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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 很奇怪的问题，vasp计算ENCUT设大就不让计算，高手帮忙啊！
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-08-12 10:27:04
引用回帖:
10楼: Originally posted by aylixmut at 2012-08-11 17:18:51
谢谢，我试了也不行，看来我也是属于后者，有的折腾啊。谢谢...

那就直接换PGI吧
不过，修改里面的一些参数，应该能解决问题，只是不愿折腾。
网上有建议下面方法的，不妨试一下（没有亲测）：
1.建一文件limits.c，内容如下：
#include
#include
#include
void stacksize_()
{
int res;
struct rlimit rlim;

getrlimit(RLIMIT_STACK, &rlim);
printf("Before: cur=%d,hard=%d\n",(int)rlim.rlim_cur,(int)rlim.rlim_max);

rlim.rlim_cur=RLIM_INFINITY;
rlim.rlim_max=RLIM_INFINITY;
res=setrlimit(RLIMIT_STACK, &rlim);

getrlimit(RLIMIT_STACK, &rlim);
printf("After: res=%d,cur=%d,hard=%d\n",res,(int)rlim.rlim_cur,(int)rlim.rlim_max);
}
在main.f的开头，加入
CALL stacksize();

And in the makefile add limit.o at the end of the variable SOURCE
and add

limit.o: limit.c
cc -c -Wall -O2 limit.c
然后编译

2.也有说在.bashrc中加入ulimit -s unlimited，之后重新登陆就能解决了。

仅供参考
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aylixmut
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
11楼2012-08-11 17:43:43
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gongjijun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-08-12 10:27:15
ulimit -d unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -s unlimited
ulimit -v unlimited

试一下
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12楼2012-08-12 09:52:34
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aylixmut

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by cavediger at 2012-08-11 17:43:43
那就直接换PGI吧
不过，修改里面的一些参数，应该能解决问题，只是不愿折腾。
网上有建议下面方法的，不妨试一下（没有亲测）：
1.建一文件limits.c，内容如下：
#include <sys/time.h>
#include <s ...

谢谢，.bashrc中加入ulimit -s unlimited，这个方法很早用过没有用，
准备也用pgi编译，已经成功安装pgi
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13楼2012-08-12 11:02:02
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+1, 多谢提示 2012-08-13 19:02:58
试一试，改用单节点计算是什么结果？
看看是否还是同样的错误
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14楼2012-08-13 01:00:41
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aylixmut

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 魔鬼中的天使 at 2012-08-13 01:00:41
试一试，改用单节点计算是什么结果？
看看是否还是同样的错误

谢谢，一样的哦。有改用过单节点计算。
真是没辙了。很奇怪哦。
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15楼2012-08-13 07:52:05
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by aylixmut at 2012-08-13 07:52:05
谢谢，一样的哦。有改用过单节点计算。
真是没辙了。很奇怪哦。...

电脑是什么配置的？
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思想重于技巧，内涵重于表象
16楼2012-08-13 22:40:53
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aylixmut

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by souledge at 2012-08-13 22:40:53
电脑是什么配置的？...

系统采用SUN刀片服务器集群结构，总计使用62颗4路2.33GHz Intel Xeon处理器，2颗2路AMD处理器，84G内存，24TB存储空间。

互联网络：千兆以太网
存储容量：总计24TB，由SUN FireX4500网络存储系统构成，内含48块500GB SATA硬盘
管理节点：由1台SUN X6250构成，配置为1颗intel Xeon E5410四核CPU，4G内存
登录节点：由1台SUN X6250构成，配置为1颗intel Xeon E5410四核CPU，4G内存。目前登录节点已与校园网互联，可实现校内用户的远程访问
计算节点：由位于两组SUN Blade6000刀片机箱的15台SUN X6250刀片服务器组成，每台配置2颗intel Xeon E5410四核CPU，4G内存，
理论计算峰值：1.1184 TFLOPs（1.1184万亿次每秒）
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17楼2012-08-14 08:10:35
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by aylixmut at 2012-08-14 08:10:35
系统采用SUN刀片服务器集群结构，总计使用62颗4路2.33GHz Intel Xeon处理器，2颗2路AMD处理器，84G内存，24TB存储空间。

互联网络：千兆以太网
存储容量：总计24TB，由SUN FireX4500网络存储系统构成，内含48块 ...

哇～土豪级的计算资源啊，羡慕嫉妒恨啊……
既然是intel平台的，那碰上intel编译器的兼容问题的可能并不大。LZ可以考虑使用单节点多核心并行，并且计算时保存所有输出数据：mpirun -n ?? vasp >& LOGCAR
然后看LOGCAR中具体的报错。LZ的报错信息看不出是MPI的问题还是VASP的问题来～
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思想重于技巧，内涵重于表象
18楼2012-08-14 12:37:22
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ghlhsiao

木虫 (初入文坛)
有可能是記憶體不夠
可以monitor 記憶體locate 過程是不是已經增加到極限後,  就跳掉了
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19楼2012-08-14 15:13:01
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aylixmut

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by souledge at 2012-08-14 12:37:22
哇～土豪级的计算资源啊，羡慕嫉妒恨啊……
既然是intel平台的，那碰上intel编译器的兼容问题的可能并不大。LZ可以考虑使用单节点多核心并行，并且计算时保存所有输出数据：mpirun -n ?? vasp >& LOGCA ...

服务器是学校的，我只是用户，初接触集群，就碰到这个问题不让计算。挺郁闷的哦
LOGCAR的提示错误信息跟我前面贴的是一样的。
mpich应该没问题，我们管理员反复测试过了哦
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20楼2012-08-14 15:58:33
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