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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何用动力学模拟做出键长随时间变化图
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zzw_dxj

银虫 (小有名气)

[求助] 如何用动力学模拟做出键长随时间变化图

我正在做水分子在氧化物表面的变化方面的东西，1998年science上的一篇文章《The Chemistry of Water on Alumina Surfaces: Reaction Dynamics from First Principles》与我做的十分像。该文章上给出水分子的O-H键的键长在氧化铝表面上随时间变化的图。这种图明确说明具体的化学键的形成和断裂。

想问一下大侠们，这种图用什么软件可以得到？在MS中可以得到吗？或是用别的动力学软件？

1.JPG
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1楼 2012-10-27 22:57:40
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-28 20:59:44
软件倒是无所谓 关键是怎么判断成键 比如认为距离在多大以内就成键了
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壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-10-28 20:02:17
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zzw_dxj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-10-28 20:02:17
软件倒是无所谓 关键是怎么判断成键 比如认为距离在多大以内就成键了

chaizhm
您说的对，说了一个标准。但是我想要的是具体的方法，或者说具体的实现步骤。
当然，十分感谢您。
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3楼2012-10-28 20:40:10
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-29 08:56:04
MS最新版本嵌入了reaxff力场，对你这个模拟应该可以做到的。
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4楼2012-10-29 08:21:46
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chaizhm

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-10-29 08:21:46
MS最新版本嵌入了reaxff力场，对你这个模拟应该可以做到的。

ms现在加了这个力场啊 前两年做的时候 很少有加这个立场的软件
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壁立万仞，无欲则刚
5楼2012-10-29 08:57:00
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zzw_dxj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-10-29 08:21:46
MS最新版本嵌入了reaxff力场，对你这个模拟应该可以做到的。

luxujie3
谢谢您，我试一下。
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6楼2012-10-29 10:52:12
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fyz_ok

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-10-29 08:21:46
MS最新版本嵌入了reaxff力场，对你这个模拟应该可以做到的。

请问这个reaxff力场在MS 6.0 里面有吗？在哪个模块里能够找到
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7楼2012-11-20 18:10:22
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-22 13:05:42
ReaFF力场在GULP模块中。
不过你需要的键长统计与此无关。可以通过脚本来统计，据说这个功能已经加到了MS 6.1版本中，Accelrys官方12.5发布。
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8楼2012-11-22 12:54:03
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