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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 晶体数据库的晶体结构疑惑
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眉峰

铜虫 (小有名气)

[求助] 晶体数据库的晶体结构疑惑

有时就会遇到这类问题，想求问有经验的虫友。
1 用FindIt找到的晶体结构，大家是怎么区分同一分子式好多种构型的？我们怎么知道选用哪一种？
2 有时从其中引出的结构图好像有问题，不知是真有问题还是没有处理好？
比如，Bi2O6W1 的66579，（左）点绿的一个氧原子和旁边的一个氧离得很近啊，看数据坐标
O    1  -2    4 a   0.3542(19)  0.2199(20)  0.4848(6)      1.         0   
O    2  -2    4 a   0.2729(20)  -.2975(18)  0.5152(6)      1.         0   
O    3  -2    4 a   0.2789(50)  0.2385(32)  0.2502(17)     1.         0   
O    4  -2    4 a   0.2877(49)  0.7614(33)  0.7493(17)     1.         0   
O    5  -2    4 a   0.0977(30)  0.0668(35)  0.6087(4)      1.         0   
O    6  -2    4 a   0.0890(33)  -.0504(35)  0.3913(4)      1.         0
又没有这样的近乎重叠的情况，不知怎么回事呢？查了一下，应该是1 和2 的问题，这两个原子。
直接引入MS（右）也是有近乎重叠的。

jieg.png

[ Last edited by 眉峰 on 2012-11-11 at 09:52 ]
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1楼 2012-11-11 09:24:26
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眉峰

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by souledge at 2012-11-13 13:15:38
1，如果自己都不知道需要哪个结构，那说明自己都不知道在研究什么了……
2，有时一些非常近的原子，其实并没有那么近，而是程序在解释空间群时出现问题。部分正交（当然也有其他的晶型）的空间群，根据不同的坐标选 ...

有些结构是程序的问题，但这个在ICSD中也是靠得很近，就是左边这个图，也是四对O，O1和O2挨着很近，比较了下和右面图差不多的。
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3楼2012-11-14 11:14:03
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-11-17 09:55:22
1，如果自己都不知道需要哪个结构，那说明自己都不知道在研究什么了……
2，有时一些非常近的原子，其实并没有那么近，而是程序在解释空间群时出现问题。部分正交（当然也有其他的晶型）的空间群，根据不同的坐标选择，又有好几种子结构，使用不同子结构做出的图是有差异的。记得半年前我在本区中回帖展示过不同坐标选取方法得到的结构，LZ可以搜索以下以前的帖子看看。顺便，LZ没发现MS中显示的结构跟ICSD中的不怎么像么？
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思想重于技巧，内涵重于表象
2楼2012-11-13 13:15:38
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