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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求做分子动力学模拟的大神支援啊
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Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] 求做分子动力学模拟的大神支援啊

想用分子动力学模拟纳米流体中三样东西之间的相互作用  是不是不太好模拟？

就是 基液 + 2种溶质分子

求支援啊 ~~

拜托顺便说下用什么软件做。。。现在分子动力学的软件太多了。。还都是全英文的。。看着真心伤不起啊。。。。

我们实验室也买了MS（但是方向不一样）。。但是我看网上说MS貌似做不了流体方面的模拟啊。。。。求大神帮帮忙啊。。。

[ Last edited by Zr891002 on 2012-10-24 at 12:36 ]
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加油，一定能成功
1楼 2012-10-24 12:34:40
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, jiao版这么牛啊！哈哈~我现在是做到模拟不同蛋白质和纳米材料的相互作用，向你学习！ 2012-10-24 17:14:17
内容已删除
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2楼2012-10-24 14:05:44
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Zr891002

金虫 (小有名气)
内容已删除
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加油，一定能成功
3楼2012-10-24 16:21:36
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-24 20:07:32
NAMD  GROMACS 都可以，我都用
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4楼2012-10-24 16:39:19
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-25 09:22:29
的却，楼上说的那个软件也可以，不过lammps功能更强大，但是有点麻烦就是要找到你所模拟东西的力场参数，才能模拟，而不像MS大部分是内置的力场参数。
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5楼2012-10-25 08:06:00
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xiaoze123

禁虫 (初入文坛)
★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-26 08:52:59
本帖内容被屏蔽
6楼2012-10-26 08:50:56
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-26 22:24:09
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaoze123 at 2012-10-26 08:50:56
个人认为lammps的功能比较强大，只是在建立模型方面没有其他的方便，楼主可能要自己写一部分建模的小程序啦

好好学习一下VMD吧，这个建模以及后处理都非常好，
最多再简单的学习一下packmol，这几个开源软件，建模基本上就够了。
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7楼2012-10-26 08:59:18
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Zr891002

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-26 08:59:18
好好学习一下VMD吧，这个建模以及后处理都非常好，
最多再简单的学习一下packmol，这几个开源软件，建模基本上就够了。...

多谢大神指教。。。

但是对于我这么一个LINUX零基础的人，现在用这些东西很头疼啊。。。一会点了没反应。。。一会命令不知道怎么输。。。哎。。。

遇到问题都不知道问谁。。

只有继续搞了啊。。。
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加油，一定能成功
8楼2012-10-26 12:26:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by Zr891002 at 2012-10-26 12:26:50
多谢大神指教。。。

但是对于我这么一个LINUX零基础的人，现在用这些东西很头疼啊。。。一会点了没反应。。。一会命令不知道怎么输。。。哎。。。

遇到问题都不知道问谁。。

只有继续搞了啊。。。...

呵呵，搞MD的开始都是这样的，继续努力吧
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9楼2012-10-26 14:07:30
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weizhang12

金虫 (著名写手)
纳米管道内流体的模型据我所知不靠谱，所以近来很少类似文章。对于纳流控这块理论的分析多一些。
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将相本无种
10楼2012-10-26 17:05:11
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