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454高通量测序取样深度问题
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各位虫友，本人现在委托公司进行环境样本菌群结构进行454高通量测序分析，要求样本取样深度为8000条reads，结果第一次测完以后，有相当一部分为样本的reads仅2000－3000条， 重新补测，部分样本还是只有4000条左右reads，现在公司认为两条测序的reads数总和达到8000条即完成我的要求，认为同一个PCR产物测序得到的结果是可以叠加的，这个是大家公认的操作方式，而我认为应该是单次取样深度在8000条才代表原始样本中所有的微生物种类。现在想请教下各位虫友公司的这种操作方法是否可行？对我后续的结果分析有多大的影响? 另：像这样反复测都reads数偏少的样本，我是否应该要求公司重新提取DNA进行PCR扩增后再测序？ 刚接触454，有很多不懂，还请各位大侠多多指点，谢谢！ |
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