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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物化学 » Chemdrow 3D MM2最小化能量模拟出的结构与ROESY不符怎么办？
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458699070

银虫 (小有名气)

[求助] Chemdrow 3D MM2最小化能量模拟出的结构与ROESY不符怎么办？

一个环阿尔廷烷型三萜C环的构型从ROESY信号上看是船型 (boat conformaton)，但用Chem3D 模拟出的结构MM2能量最小化后C环却是椅型 (chair conformaton)，请问怎么样可以把这个3D结构中的C环调成船型 (用于文章发表) 的呢？
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1楼 2012-11-04 17:19:41
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畅_畅

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
chemdrow 3D 的那个能量模拟功能本来就不是很准，不能跟专业的软件相比的。据说这个软件模拟出来的数据可能有些好杂志都是不太认可的，所以你还是选择一些比较专业的软件吧。另外一般计算机模拟都是已经有一定的实验基础而通过模拟方法进行印证的，或者在文章中用来锦上添花的，如果单单只有一个模拟的话，可能内容不太完整吧~谨供楼主参考。
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2楼2012-11-04 18:49:44
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458699070

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 畅_畅 at 2012-11-04 18:49:44
chemdrow 3D 的那个能量模拟功能本来就不是很准，不能跟专业的软件相比的。据说这个软件模拟出来的数据可能有些好杂志都是不太认可的，所以你还是选择一些比较专业的软件吧。另外一般计算机模拟都是已经有一定的实验 ...

我们也是用来模拟印证的，并想放在文章中“锦上添花”，请推荐至少一个这样的，能被“有些好的杂志“也认可的，并且很可能做到能量最小化后能把C环调成船型的专业软件。
十分感激！
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3楼2012-11-04 20:13:57
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畅_畅

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
458699070: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-05 09:41:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by 458699070 at 2012-11-04 20:13:57
我们也是用来模拟印证的，并想放在文章中“锦上添花”，请推荐至少一个这样的，能被“有些好的杂志“也认可的，并且很可能做到能量最小化后能把C环调成船型的专业软件。
十分感激！...

呵呵，我是药剂专业的，对这个了解也不是很深入，因为前一阵子也想用一下，所以询问了一些同学。计算模拟空间构象要看你的分子是不是很大了，一般的小分子你可以试试MOE或者discovery studio。这两个软件在平时自己的电脑上就可以运行，但是如果你的分子特别大，或者涉及计算跟蛋白有关的拟合比如分子对接之类的，那可能平常的笔记本电脑就不能胜任了，需要大型的工作站才可以。
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4楼2012-11-05 08:52:26
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458699070

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 畅_畅 at 2012-11-05 08:52:26
呵呵，我是药剂专业的，对这个了解也不是很深入，因为前一阵子也想用一下，所以询问了一些同学。计算模拟空间构象要看你的分子是不是很大了，一般的小分子你可以试试MOE或者discovery studio。这两个软件在平时自己 ...

是一般的小分子，我安装试一试“MOE或者discovery studio”吧，十分感谢！
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5楼2012-11-05 09:40:57
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