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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 深圳超算中心vasp编译及任务提交问题
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 04nylxb at 2012-10-28 15:51:23
汗，你先确定下深圳超算中心给了你们几个核。
12个核以内正常结束，超过12个核跨节点就出错，应该是你没有其它节点的访问权限。

感谢回复！
当时那个技术人员和我沟通的时候，给的是>32的核数权限。而且我用busers确定了我的max核数。
我也觉得应该是权限设置有问题，正在和他们的技术沟通中。。
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11楼2012-10-29 09:46:49
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-10-29 15:36:35
引用回帖:
8楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-10-28 15:07:24
谢谢～
他们一个节点12CPU，有可能是因为你说的这个问题造成的。
不知道我的makefile是否有问题。...

你ssh gk0624那台主机可以不用输入密码就登陆么？
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
12楼2012-10-29 12:22:01
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-10-29 12:22:01
你ssh gk0624那台主机可以不用输入密码就登陆么？...

谢谢回复！但这个操作在他们中心是不允许的。也登不上去。

还有，你回复时要选应助，不然我没办法给你金币。呵呵！
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13楼2012-10-30 08:41:15
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ifmc1234

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
fzuvivi: 金币+1, ★有帮助 2012-10-30 16:35:36
引用回帖:
11楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-10-29 09:46:49
感谢回复！
当时那个技术人员和我沟通的时候，给的是>32的核数权限。而且我用busers确定了我的max核数。
我也觉得应该是权限设置有问题，正在和他们的技术沟通中。。...

给的最大核数并不代表是一个任务的最大使用数。比如给你36个核，你可以通3个12核的。而如果同一个36核的，这就要看是否是跨节点了。对于跨节点需要几个不同的节点同时能对输入文件进行读写操作，而有些设置并不符合要求哦。
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14楼2012-10-30 11:03:05
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-10-30 08:41:15
谢谢回复！但这个操作在他们中心是不允许的。也登不上去。

还有，你回复时要选应助，不然我没办法给你金币。呵呵！...

没事，不用应助的
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
15楼2012-10-30 11:46:59
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
fzuvivi: 回帖置顶 2012-10-30 16:41:18
谢谢各位～问题已经找出来了。应该是vasp在并行运行时的一个bug。
可参考网址：http://www.hpc.cam.ac.uk/user/faq.html
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16楼2012-10-30 16:41:09
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
fzuvivi: 金币+2 2012-11-01 10:51:35
引用回帖:
16楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-10-30 16:41:09
谢谢各位～问题已经找出来了。应该是vasp在并行运行时的一个bug。
可参考网址：http://www.hpc.cam.ac.uk/user/faq.html

vasp跨节点运行是没问题的，我测试过24核，36核计算都没问题。我觉得可能是你LSF脚本跨节点并行没写好，我没咋用过LSF，在Torque里#PBS -l nodes=2:ppn=12；而且你任务所在目录应该是NFS共享的，当然也得保证节点间ssh无密码登录。
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17楼2012-10-30 20:06:46
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by wuy069 at 2012-10-30 20:06:46
vasp跨节点运行是没问题的，我测试过24核，36核计算都没问题。我觉得可能是你LSF脚本跨节点并行没写好，我没咋用过LSF，在Torque里#PBS -l nodes=2:ppn=12；而且你任务所在目录应该是NFS共享的，当然也得保证节点间 ...

谢谢回复。不知道你是不是也是用深圳超算中心的。他们没有PBS的提交系统，只有LSF的调度系统。不妨晒晒你的并行提交脚本，供大家参考！ssh无密码登录这是没有问题的。
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18楼2012-11-01 10:51:28
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
用的我们自己的机器；有买机时那个钱还不如自己买机器，当然对于我们自己来说，如果没有管理经验，买机时也不错。
PBS脚本，跨节点并行，使用nfs共享磁盘，使用infiniband网络，没有ib网络自动fallback到tcp网络
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -r n
#PBS -l nodes=3:ppn=12
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -j oe
#PBS -V

# go to work dir
cd $PBS_O_WORKDIR

module load intel/impi/4.0.3.008

# The program we want to execute
EXEC=/share/apps/vasp/bin/vasp5.2.12.sse42

# Intel MPI Home
MPI_HOME=/opt/intel/impi/4.0.3.008

# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors:  $NP"
echo "---------------------------"

echo "Starting VASP run at" `date`

# running program
$MPI_HOME/bin64/mpiexec.hydra -genv I_MPI_DEBUG 3 -genv I_MPI_FABRICS shm:dapl -genv I_MPI_FABRICS_LIST dapl,tcp -genv I_MPI_FALLBACK enable -n $NP $EXEC > $PBS_O_WORKDIR/run.log

echo "VASP job finshed at" `date`
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19楼2012-11-01 11:12:59
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by wuy069 at 2012-11-01 11:12:59
用的我们自己的机器；有买机时那个钱还不如自己买机器，当然对于我们自己来说，如果没有管理经验，买机时也不错。
PBS脚本，跨节点并行，使用nfs共享磁盘，使用infiniband网络，没有ib网络自动fallback到tcp网络
...

非常感谢你的分享！其实我们有自己的机子，只是不够用而已。。呵呵！
其实，我比较感兴趣的是你脚本里的“module load intel/impi/4.0.3.008”这句话。这个是用什么第三方程序来管理你要用到的编译环境？我知道的是有些超算中心也有类似这样的环境管理。这样，可以满足不同任务对不同环境的需求。
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20楼2012-11-01 18:14:08
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