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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 集群上MS6.0并行计算速度太低，求大神指导？
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拍拍熊出隐刀

木虫 (小有名气)

[求助] 集群上MS6.0并行计算速度太低，求大神指导？

我在集群上装了MS6.0，各节点已经可以并行计算，但是为啥速度比单节点计算还慢。我用一个例子测试了一下，单节点只要28分钟，9个节点并行要40分钟。求大神指导。
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1楼 2012-10-29 10:12:06
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jerryeast

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-10-29 15:38:52
拍拍熊出隐刀: 金币+1, ★有帮助 2012-10-29 15:49:26
关系很多，不是说并行就一定快，这要看你集群是什么配置，比如集群内部网络是通过什么连接的，千兆以太网还是Infiniband，每个节点有多少CPU，你计算的体系大小，计算时设置的K-point等等。
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2楼2012-10-29 13:23:47
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jerryeast

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-10-29 15:38:58
如果体系大，而且k-point设置与节点数不符，然后还是比较慢的以太网，那速度自然慢，因为受到节点间通信速度的限制，并且CPU有很大开销是用来负责IP包的
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3楼2012-10-29 13:26:13
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拍拍熊出隐刀

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerryeast at 2012-10-29 13:23:47
关系很多，不是说并行就一定快，这要看你集群是什么配置，比如集群内部网络是通过什么连接的，千兆以太网还是Infiniband，每个节点有多少CPU，你计算的体系大小，计算时设置的K-point等等。

我好像直接用以太网连接的。刚刚接触集群，还不太懂，咋配置内部网络为Infiniband？
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4楼2012-10-29 15:51:09
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jerryeast

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-10-29 22:25:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by 拍拍熊出隐刀 at 2012-10-29 15:51:09
我好像直接用以太网连接的。刚刚接触集群，还不太懂，咋配置内部网络为Infiniband？...

这个要买硬件的。。而且比较贵，和以太网两个东西。
你用以太网的话就配合一下k-point用吧，1*1*1的k-point计算一般用单节点，最好是快一点的机器，如果k-point多的话就使用同样数量的计算节点，这样效率最高，通讯量最少。
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5楼2012-10-29 17:01:17
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
拍拍熊出隐刀: 金币+1, ★有帮助 2012-10-31 16:56:03
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-11-01 19:01:19
1）确定体系是不是够大，不够大可能出现类似情况
2）上面提到的INFINIBAND和千兆网，各是两种网络，区别在带宽和延迟，9个节点并行，MS在千兆网上很难做到9节点并行不线性下降，想测试 用2-3个节点为宜
3）也可能和你如果利用计算网络有关，数据如何存储是否导致网络堵塞有关
。。。。。原因还可能有45678 很难全面而论
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九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
6楼2012-10-31 11:18:34
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拍拍熊出隐刀

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 风间的记忆 at 2012-10-31 11:18:34
1）确定体系是不是够大，不够大可能出现类似情况
2）上面提到的INFINIBAND和千兆网，各是两种网络，区别在带宽和延迟，9个节点并行，MS在千兆网上很难做到9节点并行不线性下降，想测试 用2-3个节点为宜
3）也可能 ...

我用一个C60测试的。单节点30min，三节点40min，9节点43min。
我之前不知道在哪看到有人说在每个节点上建一个计算的临时文件夹 /tmp，会提高并行计算速度，不知道到底咋弄，大神了解么？
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7楼2012-10-31 17:00:09
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