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twx6616

铜虫 (初入文坛)

[求助] 关于基因芯片数据处理及软件的问题

1.基因芯片数据的预处理,是否将所有数据进行log2处理以接近正态保证后续分析?
2.生物学重复,是否可以理解为一个种类中,随机抽取三个个体分别进行实验?而不是一个个体做三次。
3.正常和逆境分别处理,这里应该是一个因素,如不考虑种类区别,只看基因在一个种类下正常与逆境的区别,这里应该是用T检验吧?
4.在EXCEL表格里做的,这里面怎么做方差同性呢?用什么函数?
5.如考虑不同种类,是否应该是方差分析来做?相当于多了一个因素。有同学说,两因素就必须用方差分析。
6.软件问题,SAM为什么在win764位装就报错说文件受损请换个新的COPY,这已经是最新的了?有谁在该系统下成功安装还是必须换系统?

转行搞生物的,很多不懂的问题大家不要见笑,只希望踏踏实实从零开始,不想留一点疑问,希望各位高人赐教,不胜感激!
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xiejmseu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wizardfan: 金币+5, 应助指数+1, excellent answers, bioconductor is a good choice. Please keep doing this. 2012-11-29 00:22:04
1. 一般进行log处理
2. 是的,选择三个同类个体进行生物学重复。 一个个体做三次叫技术性重复。
3. 一般用T检验
4. 不熟悉,ANNOVA?
5. 一般用方差分析
6、 没有用过。

试试用R-bioconductor中的SAMR分析。对于大数据量,用excel分析不是太方便啊。
2楼2012-11-28 14:56:40
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zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

内容已删除
北冥有鱼,其名为鲲。鲲之大,不知其几千里也。化而为鸟,其名为鹏。鹏之背,不知其几千里也。怒而飞,其翼若垂天之云。是鸟也,海运则将徙于南冥。南冥者,...
3楼2013-01-28 12:22:05
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