24小时热门版块排行榜    

查看: 2199  |  回复: 8

newton3915

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 求Au原子模守恒赝势

如题,求Au原子的UPF模守恒赝势
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢分享 2012-06-23 14:36:31
未测试,不保证质量,并且理论上该赝势比较硬

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : Au.UPF
  • 2012-06-23 13:18:42, 306.75 K
思想重于技巧,内涵重于表象
2楼2012-06-23 13:29:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newton3915

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by souledge at 2012-06-23 13:29:50
未测试,不保证质量,并且理论上该赝势比较硬

谢谢啦,我测试一下
3楼2012-06-23 22:20:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newton3915

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by souledge at 2012-06-23 13:29:50
未测试,不保证质量,并且理论上该赝势比较硬

用这个赝势,scf计算好像进行不下去,就在第一步那就假死了程序

   Program PWSCF v.5.0        starts on 26Jun2012 at 16:32:47

     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
     for quantum simulation of materials; please cite
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
          URL http://www.quantum-espresso.org",
     in publications or presentations arising from this work. More details at
     http://www.quantum-espresso.org/quote.php

     Parallel version (MPI), running on    12 processors
     R & G space division:  proc/pool =   12

     Current dimensions of program PWSCF are:
     Max number of different atomic species (ntypx) = 10
     Max number of k-points (npk) =  40000
     Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) =  3
     Waiting for input...
     Reading input from standard input

     Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
     scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group:  2*  2 procs)

     Found symmetry operation: I + (  0.0000  0.0000 -0.3333)
     This is a supercell, fractional translations are disabled

     Parallelization info
     --------------------
     sticks:   dense  smooth     PW     G-vecs:    dense   smooth      PW
     Min         640     640    174                21073    21073    3014
     Max         642     642    175                21074    21074    3015
     Sum        7685    7685   2093               252885   252885   36173



     bravais-lattice index     =            6
     lattice parameter (alat)  =      28.3459  a.u.
     unit-cell volume          =   11387.8146 (a.u.)^3
     number of atoms/cell      =            3
     number of atomic types    =            1
     number of electrons       =        33.00
     number of Kohn-Sham states=           21
     kinetic-energy cutoff     =      30.0000  Ry
     charge density cutoff     =     120.0000  Ry
     convergence threshold     =      1.0E-08
     mixing beta               =       0.7000
     number of iterations used =            8  local-TF  mixing
     Exchange-correlation      = SLA-PW-PBX-PBC ( 1 4 3 4 0)
     EXX-fraction              =        0.00

     celldm(1)=  28.345892  celldm(2)=   1.000000  celldm(3)=   0.500000
     celldm(4)=   0.000000  celldm(5)=   0.000000  celldm(6)=   0.000000

     crystal axes: (cart. coord. in units of alat)
               a(1) = (   1.000000   0.000000   0.000000 )
               a(2) = (   0.000000   1.000000   0.000000 )
               a(3) = (   0.000000   0.000000   0.500000 )

     reciprocal axes: (cart. coord. in units 2 pi/alat)
               b(1) = (  1.000000  0.000000  0.000000 )
               b(2) = (  0.000000  1.000000  0.000000 )
               b(3) = (  0.000000  0.000000  2.000000 )


     PseudoPot. # 1 for Au read from file:
     /usr/local/espresso-5.0/pseudo/Au-ncpp.UPF
     MD5 check sum: 15a0ea9b2ae947e147398c8c9f1aa40e
     Pseudo is Norm-conserving, Zval = 11.0
     NO
     Using radial grid of 1279 points,  6 beta functions with:
                l(1) =   0
                l(2) =   0
                l(3) =   1
                l(4) =   1
                l(5) =   2
                l(6) =   2

     atomic species   valence    mass     pseudopotential
        Au            11.00   196.96657     Au( 1.00)

     16 Sym. Ops., with inversion, found



   Cartesian axes

     site n.     atom                  positions (alat units)
         1           Au  tau(   1) = (   0.5000000   0.5000000   0.0000000  )
         2           Au  tau(   2) = (   0.5000000   0.5000000   0.3333333  )
         3           Au  tau(   3) = (   0.5000000   0.5000000   0.6666667  )

     number of k points=     4  Marzari-Vanderbilt smearing, width (Ry)=  0.0200
                       cart. coord. in units 2pi/alat
        k(    1) = (  -0.5000000  -0.5000000   0.1250000), wk =   0.5000000
        k(    2) = (  -0.5000000  -0.5000000   0.3750000), wk =   0.5000000
        k(    3) = (  -0.5000000  -0.5000000   0.6250000), wk =   0.5000000
        k(    4) = (  -0.5000000  -0.5000000   0.8750000), wk =   0.5000000

