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搁浅蛟

木虫 (正式写手)

[求助] gaussian程序中怎么拉伸一个分子或者分子链

如题,需要计算一个分子(非双原子分子)或者分子链(一维周期体系)的弹性模量,需要计算其能量与应变的关系,需采用步进扫描来计算分子的势能面。可是疑问如下:分子的长度每增加一步,按理gaussian都会优化到对应于该长度的能量最低点,但是此时的截止标准怎么定?因为此时的能量最低点并不是自然状态下的最低点,而是拉伸状态下的最低点。我该采用什么样的命令输入行?
    请各位高手不吝赐教,只要能解决问题,金币不是问题。
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chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cenwanglai: 金币+1, 谢谢回复~ 2012-11-14 14:43:38
搁浅蛟: 金币+5, 有帮助 2012-11-15 12:41:23
你这种扫描用Opt=ModRedun就可以了。去读读高斯手册的Opt关键字部分。
2楼2012-11-14 10:35:39
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gauss98

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cenwanglai: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-14 14:43:57
搁浅蛟: 金币+15, ★★★很有帮助 2012-11-15 12:40:53
本帖内容被屏蔽

3楼2012-11-14 11:05:45
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搁浅蛟

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chembetsey at 2012-11-14 10:35:39
你这种扫描用Opt=ModRedun就可以了。去读读高斯手册的Opt关键字部分。

谢谢指点,我仔细的看过opt关键词,modRedun这部分看不懂,尤其是最后的单独分子说明部分,如[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]]等命令都不理解到底什么意思?我记得MOPAC里边有很简单的命令,只需要指明变量、步长和扫描次数就行了。
每一个没有起舞的日子,都是对生命的一种辜负!
4楼2012-11-14 11:11:38
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gauss98

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

5楼2012-11-14 11:31:02
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yanrding

金虫 (正式写手)


cenwanglai: 金币+1, 谢谢参与~ 2012-11-14 14:44:16
有趣的工作,要用AFM测分子的力常数吗?
华北电力大学(北京)数理学院,计算化学,凝聚态物理。欢迎合作!招硕士/博士研究生,招老师。
6楼2012-11-14 11:38:01
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搁浅蛟

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gauss98 at 2012-11-14 11:31:02
type 就是任务类型

在我给你的例子中

3 12 5.58 S 50 0.1

S 就是 type, 扫描scan 的意思

键长只含两个原子,3 是 N1 , 12 是 N2 ,
如果是键角 就有三个原子, 二面角 就是 4个原子(N1,N2,N3,N4) ...

谢谢gauss98的指点,让我对N1,N2,N3,N4比较熟悉了,不过关于我的问题还是有不少疑问,就如下图所示的梯形分子及梯形分子链,沿箭头方向拉伸的势能面扫描该怎么做?它涉及的原子可不是四个原子这么少,而是主链中所有的原子。

梯形分子链.jpg

每一个没有起舞的日子,都是对生命的一种辜负!
7楼2012-11-14 12:40:55
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gauss98

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

8楼2012-11-14 13:09:00
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