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jackiewmh

金虫 (初入文坛)

[交流] 怎么画450+原子的三维杯芳烃分子 已有1人参与

我们实验室很久以前合成了一个杯芳烃6,就是有六个苯环的那种。其中苯环的一端接氧原子和一个16碳的碳氢链,另一端接一个亚甲基连着的NMe3正离子
这个结构我大概算了一下,总原子数450个左右,而且是环状的。
我在Chemdraw上尝试了很久,就算我在2d上画全了,转成3d后所有的对称性都没了,六个碳链横七竖八的。而要直接在3d界面下画,好像更加困难。
不知道有没有方法算出来对称性良好的,各个原子的坐标,再导入到某个程序中,直接生成一个类似下图的三维图。

请大家推荐软件,以及解决的思路,十分感谢。

p.s. 之前看到有牛人用gaussview构建500+原子的分子,不知道是否适合用在我的个例上?另外, 我手头有materials studio 4.0, chembio draw ultra 12.0. 都不是很精通。
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jackiewmh

金虫 (初入文坛)

2楼2012-07-23 13:38:31
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-24 09:42:06
先画出来基本的环状结构,然后加上对称性,简单用半经验优化一下。得到结构上用更好的对称性,再加上其他官能团即可
3楼2012-07-23 15:43:56
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jackiewmh

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-07-23 15:43:56
先画出来基本的环状结构,然后加上对称性,简单用半经验优化一下。得到结构上用更好的对称性,再加上其他官能团即可

谢谢你的回复,不过能否更加详细些?
比如,用什么软件,怎么优化等
谢谢
4楼2012-07-25 03:08:07
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jackiewmh at 2012-07-25 03:08:07
谢谢你的回复,不过能否更加详细些?
比如,用什么软件,怎么优化等
谢谢...

gaussview
5楼2012-07-25 10:17:45
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