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xinghe99

银虫 (小有名气)

[求助] 谁用过raspa软件包,求助!

本人初学分子模拟,上手raspa软件包感觉很生涩,linux操作系统也是刚刚接触。求助大家,怎么对晶体结构文件(比如cif文件)进行编辑,以用于计算。新虫金币不多,拿出10金币以表谢意!
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不再犹豫 海阔天空
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zyj8119

木虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 应助指数-1, 抱歉,老专家,您的回帖不是应助哇 2012-09-28 10:04:13
你在snurr组????
好好学习,天天向上。
2楼2012-09-28 09:58:50
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xinghe99

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2012-09-28 09:58:50
你在snurr组????

不在  我在国内  老板给我这个软件包让我学  我上手感觉难度比较大 以前基础不好
不再犹豫 海阔天空
3楼2012-09-28 10:03:14
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lmylmy

木虫 (小有名气)

Snurr组已经把raspa公开了?
4楼2012-09-28 11:33:54
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lmylmy

木虫 (小有名气)

能不能共享一下,大家一起研究
5楼2012-09-28 11:37:07
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flamcsd

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-19 18:40:38
xinghe99: 金币+5, 有帮助, 谢谢你 希望你能继续回答我的问题 感激不尽~ 2012-10-22 09:30:54
对于没有GUI 的软件, 一般都用material studio 来进行编辑, 还有个软件叫什么crystal 什么的GUI , 也可以对cif 进行编辑,
不过material studio 有个坏处, 有时候对cif file 变成 P1, 然后进行 clear disorder 处理, 变成P1 以后, cif file 里面的分子的名字就会被重写, 就乱了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2012-10-19 17:32:16
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xinghe99

银虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by flamcsd at 2012-10-19 17:32:16
对于没有GUI 的软件, 一般都用material studio 来进行编辑, 还有个软件叫什么crystal 什么的GUI , 也可以对cif 进行编辑,
不过material studio 有个坏处, 有时候对cif file 变成 P1, 然后进行 clear disord ...

不理解  软件包自带一些例子可以正常运行  
我现在想自己算一些  比如说我要模拟CO2在ZIF中的吸附  我有ZIF的mol文件  这个文件应该放在什么地方?
还有  ZIF的力场文件怎么设定呢?
不再犹豫 海阔天空
7楼2012-10-22 09:29:48
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flamcsd

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-27 09:16:42
xinghe99: 金币+5, 有帮助, 非常感谢 2012-11-01 08:56:31
ZIF 的mol 文件 放在 。。。/RASPA/simulations/share/raspa/structures/xyz  这个文件夹里面,
ZIF 的力场文件放在 。。。/RASPA/simulations/share/raspa/forcefield  这个文件夹里面,

不好意思, 在国外, 登陆小木虫慢得要死, 所以不常登陆,
如果你有raspa 软件的话,在这里面 。。。/RASPA/doc  应该有pdf 教程,

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

8楼2012-10-26 19:25:44
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xinghe99

银虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by flamcsd at 2012-10-26 19:25:44
ZIF 的mol 文件 放在 。。。/RASPA/simulations/share/raspa/structures/xyz  这个文件夹里面,
ZIF 的力场文件放在 。。。/RASPA/simulations/share/raspa/forcefield  这个文件夹里面,

不好意思, 在国外, ...

我现在不会定义zif的力场文件  
我给你发站内消息了  希望能和你详细交流一下
不再犹豫 海阔天空
9楼2012-11-01 08:56:07
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没有烟的火柴

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by flamcsd at 2012-10-26 19:25:44
ZIF 的mol 文件 放在 。。。/RASPA/simulations/share/raspa/structures/xyz  这个文件夹里面,
ZIF 的力场文件放在 。。。/RASPA/simulations/share/raspa/forcefield  这个文件夹里面,

不好意思, 在国外, ...

请问您对raspa里的VTK的做法比较了解吗?
10楼2016-04-13 21:37:06
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