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引物设计-求助大家的意见 已有1人参与
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亲们。最近在设计引物，对于一个新手（以前学食品的）很是纠结，求助各位……望各位指点呀，更希望有人能提供比较好的引物，我用了很久的时间设计的引物感觉不太保险…… 模板序列是以下三个菌的相似性来设计的： 序列1： 1 atgtggtctt cctggctgct gtcggcctta ctggccactg aggcgttggc cgtgccctac 61 gaggagtaca tcctagcccc gagctctcgc gacttggctc ctgcgtccgt tcgccaggtg 121 aacggttccg tcaccaatgc ggccgcctta acgggtgccg gtgggcaggc cacttttaac 181 ggcgtctcgt cggtgacata tgactttggc atcaatgttg ctggtatcgt gtctgtggat 241 gttgcttccg cctcctccga ttccgccttt atcggcgtga ccttcaccga gtctagtatg 301 tggatcagta gcgaggcatg cgatgctact caggatgcgg gccttgatac tccgctctgg 361 ttcgctgtcg gtcagggagc gggcctgtat acagtggaaa agaagtacaa ccggggcgcg 421 ttccggtata tgacggttgt tagcaacacc accgccacgg tctctctcaa cagcgtcaag 481 atcaactata cggcatctcc cacacaggac cttcgtgcgt acacggggta cttccacagc 541 aacgatgagc tcctcaaccg catttggtat gccggtgcct ataccctgca gttatgcagt 601 atcgatccca ctacgggaga cgctttggtg ggcctgggcg tcatcacctc gtctgagacc 661 atctcacttc cgcagacgga caagtggtgg acaaactaca ccatcaccaa tggcagcagc 721 accttgactg atggagccaa gcgtgaccgg cttgtctggc caggtgatat gtccattgct 781 ttggagagcg tggctgtcag caccgaggat ctgtatagtg tccgcacggc attggaatcc 841 ttgtatgctc tccagaaacc tgatggccga cttccctatg ctgggaaacc attcttcgac 901 acggttagct tcacctacca tctccacagc ctggttggcg ctgcatccta ttatcagtac 961 actggggacc gcgcgtggtt gacccggtac tggggtcaat acaagaaggg tgtgcaatgg 1021 gcattgtcga gcgtggacag cacgggcctg gccaatatca cagcaagtgc tgactggctg 1081 aggtttggca tgggggcaca taacatcgaa gccaacgcga ttctgtacta cgtcctcaac 1141 gatgccatct ctctcgccca gaccctcaat gacaacgcac ccatcaggaa ctggaccacc 1201 actgcggccc ggatcaagac tgtagcaaac gaacttctct gggacgacaa gaacggtctc 1261 tacaccgaca acgagaccac caccctgcac ccgcaagatg gcaactcctg ggctgtcaag 1321 gcaaacctta ccctctctgc caaccagagt gccatcgttt ctgaatcgct cgctgcccgc 1381 tggggacctt acggcgcacc cgccccggag gcgggtgcaa cggtgtcgcc tttcatcggc 1441 ggcttcgagc tgcaagccca ctaccaggct ggccagcctg atcgcgccct cgatctcctc 1501 cggctgcagt ggggattcat gctggatgac ccgcggatga ccaactccac cttcatcgag 1561 gggtactcca cggacggatc gctggcctac gcaccgtaca ccaatacgcc gcgggtgtcg 1621 cacgcgcacg gctgggccac gggaccgacg tccgcgctga ccatctacac ggccgggttg 1681 cgtgtgacag gaccggcggg tgcgacctgg ctgtataagc cacaaccggg caatttgacc 1741 caggtcgagg ctgggtttag tacccgactg gggtcgttcg cgtcaagctt cagcagatcg 1801 gggggtagat atcaggaact gtcgttcagc acgccgaacg ggacgactgg atcggtggag 1861 ctgggggatg tgagcggaca gctggtgtcg gaccggggag tgaaggtgca gttggtggga 1921 ggtaaggcga