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lhazrael

木虫 (正式写手)

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[求助] 生物类的请帮忙看下审稿意见，急！！

急着毕业所以投的是biotechnology letters，不知道是为什么就给了一个审稿人的意见，下面是审稿建议：
- Using RT-PCR rather than qRT-PCR is risky and may lead to misleading results. It is unclear to me whether the gel presented in fig 1 is a representative of several independent experiments or just a one-shot test. I would strongly urge the authors to use qPCR to determine the level of RNAi in teh transpormants. The number of replicats used should be indicated for all of the data presented (not just fig 1). （实验结果的确是一次实验得到的one-shot test）
- I have the same question for the growth data. Are the pictures shown the representative of several biological replicats and if so, was there any variation in the growth for the transformants, or is this just a single experiment.
- The absence of a correlation between the effect on growth and on conidiation requires more discussion (assuming this is reproducable) and at least an hypothesis. Based on the current text the authors suggest that donwregulation of the chitin synthase results in reduced growth and conidiation, but based on the current data these effects are not linked. An explanation or hypothesis is needed.
- The correlation between expression and penicillin production also does not fit. E.g. transformants 10, 11 and 15 have similar expression as the original strain but significantly reduced production. This could again be due to an artefact of the RT-reaction, strengthening the need for qPCR.

1.实验室做分子很少，qPCR更没做过，感觉做rt-pcr已经很崩溃了，再摸索估计耗很长时间，看的相关文章也有直接做RT-PCR的，能不能绕过不做qPCR啊？
2.第一个问题中的The number of replicats是不是指实验重复次数？
3.第二个问题，我的实验数据中都有error bar的，除了菌落和菌丝照片，他为什么还这么问呢？
4.关于第三个问题，我做的实验也是参照国外的文献做的，别人的结果就这样啊，也没细讲，再说中间的关系肯定复杂的很啊，怎么回答？
5.第四个问题，影响产量的因素很多啊，我文章中有大体解释过，产量的下降跟发酵过程中的传质传氧结球有很大关系的，但因为是letters，图片数文章篇幅都有限制，不可能细讲的啊

希望高手帮忙啊，急！！

[ Last edited by lhazrael on 2012-10-7 at 14:16 ]

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1楼2012-10-07 14:12:17

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wenzonglu

木虫 (正式写手)

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专业: 抗肿瘤药物药理

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lhazrael: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-10-08 22:57:48

引用回帖:

10楼: Originally posted by lhazrael at 2012-10-08 19:35:24
非常感谢您的回复，还想再问一下:
第一个问题里，我没讲那句话，如果在文章中补上的话是不是要把软件分析条带亮度的具体数据写上去呢？
第二个问题我没有做定量RT-PCR呀，请问复制数怎么算？（接触的比较少，可能 ...

呵呵，楼主文章中没有提到我上述的话PCR products were ......... photographed under ultraviolet illumination. Total gray were estimated by Glyko BandScan 4.5 for RT-PCR products, and the data were presented as the ratio of samples densitometric units to the β-actin 当然不行啦，难怪审稿人会质疑数据结果（尽管肉眼看差异显著，统计学要求数据统计不是肉眼观察统计，呵呵，轻松一下）。补上之后，软件分析条带亮度的具体数据必需有而且还要有误差值（可参考附件图，横坐标是各个基因，没有参考基因(⊙o⊙)哦）。

审稿人说的是定量RT-PCR的复制数数据，你没做当然没有啦（你的数据是相对灰度值，就是软件分析条带亮度的具体数据，每个基因比上参考基因值，数值一般不超过1的）。

你目前只能这样修改后投稿，就算拒稿也是很快，要么就是接收，总之风险各占一半，楼主自己掂量吧。

111.jpg