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ljsrzc

木虫 (正式写手)

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[求助] 定点突变试剂盒——长引物设计问题

不知大家是否遇到过我这样的问题:我目的要在质粒载体的某段序列前加8个氨基酸的序列,也就是24个碱基,我的方法是设计引物时放到引物里,想采用定点突变试剂盒扩增整个载体的同时,就把该24碱基插进去,下面出现问题:
1,引物中出现了4个连续相同的碱基,TTTTGCTTTTGGAAAACCTGCACC,(按大肠杆菌密码子偏好性设计的)不知这样可否勉强继续设计下去?
2,这样一来,再加上配对的碱基(14-18个),引物序过长,达到了47个碱基之多,Tm值80多度,这样下游引物不好设计(它们的Tm值差的太大),不知用定点突变试剂盒是否能PCR出来?在这谢谢大家的应助!
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在一家试剂公司,买科研产品找我哦q2229097569
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polepolar

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2012-07-25 20:05:45
ljsrzc: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 信你了哥们! 2012-07-26 11:00:28
1,连续的4个碱基,不论是TTT还是AAA,在E.coli中的使用频率都高于40%,所以不会有影响。
2,长引物的问题,我们曾用过60个碱基的引物进行扩增都可以扩增出来,所以你的47个碱基也是没有问题的。
北京普尔普乐生物技术有限公司(www.polepolar.com)
2楼2012-07-25 16:04:31
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