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libingtong

铁虫 (小有名气)

[求助] 求序列拼接

一株菌,测了18S序列,有两头的数据,不会拼接,求大虾帮忙啊~
[
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没有什么不可以
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
libingtong: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 应助 很给力 2012-09-28 08:32:24
给你拼了一下。不过重叠部分的序列需要你自己仔细手动修改。
sequence.docx(13.21KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GCALSRROMNOT?p=130497
Contig 1 (read-only).pdf(348.51KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GFHAPBSTPQPM?p=130497
2楼2012-09-28 07:08:04
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libingtong

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-09-28 07:08:04
给你拼了一下。不过重叠部分的序列需要你自己仔细手动修改。
sequence.docx(13.21KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GCALSRROMNOT?p=130497
Contig 1 (read-only).pdf(348.51KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GFHAPBST ...

拼接结果我看了,重叠部分不一样的还蛮多的,自己改的话依据哪一条改呀?还请大侠多多指教
没有什么不可以
3楼2012-09-28 08:31:34
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by libingtong at 2012-09-28 08:31:34
拼接结果我看了,重叠部分不一样的还蛮多的,自己改的话依据哪一条改呀?还请大侠多多指教...

可以根据你的abi文件里面的峰图看测序质量,相信质量高的那个。我已经根据经验稍微改了一下拼接序列。你还要对比一下原始序列,测出的序列只是机器识别,有些地方比较模糊,要自己判断。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-09-28 13:39:12
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libingtong

铁虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-09-28 13:39:12
可以根据你的abi文件里面的峰图看测序质量,相信质量高的那个。我已经根据经验稍微改了一下拼接序列。你还要对比一下原始序列,测出的序列只是机器识别,有些地方比较模糊,要自己判断。...

一个一个对 有的干了,非常谢谢大侠的帮助!
没有什么不可以
5楼2012-10-01 09:42:04
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

也不用一个一个对,机器识别虽然不是100%可信,但也是差不多的,你先把拼好的序列和原序列比一下,看看什么地方不一样,再具体看峰图。
6楼2012-10-02 07:41:12
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