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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何才能获得某种植物的所有3'UTR数据？
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selinhil

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何才能获得某种植物的所有3'UTR数据？

先吐一口吧，小弟学计算机的，天天弄这个数据伤不起啊。。。
请教下如何才能获得一种植物，比如番茄的所有3’UTR数据呢？
看了一下网上有人说获得mRNA截取ORF后面，首先mRNA不知道去哪里搞，然后我想用EST里面的cDNA来着，其次对假设有50000多条mRNA找ORF是可能实现的么？。。。反正好乱
因为看的文献里面都是用人或者线虫之类的，可以直接在UCSC里面下载所有的3'UTR
各位大哥帮忙解惑一下好么
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1楼 2012-10-09 10:38:44
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gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一种植物中有好多基因的，每个基因都有3’UTR，即使研究的最透彻的模式植物如拟南芥等，也不一定含有所有的3’UTR的。
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selinhil
持之以恒、永不放弃！
2楼2012-10-09 11:18:44
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selinhil

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by gwd0312 at 2012-10-09 11:18:44
一种植物中有好多基因的，每个基因都有3’UTR，即使研究的最透彻的模式植物如拟南芥等，也不一定含有所有的3’UTR的。

可能我表述的有问题，我能够获得大量拟南芥的3‘utr么？如果可以的话我应该去哪里找？
如果是番茄呢？能同样获得大量的3’utr么？
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3楼2012-10-09 13:15:27
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