应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 深圳超算中心vasp编译及任务提交问题
262/3返回列表上一页123下一页
查看: 7672  |  回复: 25
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 04nylxb at 2012-10-28 15:51:23
汗，你先确定下深圳超算中心给了你们几个核。
12个核以内正常结束，超过12个核跨节点就出错，应该是你没有其它节点的访问权限。

感谢回复！
当时那个技术人员和我沟通的时候，给的是>32的核数权限。而且我用busers确定了我的max核数。
我也觉得应该是权限设置有问题，正在和他们的技术沟通中。。
赞一下 回复此楼
11楼2012-10-29 09:46:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-10-29 15:36:35
引用回帖:
8楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-10-28 15:07:24
谢谢～
他们一个节点12CPU，有可能是因为你说的这个问题造成的。
不知道我的makefile是否有问题。...

你ssh gk0624那台主机可以不用输入密码就登陆么？
赞一下 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
12楼2012-10-29 12:22:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-10-29 12:22:01
你ssh gk0624那台主机可以不用输入密码就登陆么？...

谢谢回复！但这个操作在他们中心是不允许的。也登不上去。

还有，你回复时要选应助，不然我没办法给你金币。呵呵！
赞一下 回复此楼
13楼2012-10-30 08:41:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
fzuvivi: 金币+1, ★有帮助 2012-10-30 16:35:36
引用回帖:
11楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-10-29 09:46:49
感谢回复！
当时那个技术人员和我沟通的时候，给的是>32的核数权限。而且我用busers确定了我的max核数。
我也觉得应该是权限设置有问题，正在和他们的技术沟通中。。...

给的最大核数并不代表是一个任务的最大使用数。比如给你36个核，你可以通3个12核的。而如果同一个36核的，这就要看是否是跨节点了。对于跨节点需要几个不同的节点同时能对输入文件进行读写操作，而有些设置并不符合要求哦。
赞一下 回复此楼
14楼2012-10-30 11:03:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-10-30 08:41:15
谢谢回复！但这个操作在他们中心是不允许的。也登不上去。

还有，你回复时要选应助，不然我没办法给你金币。呵呵！...

没事，不用应助的
回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
15楼2012-10-30 11:46:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzuvivi

金虫 (小有名气)
fzuvivi: 回帖置顶 2012-10-30 16:41:18
谢谢各位～问题已经找出来了。应该是vasp在并行运行时的一个bug。
可参考网址：http://www.hpc.cam.ac.uk/user/faq.html
赞一下(1人) 回复此楼
16楼2012-10-30 16:41:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
fzuvivi: 金币+2 2012-11-01 10:51:35
引用回帖:
16楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-10-30 16:41:09
谢谢各位～问题已经找出来了。应该是vasp在并行运行时的一个bug。
可参考网址：http://www.hpc.cam.ac.uk/user/faq.html

vasp跨节点运行是没问题的，我测试过24核，36核计算都没问题。我觉得可能是你LSF脚本跨节点并行没写好，我没咋用过LSF，在Torque里#PBS -l nodes=2:ppn=12；而且你任务所在目录应该是NFS共享的，当然也得保证节点间ssh无密码登录。
赞一下 回复此楼
17楼2012-10-30 20:06:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by wuy069 at 2012-10-30 20:06:46
vasp跨节点运行是没问题的，我测试过24核，36核计算都没问题。我觉得可能是你LSF脚本跨节点并行没写好，我没咋用过LSF，在Torque里#PBS -l nodes=2:ppn=12；而且你任务所在目录应该是NFS共享的，当然也得保证节点间 ...

谢谢回复。不知道你是不是也是用深圳超算中心的。他们没有PBS的提交系统，只有LSF的调度系统。不妨晒晒你的并行提交脚本，供大家参考！ssh无密码登录这是没有问题的。
赞一下 回复此楼
18楼2012-11-01 10:51:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
用的我们自己的机器；有买机时那个钱还不如自己买机器，当然对于我们自己来说，如果没有管理经验，买机时也不错。
PBS脚本，跨节点并行，使用nfs共享磁盘，使用infiniband网络，没有ib网络自动fallback到tcp网络
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -r n
#PBS -l nodes=3:ppn=12
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -j oe
#PBS -V

# go to work dir
cd $PBS_O_WORKDIR

module load intel/impi/4.0.3.008

# The program we want to execute
EXEC=/share/apps/vasp/bin/vasp5.2.12.sse42

# Intel MPI Home
MPI_HOME=/opt/intel/impi/4.0.3.008

# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors:  $NP"
echo "---------------------------"

echo "Starting VASP run at" `date`

# running program
$MPI_HOME/bin64/mpiexec.hydra -genv I_MPI_DEBUG 3 -genv I_MPI_FABRICS shm:dapl -genv I_MPI_FABRICS_LIST dapl,tcp -genv I_MPI_FALLBACK enable -n $NP $EXEC > $PBS_O_WORKDIR/run.log

echo "VASP job finshed at" `date`
赞一下 回复此楼
19楼2012-11-01 11:12:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzuvivi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by wuy069 at 2012-11-01 11:12:59
用的我们自己的机器；有买机时那个钱还不如自己买机器，当然对于我们自己来说，如果没有管理经验，买机时也不错。
PBS脚本，跨节点并行，使用nfs共享磁盘，使用infiniband网络，没有ib网络自动fallback到tcp网络
...

非常感谢你的分享！其实我们有自己的机子，只是不够用而已。。呵呵！
其实，我比较感兴趣的是你脚本里的“module load intel/impi/4.0.3.008”这句话。这个是用什么第三方程序来管理你要用到的编译环境？我知道的是有些超算中心也有类似这样的环境管理。这样，可以满足不同任务对不同环境的需求。
赞一下 回复此楼
20楼2012-11-01 18:14:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fzuvivi 的主题更新
262/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 4/200 2026-08-04 04:54 by k7OM8YghWbkC
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:50 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 6/300 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 5/250 2026-08-04 04:44 by k7OM8YghWbkC
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:41 by k7OM8YghWbkC
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 9/450 2026-08-04 03:56 by kf2781974
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 7/350 2026-08-04 03:35 by k7OM8YghWbkC
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 03:21 by k7OM8YghWbkC
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
[高分子] UV压敏胶开发 +3 ichall 2026-07-30 5/250 2026-08-03 14:40 by Sunrisepay
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 16/800 2026-08-03 12:23 by fuweiguochen
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +19 低垂的野花 2026-07-31 25/1250 2026-08-03 09:25 by gy116024
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +16 布布和一二 2026-07-30 22/1100 2026-08-03 09:20 by gy116024
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 12/600 2026-08-03 08:22 by syl200707
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +15 wangze12014 2026-07-28 19/950 2026-08-02 20:05 by 蔡棒棒菂
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