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qianshangu

木虫 (正式写手)


[资源] 合成生物学相关知识

合成生物学,很新的生物学领域
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yuanlang

铜虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

十分感谢, 的确是很新的领域

<转载>
Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜

突然心血来潮也想写几句,文采没有云彩老兄好,大家凑合着看吧。

说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域, 我是从学习nonlinear
dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
.这本书深入浅出,已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上,但是2005年波士顿ICSB2005
年会依然请他做了一个演讲。

提到他,就要提到他的导师,Arthur Winfree,此人我觉得算得上当代math biology
的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
个致敬了 (全部内容都是Arthur Winfree 的研究,没有Steve Strogatz 自己的研究
。Arthur Winfree 2002 年去世的)。

为此,John Tyson & Leon Glass 还在 Journal of Theoretical Biology 上专门写了
一片悼念文章。说到这,就要说说John Tyson 这个人。作为最早的几个 Math Biology
先驱之一,John Tyson 不遗余力的推广数学在生物领域的认同,率先推出了
bistability 在生物领域的应用。当时还没有什么人能够接受这个概念。现在已经被广
泛的接受了。在人品上也是没得说,我觉得他配的上“德艺双馨“这个词了。但是
Virginia Tech 苦于没有医学院,在合作上受到一定限制。

悼念文章的另一个作者 Leon Glass 我了解不多。他现在McGill University. 现在与
他共事的一个年轻人叫Peter Swain. 相比生物背景的同学现在才开始看到认识的人名
吧?他早年和Michael Elowitz 一同投师于洛克菲勒大学 Dr. Leibler 门下,写出那
片“两个颜色看噪音:)“ 的文章。简单有效的想法,一目了然的结果。好文章。自
然现在要提起Michael Elowitz。他现在在caltech ,最近一篇文章也很有趣,成功用
数学模型解释了细胞为什么会暂时competent ( 我不知道这个词中文是什么)。 记得前
一阵子有一个同学还在化学版对他不屑,说他几年都讲同一个东西。我觉得这个批评不
大公平。虽然现在断言他的成就还为时过早,至少现在看来他还算是这个领域年轻一辈
的翘楚。

他的导师,Stanislas Leibler, 在生物版上有不少扇子。早年一篇“生物振荡器“(
呵呵)和 James Collins 的 “生物开关“背靠背在“自然“ 上发表开创了
Synthetic Biology 的新时代。据我所知此人物理背景。这几年文章不多,估计在琢磨
大问题呢。。。。。

这下又提出了另一个人物James Collins。 此人工程背景,因为作人体平衡研究得了麦
克阿瑟奖。进入Synthetic Biology 领域又打出一番天地。其中成功的秘诀也值得我们
学习。

他的一个弟子Jeff Hasty 现在在UCSD, 事业起步不久,势头不错。另外,他也是物理
背景。提起物理背景, 我又不得不提另外一个年轻才俊, Alexander van
Oudenaarden, 这个人也是几年内大杂志文章相关水一样,年纪轻轻,十分安静的一个
人。谈起年轻人,另外一个代表就是 Johan Paulsson. 此人现在在 哈佛 系统生物学
系。 不知为什么,他并没有出色的实验理论结合的文章, 就凭几篇理论文章就被哈佛
相中,以后会有什么成果,我们拭目以待。既然说到年轻人,还有一个不能漏掉的就是
MIT 的 Drew Endy, 这个人待人和善,没有别的年轻才俊那种盛气凌人的感觉,颇合
中国人的胃口。另外据说对学生也很好。但是这几年成果不多,不知道能否在MIT 一直
待下去。

说到这里,要提一下他的老板 Roger Brent, 也是牛人。领头一个阿尔法项目,结合生
物和数学想要把酵母研究个通透。也很有意思。

还是让我们接着年轻人这个话题吧,这个领域很年轻,很多行内人也很年轻。说说他们
也许对我们有些启发。

既然说到Roger Brent, 那就接着说加州吧。 伯克里是不可不提的。Jay Keasling 用
酵母生产奎宁,造福人类啊。这个项目是被盖茨梅林达基金资助的。虽然我不喜欢微软
,但是盖茨还是一个好人啊。跑题了。另外一个伯克里的年轻才俊就是 Adam Arkin 了
。前阵子好像还有这个版上同学想去他那里的。早年发过一些不错的文章,近年影响大
的文章不多。

说了这么多年轻人,怎么就没有中国人呢? 在caltech 有个著名的女教授作“可控进
化“的叫Frances Arnold 的。使这个领域的带头人。她有个弟子叫 lingchong you,
现在在Duke。 他算是年轻一辈中国人在这个领域的代表了吧。但愿版上的同学好好学
习,天天向上,也能加入他的行列。

提到lingchong you, 他的一个合作者也不得不提,就是Ron Weiss. 此人MIT 电子工
程毕业,现在在普林斯顿。作出很多有趣的“细菌图案“。现在好像要开始搞干细胞了
。。。。。

说道细菌图案, 又想到了一个人就是Christopher Voigt,这个人曾经展示过用细菌照
相,现在又好像开始琢磨用细菌吐丝。河马不是还想过和他合作么,也不知道怎么样了
。。。。。。。他也是Frances Arnold的弟子。

还有个人我想提提的就是哈佛的Erin O’shea ,她好像是Decay 的原来老板,后来被
传闻,没核实过)。

说了这么多人,没怎么提到神经生物学的。按理说,数学在神经生物学的应用历史很久
说了这么多人,没怎么提到神经生物学的。按理说,数学在神经生物学的应用历史很久
了。应该仅次于数学在生态和遗传学的应用。可惜我不是很熟悉这个领域。只好说说我
知道的数学方面的,但愿能有帮助。我知道一个大牛 Charles Peskin. 此人现在纽约
大学库兰研究院(数学重镇)。据说他还有一个MD 学位,后来觉得数学魅力大,改行
了。这样的人在库兰研究院不止一个,有意思。Charles Peskin 现在做什么我不清楚
,但是他桃李满天下,Paul Bresloff 在犹他,Lisa Fausi 在Tulane, 好像都是在做
神经方面的。好像还有个学生在做Alexander van Oudenaarden的博士后。另外还有个
人在匹兹堡,Bard Ermentrout,(不是Charles Peskin的学生)很有意思的一个人。也
是XPPAUTO 的作者。

先写这么多吧。。。。。。大家也来补充补充。。。。。
2楼2007-06-16 20:03:13
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简单回复
wyq81193楼
2007-06-16 23:04   回复  
好!!!!
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