应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 小女纸最近准备做RACE，要P中间序列，求大神帮忙设计简并引物~~~！
52/1返回列表
查看: 1862  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jophia_pp

铜虫 (初入文坛)

[求助] 小女纸最近准备做RACE，要P中间序列，求大神帮忙设计简并引物~~~！

同类物种的序列放在附件上面。拜托拜托啦~~~
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : LY.txt
    • 2012-08-27 08:51:40, 1.76 K
  • 附件 2 : 斑马鱼.txt
    • 2012-08-27 08:51:40, 1.66 K
  • 附件 3 : 稀有鲫.txt
    • 2012-08-27 08:51:40, 2.19 K

» 猜你喜欢
omg
1楼 2012-08-27 08:53:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠
引用回帖:
10楼: Originally posted by jophia_pp at 2012-08-30 11:00:49
下游引物那个在3'UTR上面啊亲...

下游没有在UTR上的，以LY为例，其ORF全长为1554bp，上游引物在242bp，下游在1493bp，都在ORF上
具体信息：
Oligo: 5'-TACTGTCGGTTCATTTGGTCT-3'
Primer1: 21 bases
Composition  2 A; 4 C; 5 G; 10 T; 0 OTHER
Percentage:  9.5%  A; 19.0%  C; 23.8%  G; 47.6%  T; 0.0%OTHER
MW=6.47 kDa
Hybridization: D
Salt: 50 mM
Formamide: 0%
Mismatch: 0 bp
Thermo Tm = 57.2癈  Hybridization Tm = 48.9癈  GC+AT Tm = 60.0癈

Oligo: 5'-CTGTGAAAGGTTGTTGGTTTG-3'
Primer1: 21 bases
Composition  3 A; 1 C; 8 G; 9 T; 0 OTHER
Percentage:  14.3%  A; 4.8%  C; 38.1%  G; 42.9%  T; 0.0%OTHER
MW=6.60 kDa
Hybridization: D
Salt: 50 mM
Formamide: 0%
Mismatch: 0 bp
Thermo Tm = 58.2癈  Hybridization Tm = 48.9癈  GC+AT Tm = 60.0癈
赞一下 回复此楼
麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起，么有鱼丸粗面。。那，我要鱼丸么有鱼丸那，我要粗面…………么有粗面那，我要鱼丸粗面……………………
11楼2012-09-02 16:54:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-08-30 14:44:58
P1:GGCATCATATTCAACTCAAATG
P2:GCAGAAAAACTCGACCAGCT
P3:TGAAGAAAGGAACAAACATCAT
这个是3 RACE的上游引物，因为你的三个序列相似度已经很高，所以也不一定要用兼并引物，我截取了三个序列中基本相似的区段设计了三条不同位置的上游引物，一般是可以把3·-UTR填补完整，而5 RACE原理同3 RACE
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jophia_pp
麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起，么有鱼丸粗面。。那，我要鱼丸么有鱼丸那，我要粗面…………么有粗面那，我要鱼丸粗面……………………
2楼2012-08-27 20:32:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jophia_pp

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mgangle at 2012-08-27 20:32:37
P1:GGCATCATATTCAACTCAAATG
P2:GCAGAAAAACTCGACCAGCT
P3:TGAAGAAAGGAACAAACATCAT
这个是3 RACE的上游引物，因为你的三个序列相似度已经很高，所以也不一定要用兼并引物，我截取了三个序列中基本相似的区段设计了 ...

可是我是要做基因克隆哦，要测全长的呀，得先把中间段P出来哦。再去拼接3‘UTR呀
赞一下 回复此楼
omg
3楼2012-08-28 14:30:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jophia_pp: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-08-28 17:11:55
引用回帖:
3楼: Originally posted by jophia_pp at 2012-08-28 14:30:15
可是我是要做基因克隆哦，要测全长的呀，得先把中间段P出来哦。再去拼接3‘UTR呀...

你可以找中间的保守区段作为引物设计区段，如果你目前的序列比较靠后，直接做3 RACE也是可行的。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jophia_pp
麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起，么有鱼丸粗面。。那，我要鱼丸么有鱼丸那，我要粗面…………么有粗面那，我要鱼丸粗面……………………
4楼2012-08-28 15:12:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +5 zju2000 2026-08-16 5/250 2026-08-16 23:23 by Haru815
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +9 Ldrop2023 2026-08-13 9/450 2026-08-16 13:24 by wukun_007
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