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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 小女纸最近准备做RACE，要P中间序列，求大神帮忙设计简并引物~~~！
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jophia_pp

铜虫 (初入文坛)

[求助] 小女纸最近准备做RACE，要P中间序列，求大神帮忙设计简并引物~~~！

同类物种的序列放在附件上面。拜托拜托啦~~~
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  • 附件 1 : LY.txt
    • 2012-08-27 08:51:40, 1.76 K
  • 附件 2 : 斑马鱼.txt
    • 2012-08-27 08:51:40, 1.66 K
  • 附件 3 : 稀有鲫.txt
    • 2012-08-27 08:51:40, 2.19 K

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omg
1楼 2012-08-27 08:53:04
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mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠
引用回帖:
10楼: Originally posted by jophia_pp at 2012-08-30 11:00:49
下游引物那个在3'UTR上面啊亲...

下游没有在UTR上的，以LY为例，其ORF全长为1554bp，上游引物在242bp，下游在1493bp，都在ORF上
具体信息：
Oligo: 5'-TACTGTCGGTTCATTTGGTCT-3'
Primer1: 21 bases
Composition  2 A; 4 C; 5 G; 10 T; 0 OTHER
Percentage:  9.5%  A; 19.0%  C; 23.8%  G; 47.6%  T; 0.0%OTHER
MW=6.47 kDa
Hybridization: D
Salt: 50 mM
Formamide: 0%
Mismatch: 0 bp
Thermo Tm = 57.2癈  Hybridization Tm = 48.9癈  GC+AT Tm = 60.0癈

Oligo: 5'-CTGTGAAAGGTTGTTGGTTTG-3'
Primer1: 21 bases
Composition  3 A; 1 C; 8 G; 9 T; 0 OTHER
Percentage:  14.3%  A; 4.8%  C; 38.1%  G; 42.9%  T; 0.0%OTHER
MW=6.60 kDa
Hybridization: D
Salt: 50 mM
Formamide: 0%
Mismatch: 0 bp
Thermo Tm = 58.2癈  Hybridization Tm = 48.9癈  GC+AT Tm = 60.0癈
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麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起，么有鱼丸粗面。。那，我要鱼丸么有鱼丸那，我要粗面…………么有粗面那，我要鱼丸粗面……………………
11楼2012-09-02 16:54:01
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mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-08-30 14:44:58
P1:GGCATCATATTCAACTCAAATG
P2:GCAGAAAAACTCGACCAGCT
P3:TGAAGAAAGGAACAAACATCAT
这个是3 RACE的上游引物，因为你的三个序列相似度已经很高，所以也不一定要用兼并引物，我截取了三个序列中基本相似的区段设计了三条不同位置的上游引物，一般是可以把3·-UTR填补完整，而5 RACE原理同3 RACE
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jophia_pp
麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起，么有鱼丸粗面。。那，我要鱼丸么有鱼丸那，我要粗面…………么有粗面那，我要鱼丸粗面……………………
2楼2012-08-27 20:32:37
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jophia_pp

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mgangle at 2012-08-27 20:32:37
P1:GGCATCATATTCAACTCAAATG
P2:GCAGAAAAACTCGACCAGCT
P3:TGAAGAAAGGAACAAACATCAT
这个是3 RACE的上游引物，因为你的三个序列相似度已经很高，所以也不一定要用兼并引物，我截取了三个序列中基本相似的区段设计了 ...

可是我是要做基因克隆哦，要测全长的呀，得先把中间段P出来哦。再去拼接3‘UTR呀
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omg
3楼2012-08-28 14:30:15
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mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jophia_pp: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-08-28 17:11:55
引用回帖:
3楼: Originally posted by jophia_pp at 2012-08-28 14:30:15
可是我是要做基因克隆哦，要测全长的呀，得先把中间段P出来哦。再去拼接3‘UTR呀...

你可以找中间的保守区段作为引物设计区段，如果你目前的序列比较靠后，直接做3 RACE也是可行的。
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jophia_pp
麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起，么有鱼丸粗面。。那，我要鱼丸么有鱼丸那，我要粗面…………么有粗面那，我要鱼丸粗面……………………
4楼2012-08-28 15:12:20
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