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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 输出文件出现二进制代码
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freewain

铜虫 (初入文坛)

[求助] 输出文件出现二进制代码

在对 NiFeCrCo 合金的计算中，输出文件里出现了一段二进制代码，使用 grep 等命令时会报错。请问有同学遇到过这种情况吗？谢谢！

输出文件的一部分：
=======================================
PseudoPot. # 1 for Ni read from file Ni.pbe-nd-rrkjus.UPF
     MD5 check sum: ^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@
     Pseudo is Ultrasoft + core correction, Zval = 10.0
=======================================

下面是输入文件：
=======================================
&CONTROL
calculation = 'relax'
restart_mode = 'from_scratch'
pseudo_dir = '~/cniu/Share/ESPRESSO/Pseudo'
outdir = './outdir'
tstress = .true.
tprnfor = .true.
forc_conv_thr = 1.0D-3
  prefix = 'quat'
/
&SYSTEM
  ibrav = 4, celldm(1) = 6.30
  celldm(3) = 2.4495
  nat = 24, ntyp = 4
  ecutwfc = 30.0, ecutrho = 360.0
  occupations = 'smearing', smearing = 'mp'
  degauss = 0.02
  nspin = 2
  starting_magnetization(1) = 0.2
  starting_magnetization(2) = 0.2
  starting_magnetization(3) = 0.2
  starting_magnetization(4) = 0.2
/
&ELECTRONS
  conv_thr = 1.0D-7
  mixing_beta = 0.7
/
&IONS
  ion_dynamics = 'bfgs'
  pot_extrapolation = 'second_order'
  wfc_extrapolation = 'second_order'
/
ATOMIC_SPECIES
  Ni 58.693 Ni.pbe-nd-rrkjus.UPF
  Fe 55.845 Fe.pbe-nd-rrkjus.UPF
  Cr 51.996 Cr.pbe-sp-van.UPF
  Co 58.933 Co.pbe-nd-rrkjus.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
  Ni 0.166667  0.666667  0.666667
  Ni 0.166667  0.166667  0.666667
  Ni 0.666667  0.166667  0.166667
  Ni 0.333333  0.833333  0.833333
  Ni 0.0  0.0  0.0
  Ni 0.333333  0.833333  0.333333
  Fe 0.833333  0.833333  0.333333
  Fe 0.333333  0.333333  0.333333
  Fe 0.0  0.5  0.5
  Fe 0.0  0.0  0.5
  Fe 0.833333  0.833333  0.833333
  Fe 0.333333  0.333333  0.833333
  Cr 0.666667  0.666667  0.166667
  Cr 0.833333  0.333333  0.333333
  Cr 0.5  0.0  0.5
  Cr 0.166667  0.166667  0.166667
  Cr 0.5  0.0  0.0
  Cr 0.666667  0.666667  0.666667
  Co 0.0  0.5  0.0
  Co 0.5  0.5  0.0
  Co 0.166667  0.666667  0.166667
  Co 0.5  0.5  0.5
  Co 0.666667  0.166667  0.666667
  Co 0.833333  0.333333  0.833333
K_POINTS automatic
4 4 1 1 1 1
==========================================
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1楼 2012-11-06 02:52:30
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢交流！ 2012-11-06 10:39:00
没看出什么问题来啊，就是个MD5的计算问题嘛～整个计算过程没问题就好了。顺便，grep不能用是怎么个不能用法儿啊？
赞一下 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
2楼2012-11-06 08:16:17
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gemucai

木虫 (正式写手)
这是正常的，我也碰到过
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3楼2012-11-06 08:58:24
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freewain

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by souledge at 2012-11-06 08:16:17
没看出什么问题来啊，就是个MD5的计算问题嘛～整个计算过程没问题就好了。顺便，grep不能用是怎么个不能用法儿啊？

谢谢回复。
输入：grep ! JOBNAME.out
会显示：
Binary file JOBNAME.out matches
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4楼2012-11-06 10:35:53
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freewain

铜虫 (初入文坛)
不好意思，之前犯懒没有事先搜索一下。现在已经找到解决方法了。

使用 grep -a 选项，Treat all files as ASCII text。这样就可以搜索出结果了。

多谢 souledge 和 gemucai 的热心回复。
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5楼2012-11-06 10:41:32
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