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schalke

至尊木虫 (著名写手)

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专业: 生物化学

[求助] 运算化设计一种酶催化亚油酸二聚反应，如何设计氢键结合位点？

亚油酸甲酯是含有9,12位双键的C18脂肪酸甲酯，高温或催化剂条件下都可通过Diels-Alder机理形成六元环二聚体，其中一个作为dienophile，另一个作为diene。
现在想设计一种酶来催化该反应，需要通过两个氢键分别连接富电子基团和缺电子基团实现绑定进而降低LUMO-HOMO的能垒。文献报道为另一反应所设计的酶中一个氢键与羰基连接，一个氢键与氨基连接来实现功能。
现在的问题是亚油酸甲酯仅含有羰基基团，如何有效绑定？另外酶催化二聚反应的难点在于在与氢键结合过程中如何区分两种反应物（作为二烯的亚油酸甲酯为trans,trans构象；作为亲二烯体的亚油酸甲酯为cis,trans构象）？

我不知道发在贵版块是否正确，请各位大侠帮帮忙，谢谢！如果哪个版块可以更好的解决这个问题，也请告诉我，谢谢！

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