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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » HyperChem/NWChem » 请教如何用HyperChem画苯环和石墨烯的离域大π键
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xqtian

新虫 (初入文坛)

[交流] 请教如何用HyperChem画苯环和石墨烯的离域大π键

刚开始学HyperChem, 请教如何用HyperChem画苯环和石墨烯的离域大PI键
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1楼2012-12-01 15:39:56
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zhou2009

版主 (著名写手)
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gmy1990: 金币+5 2013-02-28 13:20:05
1、利用这个网站能生成碳纳米管或石墨烯的结构 http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html
在该网页可选定一片石墨烯的单元个数。结构生成之后可以输出为高斯的输入文件；
2、将输入文件读入GV，就有了石墨烯的结构图了。可以认为这个石墨烯片是从碳纳米管上取下的一个石墨烯片， 因此需要在周边碳处加上H来使价键饱和。此后再在GV中增加一个苯环（在GV中直接调用即可）。然后在GV中调整苯环为你大致需要的位置，如平行、间距。最后由GV输出一个高斯的输入文件；
3、这个高斯的输入文件就可以在高斯中进行优化。但由于苯环和石墨烯都已是价键饱和的中性分子，它们之间的作用是范德华力，之间的距离是范德华距离。范德华作用是长程作用，RHF方法、一般的DFT方法就不够用了，如果用这类方法，苯环和石墨烯只有排斥，拉开。这时起码要用G09所带的b97d。基组也要足够大才好，如6-311++G**；
4、另外还有专门的程序形成碳纳米管或石墨烯的结构，如果你研究碳纳米管的话，也需要掌握。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2998566

[ Last edited by zhou2009 on 2013-2-28 at 14:06 ]
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2楼2012-12-03 10:56:06
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xqtian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2012-12-03 10:56:06
1、利用这个网站能生成碳纳米管或石墨烯的结构 http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html
在该网页可选定一片石墨烯的单元个数。结构生成之后可以输出为高斯的输入文件；
2、将输入文件读入GV，就有 ...

谢谢，但是我想问的是如何在hyperchem中如何添加共轭PI轨道，就是那个圆形的轨道，因为用单双键的形式画PI轨道，多了就太麻烦了，也不准
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3楼2012-12-08 20:48:07
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dota

木虫 (著名写手)
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对着苯环的任何一个键，鼠标快速双击，就有了。
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4楼2012-12-09 23:14:40
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xqtian

新虫 (初入文坛)
多谢！！！
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5楼2012-12-12 12:21:20
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iodine890404

铁杆木虫 (小有名气)
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6楼2013-02-28 11:03:23
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zhou2009

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引用回帖:
6楼: Originally posted by iodine890404 at 2013-02-28 11:03:23
请问专门形成石墨烯和碳纳米管结构的程序哪里可以找到？...

利用这个网站能生成纳米管结构 http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html

专门生成纳米管结构的程序：nanotubeModeler
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2998566

[ Last edited by zhou2009 on 2013-2-28 at 14:05 ]
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7楼2013-02-28 12:19:25
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jingson

铜虫 (初入文坛)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by xqtian at 2012-12-08 20:48:07
谢谢，但是我想问的是如何在hyperchem中如何添加共轭PI轨道，就是那个圆形的轨道，因为用单双键的形式画PI轨道，多了就太麻烦了，也不准...

您好，我最近也开始做碳纳米管，请教如何在hyperchem快速添加PI轨道？
一个一个添加也太麻烦了。而且网上的各种方法出来都是没有PI键的。
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8楼2017-11-25 01:13:20
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jingson

铜虫 (初入文坛)
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引用回帖:
8楼: Originally posted by jingson at 2017-11-25 01:13:20
您好，我最近也开始做碳纳米管，请教如何在hyperchem快速添加PI轨道？
一个一个添加也太麻烦了。而且网上的各种方法出来都是没有PI键的。...

手动添加数个pi键后，保存为.zmt格式，再重新打开。软件便会自动补全所有pi键
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9楼2017-11-28 14:36:48
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