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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 氢转移的过渡态键老是连起来
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ldzh0531

木虫 (小有名气)

[求助] 氢转移的过渡态键老是连起来

找了N久的过渡态，就是一个很简单的氢转移反应，就是找不到。总是跑着跑着两个原子间的键就连起来了。请问大侠们怎么办啊，卡在这快2个月了
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1楼 2012-07-05 11:48:54
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wangth0921

铁虫 (职业作家)
按经验，用B3LYP估计不行，可试试BH&HLYP。另外，那个C--H间距太大了，可缩至1.4A左右再试。

或者从相对简单的(CH3)3Sn--H--C6H2-o-NXX-p-I-m'-CH3开始，找到TS后再延长C-链。
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8楼2012-07-07 00:51:30
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你自己能确定过渡态是么？你把你的图贴出来，看看么？
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叫老猫的兔子
2楼2012-07-05 16:55:12
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gujing136 at 2012-07-05 16:55:12
你自己能确定过渡态是么？你把你的图贴出来，看看么？

0 2
C                  1.04999100    1.33658900    0.36967500
C                  1.11087800    2.67522800    0.69653800
C                  2.36214300    3.30976200    0.75490300
C                  3.49658100    2.55456700    0.43306500
C                  3.39135700    1.20379800    0.09974000
C                  2.15201300    0.53307800    0.08124000
N                  2.01886800   -0.85845700   -0.20917200
C                  1.92062100   -1.85148900    0.90182900
C                  1.72176700   -1.30850500   -1.48231100
C                  1.74375500   -0.28522100   -2.60505500
O                  1.45287700   -2.48877500   -1.69452000
C                  2.80968100   -1.49249900    2.06847700
C                  2.46842500   -1.70483700    3.34373400
C                  1.15907700   -2.31495300    3.77719100
C                  0.42517100   -2.97402600    2.59947700
C                  0.46752600   -2.07583200    1.35666400
I                  5.21267300    0.19635600   -0.47546400
C                  2.48441000    4.76141200    1.15395300
H                  0.20276500    3.23692200    0.89875300
H                  4.47113600    3.02970100    0.43745700
H                  2.28215800   -2.78193600    0.44794200
H                  1.60004200   -0.82167800   -3.54282500
H                  2.68844500    0.26369300   -2.63787300
H                  0.94067600    0.44712100   -2.47788400
H                  3.78919000   -1.08682800    1.83621800
H                  3.17476900   -1.43666500    4.12803000
H                  0.52680100   -1.53567200    4.23056500
H                  1.33868700   -3.04703600    4.57558100
H                 -0.61290500   -3.19712700    2.87312400
H                  0.90111200   -3.93621100    2.36888200
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H                  3.41568500    5.20164100    0.78686200
H                  2.47658500    4.86965500    2.24547000
H                  1.65047800    5.35257400    0.76319700
Sn                -2.47940382    0.45999345   -0.41782297
C                 -2.51707682   -0.83085455   -2.16639197
C                 -1.64916982   -2.09639255   -2.08954797
C                 -1.66710882   -2.92708155   -3.38227297
C                 -0.76070382   -4.16063455   -3.29955597
C                 -3.64161382   -0.30948355    1.25399403
C                 -3.37090082   -1.76781055    1.65251203
C                 -4.23269882   -2.24047755    2.83417403
C                 -3.96830182   -3.69726855    3.22866003
C                 -3.17929582    2.45135745   -0.94354797
C                 -3.25032582    3.45688145    0.21522103
C                 -3.76104782    4.84158245   -0.21350097
C                 -3.83780982    5.84318745    0.94366103
H                 -0.62000100    0.68253700    0.12586400
H                 -2.21134282   -0.20901155   -3.01692297
H                 -3.56997782   -1.09271355   -2.34030097
H                 -1.98285982   -2.72970055   -1.25603797
H                 -0.60892782   -1.83273555   -1.86713197
H                 -1.34475582   -2.28969655   -4.21744197
H                 -2.69877682   -3.22920355   -3.61130997
H                 -0.75616782   -4.71710955   -4.24298497
H                 -1.09885582   -4.84542755   -2.51291397
H                  0.26841618   -3.87061955   -3.06402297
H                 -4.69607682   -0.18062755    0.97163303
H                 -3.47028882    0.35817545    2.10662503
H                 -2.31127382   -1.89492455    1.91228103
H                 -3.55155082   -2.43146755    0.79578803
H                 -5.29354782   -2.11430855    2.57817403
H                 -4.04890782   -1.58538355    3.69661303
H                 -4.59479482   -4.00373255    4.07273903
H                 -2.92223382   -3.84562455    3.52081103
H                 -4.17669082   -4.37808655    2.39547003
H                 -4.17225482    2.32314345   -1.39688197
H                 -2.52797382    2.83125045   -1.73965897
H                 -2.25715882    3.57117345    0.67231803
H                 -3.90305382    3.07034245    1.01041503
H                 -4.75326282    4.73122845   -0.67156897
H                 -3.10577682    5.23672545   -1.00149297
H                 -4.20405082    6.81821045    0.60607703
H                 -2.85348382    5.99841845    1.40052303
H                 -4.51350982    5.48894245    1.73062203
老是跑着跑着氢与锡就连起来了，试了很多次都是这样，是在是没办法了。能帮忙算出来就更感谢了
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3楼2012-07-05 19:44:07
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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你这自由基提取氢的过程，看着有点悬啊
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4楼2012-07-05 21:48:10
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-07-05 21:48:10
你这自由基提取氢的过程，看着有点悬啊

什么意思？是做不出来还是别的什么？能具体点么？
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5楼2012-07-06 15:20:49
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
★
gmy1990: 金币+1 2012-07-06 22:09:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-07-06 15:20:49
什么意思？是做不出来还是别的什么？能具体点么？...

你先算下产物与反应物能量比较下把
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6楼2012-07-06 21:57:41
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-07-06 21:57:41
你先算下产物与反应物能量比较下把...

算了，没有问题啊！
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7楼2012-07-06 22:41:01
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangth0921 at 2012-07-07 00:51:30
按经验，用B3LYP估计不行，可试试BH&HLYP。另外，那个C--H间距太大了，可缩至1.4A左右再试。

或者从相对简单的(CH3)3Sn--H--C6H2-o-NXX-p-I-m'-CH3开始，找到TS后再延长C-链。

试了，不行啊！C--H间距设置1.36A开始，跑着跑着又回到这么远了。难道要换方法？用B3LYP算别的还可以，这种类型的氢转移怎么总是这样
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9楼2012-07-09 12:18:52
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wangth0921

铁虫 (职业作家)
这个反应可能根本就没有过渡态。相比于苯环上的C-H键，Sn-H键的键能要小太多。过渡态即使存在，能垒也会很低，找不到也不奇怪。
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ldzh0531
10楼2012-07-11 12:47:49
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