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lhjxgy

银虫 (正式写手)

[求助] 计算反铁磁

我是学配位化学的，近来合成了五个锰的配合物，有双核，四核，六核，统一锰链，交替锰链SBU的化合物，做了磁性，但是我想通过量化计算计算它们的理论J值，从而比较一下它们磁性传递情况，我应该从哪入手啊？
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1楼 2012-08-28 09:35:11
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lingznpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-08-28 14:39:42
对于线性的构型了解的不多，但对反铁磁的计算，可以参考G09手册以下部分：
Antiferromagnetic coupling. Here is an example of a fragment guess job. The first step generates guesses for each one of the fragments, and
then combines them together into a guess for the SCF on the full molecule. The second step reads in that guess for a subsequent calculation. The
charge and multiplicity line has the overall molecular charge and multiplicity first, followed by those for each fragment.
This example is Fe2S2 + 4 S-R ligands, where R is a phenyl group. It is a singlet with an overall charge of -2. The guess does each bare sulfur as
S(2-) closed-shell (fragments 2 and 4), the two irons as Fe(3+) sextets antiferromagnetically coupled (fragments 1 and 3, with 1 being alpha-spin
and 3 beta-spin), and each of the S-R fragments (5-8) as closed-shell singlet anions.
需要注意的是，
%chk=FragGuess
%mem=64mw
#P UBP86/6-311G(d) Guess=(Fragment=8,Only) Pop=None

第一步只做初猜，第二步在家优化或其他性质计算的关键词。有时候为了得到你想要的构型，你只能选比较小的基组算，收敛后慢慢往上加基组。

如果用G03，高斯网站上介绍过一种方法，觉得比较复杂。一个简单的方法是，先收敛到多重度为3的构型，然后再把多重度改为1继续算，很快能得到反铁磁的构型。如果仍有困难，计算量不大的话，把高自旋的构型的结果拿出来，再把多重度改为1继续算，应该会有好的结果。

没算过J值，J值得计算可以参考附件的文献！
反铁磁.rar
http://kuai.xunlei.com/d/GSJVPILVWETJ?p=130497
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2楼2012-08-28 10:58:48
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lingznpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

哦，线性的反铁磁的Fragment上的多重度应该在Mn上间隔设置，如，Mn1:5，M2：-5， Mn3:5，Mn4：-5
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3楼2012-08-28 11:02:22
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
gaussian03没用过，用gaussian09可以总过组合片段波函数来设置反铁磁，但是关键是一个分子要分成几块，对应的多重度和电荷设置，非磁性部分是不是都必须是单重态？希望高手多多指点。。。
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4楼2012-08-28 13:24:34
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by lingznpmg at 2012-08-28 10:58:48
对于线性的构型了解的不多，但对反铁磁的计算，可以参考G09手册以下部分：
Antiferromagnetic coupling. Here is an example of a fragment guess job. The first step generates guesses for each one of the fra ...

请问下一个分子到底如何分割几块最合适？奇数和偶数块组合的波函数有差别吗？有时候我把一个分子分割的时候非磁性部分的那块自旋多重度不是单重态 计算就出错。
两步需不需要stable=opt这个命令，直接用结构算不优化得到的J值偏离太离谱，刚刚开始摸索，请多指教。。谢谢。。
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5楼2012-08-28 13:30:17
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lingznpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 杨寻 at 2012-08-28 13:30:17
请问下一个分子到底如何分割几块最合适？奇数和偶数块组合的波函数有差别吗？有时候我把一个分子分割的时候非磁性部分的那块自旋多重度不是单重态 计算就出错。
两步需不需要stable=opt这个命令，直接用结构算不优 ...

这个不太清楚，我练习的时候用的G09Fe4S4的例子，把它分了8个碎片，一个原子一个碎片，用高基组收敛不了，用小基组可以收敛。后来，发现Fe2S2单重态是闭壳层的抗磁性的（Fe上自旋密度是0,0），stable=opt后就变成反铁磁的。
对于好多都比较糊涂，请有经验的虫虫多帮帮忙！
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6楼2012-08-28 16:37:54
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by lingznpmg at 2012-08-28 16:37:54
这个不太清楚，我练习的时候用的G09Fe4S4的例子，把它分了8个碎片，一个原子一个碎片，用高基组收敛不了，用小基组可以收敛。后来，发现Fe2S2单重态是闭壳层的抗磁性的（Fe上自旋密度是0,0），stable=opt后就变成反 ...

Fe4S4分割的很巧妙，除了两个Fe-fragment,其它非金属都是单重态，第一步好像只是组合一个初始波函数留作第二步计算能量用。再问下那个文献里的borken symmetry是第二步计算的模型是在反铁磁的模型基础上加上取消对称行命令scf=nosymm,还是直接就用反铁磁模型？
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7楼2012-08-28 18:28:51
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lingznpmg

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 杨寻 at 2012-08-28 18:28:51
Fe4S4分割的很巧妙，除了两个Fe-fragment,其它非金属都是单重态，第一步好像只是组合一个初始波函数留作第二步计算能量用。再问下那个文献里的borken symmetry是第二步计算的模型是在反铁磁的模型基础上加上取消对 ...

“Fe4S4分割的很巧妙，除了两个Fe-fragment,其它非金属都是单重态，第一步好像只是组合一个初始波函数留作第二步计算能量用。“这个是对的。

“再问下那个文献里的borken symmetry是第二步计算的模型是在反铁磁的模型基础上加上取消对称行命令scf=nosymm,还是直接就用反铁磁模型？”这个问题我不知道，我只算过构型和能量，没算过J值。他们用的是Turbmole，听一个老师说Turbmole处理过渡金属很好！

希望更多的前辈参与讨论，指导！
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8楼2012-08-28 21:53:54
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by lingznpmg at 2012-08-28 21:53:54
“Fe4S4分割的很巧妙，除了两个Fe-fragment,其它非金属都是单重态，第一步好像只是组合一个初始波函数留作第二步计算能量用。“这个是对的。

“再问下那个文献里的borken symmetry是第二步计算的模型是在反铁磁 ...

非常感谢。。只有自己组合尝试了。。。
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9楼2012-08-28 22:07:44
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zhoucb
10楼2012-08-28 22:24:43
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