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huangwei11

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI比对麦冬ITS序列，结果与多个物种相近。请帮忙！

各位 ：我最近十分苦恼， 求赐教 ！ 我最近做了部分麦冬的ITS，  克隆测序回来 ncbi里比对后居然大部分和菌类相近， 部分和姜黄相近，  还有一个和藻类相近， 还有几个和麦冬是一类。真心请各位帮忙找下原因。先谢谢啦！
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1楼 2012-09-25 17:17:46
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liuyi8203

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
huangwei11: 金币+2, ★有帮助, 嗯 我也这么觉得的 谢谢 2013-03-12 15:44:55
可能是你选的ITS引物序列保守性太好了，扩增产物和其他真核生物的ITS序列很近。建议先分析麦冬ITS序列再设计引物，这样特异性要好很多。
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3楼2013-01-11 09:52:42
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jb1003

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-01-09 19:30:08
huangwei11: 金币+1, ★有帮助, 谢谢啊，我个人多次验证觉得还是引物的问题。 2013-03-12 15:44:20
这是有可能的！你先确定麦冬ITS的范围，然后来分析麦冬间的关系，其他什么菌类，姜黄可以不理睬。
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2楼2013-01-09 11:55:09
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