gtggactgca gggtggaaag tggaagttga gtaataatta g 序列2： 1 atgtggtctt cctggctgct gccggcctta ctggccactg aagcgttggc cgtaccctac 61 gaggagtata ttctagctcc gagctctcgc gacttggctc ctgcgtctgt tcggcaggtg 121 aacggttccg tcaccaatgc ggccgctttg accggcgctg gtggacaggc cactttcaac 181 ggcatctcgt cggtgacata cgattttggc atcaatgttg ctggtatcgt gtctgtggat 241 gtcgcttccg cctcctccga gtccgccttt atcggcgtga ccttcaccga gtctagtatg 301 tggatcagta gcgaggcatg cgatgctact caggacgcag gccttgacac tccgctttgg 361 ttcgctgtcg gtcagggagc gggcctgtat acagtggaaa agaagtacaa ccggggcgca 421 ttccggtata tgacggttgt tagcaacacc accgccacgg tctctctcaa cagcgtcaag 481 atcaactata cggcatctcc ctcacaggac cttcgtgcgt acacggggta cttccacagc 541 aacgatgagc tactcaaccg catttggtat gccggtgcct ataccctgca gttatgcagt 601 atcgatccca ctacgggaga cgctttggtg ggcctgggag tcatcagctc gtctgagacc 661 atctcgcttc cgcagacgga caagtggtgg acaaactaca ccatcaccaa tggcagcagt 721 accttgactg atggagccaa gcgtgaccgg cttgtctggc caggcgatat gtccattgct 781 ttggagagcg tggctgtcag caccgaggat ctatatagtg tccgcacggc attggaatcc 841 ttgtatgctc tccagaaacc tgatggccga cttccctatg ctgggaaacc attcttcgac 901 acggtcagct tcacctatca tctgcacagc ctggttggcg cggcatctta ttaccaatac 961 actggggacc gcgcgtggtt gacccggtac tggggtcagt acaagaaggg cgtccaatgg 1021 gcgttgtcga gcgtggacag cacaggtctg gccaacatca cagccagtgc tgactggctg 1081 aggtttggca tgggagcgca caacatcgaa gcgaatgcaa tcctgtacta cgtcctcaac 1141 gatgccatct ctctcgccca gactctgaat gacaacgcac ccatcaggaa ctggaccgcc 1201 actgcagcca ggatcaagac agtggcgaac gaactcctct gggacgacaa gaacggtctc 1261 tacaccgaca acgagaccac caccctgcac ccgcaagacg gtaactcctg ggccgtcaag 1321 gcaaacctca ccctctctgc caaccagagt gccatcgtct ctgaatcgct cgctgcccgc 1381 tggggaccat acggagcacc cgccccggag gcaggcgcaa cagtgtcgcc tttcatcggc 1441 ggcttcgagc tgcaagccca ctaccaggcc ggccagcccg accgcgccct tgatctacta 1501 cgattgcagt ggggattcat gctggatgac ccgcggatga ccaactcgac cttcatcgag 1561 gggtactcca cggacggatc gctagcctac gcgccgtaca ccaatacgcc gcgagtgtcg 1621 cacgcgcacg ggtggtccac gggcccgacg tccgcgttga ccatctacac ggccggattg 1681 cgtatcaccg gaccagcagg tgcgacctgg ctgtacaagc cacagccggg caatttgacc 1741 caagttgaag ctgggtttag tacccggctg gggtcgttcg cgtcaagctt cagcagatcg 1801 gggggtagat atcaggaact gtcgttcacc acgccgaacg gaacgactgg ctcggtggag 1861 ctgggggatg tgagtggaca attagtctcg gaccgggggg tgaaggtgca gttagtggga 1921 ggtaaagcga gtggactgca gggtggtaaa tggcggttga atgtgtaa 序列3： 1 ggcacgagga cacagcaaat tcacacggct ttccacccat agttcatcat gcacattatc 61 actcctttgc tgataccagc agtgttagtg gccgcagccc gggtcccata ccgggagtat 