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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 在用MS中的CASTEP做金属氧化物表面吸附问题求助！
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mxl10000

木虫 (正式写手)

强力边锋

[求助] 在用MS中的CASTEP做金属氧化物表面吸附问题求助！

小弟是材料的硕士，这几天老是让我做模拟，先用MS中的CASTEP来模拟贵金属氧化物表面吸附氢原子，或是体内吸附氢原子。但我是零基础。想请教大家一些问题，还请高手帮忙解答啊。
1、我的模型建好了，但就是不会添加氢原子进去，怎么把一个原子添加在表面？
2、看了一点文献，上面说添加的时候还要找到桥位、穴位什么的，我就晕了，请问这个和添加的有关系吗？？？
谢谢大家赐教！
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1楼2012-06-23 18:44:07
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houfeifan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-06-24 08:48:47
第一个问题：如果你想在某个位置上方添加氢原子，就利用添加原子来做，给定该添加原子的坐标即可。
第二个问题：不同的位置吸附性能是有差别的，这个实现需要参考一下文献或者自己做一下测试，看看那个位置是最佳的吸附位。
仅供参考。
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2楼2012-06-23 23:56:26
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-06-24 08:49:15
2楼说的是对的，给出该添加原子的坐标就好了。
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蓝精灵
3楼2012-06-24 05:43:15
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mxl10000

木虫 (正式写手)

强力边锋
引用回帖:
2楼: Originally posted by houfeifan at 2012-06-23 23:56:26
第一个问题：如果你想在某个位置上方添加氢原子，就利用添加原子来做，给定该添加原子的坐标即可。
第二个问题：不同的位置吸附性能是有差别的，这个实现需要参考一下文献或者自己做一下测试，看看那个位置是最佳的 ...

是这样的 我就是这样添加的 对于第一个问题 我只是想添加一个原子进入表面，但是在用这种方法添加的时候，添加原子是不是会有周期性？你们在做的时候都是这样添加吗？    不只是添加表面，添加到体内也是的啊，只添加一个坐标，但是出来8个或是16个。
第二个问题，由于我是零基础，能请教下，添加的时候有没有固定方法？且不管添加了几个原子，在我优化的时候会出现提示：添加的坐标已经有了原子。
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4楼2012-06-24 12:57:25
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houfeifan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
mxl10000: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，对我很有帮助，希望继续指导。 2012-06-24 23:44:11
引用回帖:
4楼: Originally posted by mxl10000 at 2012-06-24 12:57:25
是这样的 我就是这样添加的 对于第一个问题 我只是想添加一个原子进入表面，但是在用这种方法添加的时候，添加原子是不是会有周期性？你们在做的时候都是这样添加吗？    不只是添加表面，添加到体内也是的啊，只添 ...

第一个问题，通常你添加在真空层里面的原子，与整个slab构成了一个周期性结构的重复性单元，只要你不把原子添加到box的界面处 不会出现你说的那种情况的。如果是添加在bulk里，如果你事先没有make p1降低对称性，那么由于晶体自身的对称性，在等效的位置都会添加上原子，就会出现你所说的情况了。
第二个问题，这样的提示可能是你建的模型的确是有问题，但是通常在你建模的时候就会提醒你的，不会等到优化的时候才提醒的。
仅供参考
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5楼2012-06-24 19:05:30
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mxl10000

木虫 (正式写手)

强力边锋
引用回帖:
5楼: Originally posted by houfeifan at 2012-06-24 19:05:30
第一个问题，通常你添加在真空层里面的原子，与整个slab构成了一个周期性结构的重复性单元，只要你不把原子添加到box的界面处 不会出现你说的那种情况的。如果是添加在bulk里，如果你事先没有make p1降低对称性，那 ...

你好，很感谢你解释的那么的专业，但是，我对MS的CASTEP系统不熟悉。那么怎么才能不把院子添加到box里面呢？怎么样才能随心所欲的添加原子？能给与我系统的指导吗？今天很晚了，明天我去实验室学习下你的方法，我的QQ463345095.请求你的指导。。谢谢。。
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6楼2012-06-24 23:41:59
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mxl10000

木虫 (正式写手)

强力边锋
引用回帖:
5楼: Originally posted by houfeifan at 2012-06-24 19:05:30
第一个问题，通常你添加在真空层里面的原子，与整个slab构成了一个周期性结构的重复性单元，只要你不把原子添加到box的界面处 不会出现你说的那种情况的。如果是添加在bulk里，如果你事先没有make p1降低对称性，那 ...

你好，开始的晶包死没有建错的，用那个数据在VASP里计算了一些东西，没有错误。。 对于第一个问题的解释：整个slab构成了一个周期性结构的重复性单元，只要你不把原子添加到box的界面处 不会出现你说的那种情况的。如果是添加在bulk里，如果你事先没有make p1降低对称性，那么由于晶体自身的对称性，在等效的位置都会添加上原子，就会出现你所说的情况了。是什么意思？我不太懂。谢谢你！
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7楼2012-06-25 11:55:30
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wuguohao111

银虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
franch: 1ST强帖-1, 类似回帖请不要点应助，，谢谢合作！ 2012-06-25 17:31:09
可以去QQ群246710001讨论
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8楼2012-06-25 12:21:35
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mxl10000

木虫 (正式写手)

强力边锋
引用回帖:
8楼: Originally posted by wuguohao111 at 2012-06-25 12:21:35
可以去QQ群246710001讨论

谢谢啊。。。
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9楼2012-06-25 20:13:18
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