。
7楼2012-12-15 06:54:24
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
rainxin2008: 金币+10, 有帮助 2012-12-15 12:44:30
修正一下:

"在考虑吸附物引起的重构时,需要根据重构模式,在超原胞里放至少一个以上的吸附物。"
应为
在考虑吸附物引起的重构时,需要根据重构模式,取合适大小的超原胞,在超原胞里放至少一个以上的吸附物。
8楼2012-12-15 06:56:50
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rainxin2008

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-12-15 06:56:50
修正一下:

"在考虑吸附物引起的重构时,需要根据重构模式,在超原胞里放至少一个以上的吸附物。"
应为
在考虑吸附物引起的重构时,需要根据重构模式,取合适大小的超原胞,在超原胞里放至少一个以上

老师, 我取的是(2√3 X2√3)R30的超原胞,上面吸附四个分子,其实和(√3 X√3)R30上面吸附一个分子的结果是一样的。之前我就准备这样做,可导师说上面吸附四个分子,加VDW进行计算,我就照做了,可是没有明白为啥要这样做,现在你给我讲后我明白了。我现在准备写高覆盖度下考虑VDW的小论文,因此应该不需要考虑重构模式,这样的话我的这个计算结果就用不成了,要重新算了,但目前没有空余的VASP计算节点使用,你看我用原来的吸附四个分子的结果行不?有别的办法吗?
上面贴的图中,红色是第一层原子,黄色是第二,蓝色是第三层,第四层看不到
9楼2012-12-15 12:25:19
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

"你看我用原来的吸附四个分子的结果行不?有别的办法吗?"

就我个人的看法,单看你目前的结果,还不够。还需要做的就是,我就是我前面提到的几点建议。
10楼2012-12-15 12:41:52
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