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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于基因芯片数据处理及软件的问题
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twx6616

铜虫 (初入文坛)

[求助] 关于基因芯片数据处理及软件的问题

1.基因芯片数据的预处理，是否将所有数据进行log2处理以接近正态保证后续分析?
2.生物学重复，是否可以理解为一个种类中，随机抽取三个个体分别进行实验？而不是一个个体做三次。
3.正常和逆境分别处理，这里应该是一个因素，如不考虑种类区别，只看基因在一个种类下正常与逆境的区别，这里应该是用T检验吧？
4.在EXCEL表格里做的，这里面怎么做方差同性呢?用什么函数？
5.如考虑不同种类，是否应该是方差分析来做？相当于多了一个因素。有同学说，两因素就必须用方差分析。
6.软件问题，SAM为什么在win764位装就报错说文件受损请换个新的COPY，这已经是最新的了？有谁在该系统下成功安装还是必须换系统？

转行搞生物的，很多不懂的问题大家不要见笑，只希望踏踏实实从零开始，不想留一点疑问，希望各位高人赐教，不胜感激！
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1楼 2012-11-18 09:38:44
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xiejmseu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wizardfan: 金币+5, 应助指数+1, excellent answers, bioconductor is a good choice. Please keep doing this. 2012-11-29 00:22:04
1. 一般进行log处理
2. 是的，选择三个同类个体进行生物学重复。 一个个体做三次叫技术性重复。
3. 一般用T检验
4. 不熟悉，ANNOVA?
5. 一般用方差分析
6、 没有用过。

试试用R-bioconductor中的SAMR分析。对于大数据量，用excel分析不是太方便啊。
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2楼2012-11-28 14:56:40
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zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

内容已删除
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北冥有鱼，其名为鲲。鲲之大，不知其几千里也。化而为鸟，其名为鹏。鹏之背，不知其几千里也。怒而飞，其翼若垂天之云。是鸟也，海运则将徙于南冥。南冥者，...
3楼2013-01-28 12:22:05
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