121 attctagccc cgtcctctcg agtgattgtc cctgcctcag ttcgtcaggt caacgggtct 181 gtcactaatg cggctggcct gactggatcc tcattgggca ccgccgtctt ccatggcgtt 241 tcgtcggtga cctacgactt tggaaagaac gttgcaggca ttgtgtccct cacggttgga 301 tcttcttcct ctccatctgc cttcctgggg gtcaccttct ctgaatcaag cctgtgggcg 361 agcagtgagg cgtgcgatgc tactggaaat tctggcctcg atgcaccttt gtggttcccg 421 gttggacaaa aggcgggaac atatacccct gacagcaaat acgttcgagg tggtttccgg 481 tatctgacgg tcgtgagcaa cacgagcgcg acgatccctc tcaactccct ccacatcaca 541 ttcacagctg ccccggatca agatctgcaa gcgtaccaag gctggttcca ctcgaatgac 601 gaattactga acgagatctg gtatgcggga gcatatacca atcagctgtg tacaattgat 661 ccaacatatg gctccgcgag ctcggagact atttccacct ccggcctgaa ttactggtat 721 aacaatctca ctatcgccaa tggaaccagc acagtgaccg atggcgcaaa acgagatcgc 781 gctgtttggc caggcgacat gtcgatctct ctcgagagta tcgcggtcag caccaacgat 841 ctgtacagtg ttagaatggg attggaggcc ctactcgctt tgcaatcatc tgagggacaa 901 ctgccttggg gtggcaagcc tttcaacatt gatgttagtt acacttacca cctacattca 961 ctgattggaa tgtccttcct atatcggttc tcaggcgata aagtctggct ttccaactat 1021 tggggtcaat actcgaaggg ggtcgaatgg gcagtaagga gtgttgctga tggtgtcaaa 1081 tctgcagcca accagctact ctgggacgac caagcaggac tttaccgaga taaccagaca 1141 accgagctcc atccacagga cggaaacgcc tgggctgtca aatccaattt gaccctttcc 1201 ggcagtcaaa atcgagctat ttctcaggca ctcaaggcgc gctggggtcg ttacggtgcc 1261 cccgcgcccg aggccggggc aaccatctcg cctttcatcg gcggctttga aattcaatct 1321 cactttctgg ctaaccagcc cgatgtggct ctggatatga ttcggttgca gtgggggttc 1381 atgctgcgcg atccccgaat gacccagtcg acattgattg agggatactc cacggatggc 1441 tcgatccatt acgccccgta cgccaacgac gcacgcatct cgcatgctca cggttggtcc 1501 accggcccaa catatgcctt aacagcctat gccgctggtc tgcagctact cggaccggct 1561 ggaaacagtt ggttaattgc tccgcaacct gggggtctga ctagcataga ctgtggattc 1621 gctactgctc ttggagtctt ctcggtcgtc tttgaaagag attcagttgg ccgttataat 1681 tctttctctt ttggcgcgcc gactgggact accggcagga ttgagttacc aggggtccga 1741 ggcacgttgg tctccaccac gggccaacgc gtgcagctgg ttaatggtac agcttccggt 1801 ttgagaggag gaaaatggaa gctgattgag tcagccgact gaggtagcgt tgcctcctgc 1861 tggccgatgg ctataagaat catggggttt cagactgctg acgcaataca aatggtatag 1921 tctagtagtt aagcccatct tgtgcccgga atataggcat agtttggagc atactaatgg 1981 caaccatctt agtgcctgat ccggaaggct acgggtgcaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaa 要求是引物靠近3‘端，长目的片段400-700bp，希望能有3-5对引物，引物不需要加酶切位点，只要能p出东西就ok。 下面是我首次设计的引物，纠结N久才出来的一对引物处女作： 上游：5’-CACGGCATTGGAATCCTTGT-3’下游：5’-GTGGTCTCGTTGTCGGTGTAGAG-3’ |
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