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yalefield金虫 (文坛精英)
老汉一枚
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[交流]
关于化学信息学的误解与错误
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（1）化学信息学是研究表征化合物分子的大量数据（拓扑结构、构型、构像、能量、谱图、指纹、物理化学性质等）的。不是如何查找网络或者是文献库。 化学信息学的特殊性在于化合物分子的多样性和相似性。 各位可以想一想： 为什么有生物信息学？ 为什么有化学信息学？ 如果化学信息学是文献检索，那么， 为什么没有物理信息学？ 为什么没有数学信息学？ （2）baidu的词条“化学信息学”含有一些错误。 http://baike.baidu.com/view/469633.htm 特别是mdj1213提供的参考文献之2、3是错误的！ 2005年初，梁逸曾、徐峻、姚建华等翻译出版了J Gasteiger的 "Chemoinformatics--A Textbook"。 翻译者情况： 徐峻十几年前把他的质谱谱图解析技术卖了，现在在MDL公司； 至于姚建华，一直在袁身刚先生那里，不料袁先生病逝，因此事情就落在她身上了。 不过，翻印的质量实在不好，很多不应该的错误。例如： 在中文版第4、5页上，是"1.3节 化学信息学的范畴"。 其中列出了几个最早的"化学信息学"定义： 1) Brown Medicinal Chemistry, 1998, 33, 375~384 2) M. Hane, R. Green. Chemical Biology, 1999, 33, 375~384 3) G. Paris W. Warr 引自http//:www.warr.com/warrzone.htm 这三个重要的初始文献，全部都错了！ 正确的应该是： 1) K. Brown. Annual Reports in Medicinal Chemistry 1998, 33:375~384 中文版错误： 作者少"名"， 期刊名残缺 2) M. Hann, R. Green. Current Opinion in Chemical Biology, 1999, 3, 379~383 中文版错误： 作者"姓"错误， 期刊名残缺， 卷号错， 页码错 3) 跟CCTV春节晚会一样，来了个"http//:"，让DNS上哪儿去解析？ http://baike.baidu.com/view/469633.htm [ Last edited by 小红豆 on 2007-6-15 at 20:38 ] |
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问题就出在这里。 生物信息学能在2000年前后火起来，还不就是新药研究给催的？ 人家还有个生物统计学，能分分流，把数细菌的和寻找Motif的区别对待。 化学信息学呢？ 别说各种Substances，就说有机分子本身，就有10的24次方那么大的空间。这可比生物信息学的研究对象复杂多了。 还是欧洲的QSAR & Combi Science比较实际，这个期刊名称很具体。 像美国ACS的J Chem Inf Model，虽然改了名字，可是其“筐”的性质没变。 化学信息学本来也就是就是海量QSAR而已，算算Descriptor和Fingerprints，分析分析Diversity/Similarity。 让新药发现这么一鼓动，弄得连原来搞分析谱图的Chemometrics都掺和进来了。结果，literature informatics, spectra informatics和organic molecular informatics“纠合”在一起。Gasteiger当了老大，才给个“中立”的定义。 看吧，等chemical biology有些成就之后，不把现在的化学信息学甩掉才怪呢。 [ Last edited by yalefield on 2007-5-11 at 19:02 ] |
4楼2007-05-11 18:10:00