     Dense  grid:   252885 G-vectors     FFT dimensions: ( 100, 100,  50)

     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Kohn-Sham Wavefunctions         0.85 Mb     (   2660,   21)
        NL pseudopotentials             2.19 Mb     (   2660,   54)
        Each V/rho on FFT grid          0.76 Mb     (  50000)
        Each G-vector array             0.16 Mb     (  21074)
        G-vector shells                 0.01 Mb     (   1644)
     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Auxiliary wavefunctions         3.41 Mb     (   2660,   84)
        Each subspace H/S matrix        0.03 Mb     (  42,  42)
        Each matrix      0.02 Mb     (     54,   21)
        Arrays for rho mixing           6.10 Mb     (  50000,   8)

     Initial potential from superposition of free atoms

     Starting from uniform charge
     Starting wfc are    0 randomized atomic wfcs

     total cpu time spent up to now is        0.8 secs

     Self-consistent Calculation

     iteration #  1     ecut=    30.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  1.00E-02,  avg # of iterations = 14.0
4楼2012-06-25 16:56:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

icic2012

金虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
franch: 1ST强帖-1, 类似回帖请不要点应助,,谢谢合作! 2012-06-25 21:39:43
祝福楼主,一切顺利!
祝福楼主,一切顺利!
祝福楼主,一切顺利!
祝福楼主,一切顺利!
祝福楼主,一切顺利!
祝福楼主,一切顺利!
祝福楼主,一切顺利!
5楼2012-06-25 17:54:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by newton3915 at 2012-06-25 16:56:13
用这个赝势,scf计算好像进行不下去,就在第一步那就假死了程序

   Program PWSCF v.5.0        starts on 26Jun2012 at 16:32:47

     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
  ...

拜托能否自己先多检查一下自己的输入文件,模型建立,还有程序的编译情况啊?不要稍微有点状况就来报错好不?我实在觉得我没义务要这么验证赝势的可用性,并且我实在受不了没好好的检验就开始下负面结论的非科学态度。LZ估计是连基本的赝势质量和收敛参数都不检验就直接上计算了吧。比如,模守恒用30Ry的截断,就是超软都不见得够啊!
简单检测可用性输入文件:
引用回帖:
&control
   prefix = 'Au' ,
   outdir = './temp/' ,
   disk_io = 'none' ,
   pseudo_dir = './' ,
/
&system
   ibrav = 2 ,
   celldm(1) = 8.0 ,
   ecutwfc = 95 ,
   occupations = 'smearing' ,
   smearing = 'mv' ,
   nat = 1 ,
   ntyp = 1 ,
   degauss = 0.02 ,
/
&electrons
   diagonalization = 'david' ,
/
ATOMIC_SPECIES
  Au  198  Au.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
  Au  0.0  0.0  0.0
K_POINTS automatic
  13  13  13    0  0  0

相应输出文件:
引用回帖:
     Program PWSCF v.5.0        starts on 25Jun2012 at 19:42:30

     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
     for quantum simulation of materials; please cite
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
          URL http://www.quantum-espresso.org",
     in publications or presentations arising from this work. More details at
     http://www.quantum-espresso.org/quote.php

     Parallel version (MPI), running on     4 processors
     R & G space division:  proc/pool =    4

     Current dimensions of program PWSCF are:
     Max number of different atomic species (ntypx) = 10
     Max number of k-points (npk) =  40000
     Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) =  3
     Waiting for input...
     Reading input from standard input

     Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
     a serial algorithm will be used

     Parallelization info
     --------------------
     sticks:   dense  smooth     PW     G-vecs:    dense   smooth      PW
     Min         211     211     63                 4035     4035     682
     Max         212     212     64                 4037     4037     686
     Sum         847     847    253                16145    16145    2733

     bravais-lattice index     =            2
     lattice parameter (alat)  =       8.0000  a.u.
     unit-cell volume          =     128.0000 (a.u.)^3
     number of atoms/cell      =            1
     number of atomic types    =            1
     number of electrons       =        11.00
     number of Kohn-Sham states=           10
     kinetic-energy cutoff     =      95.0000  Ry
     charge density cutoff     =     380.0000  Ry
     convergence threshold     =      1.0E-06
     mixing beta               =       0.7000
     number of iterations used =            8  plain     mixing
     Exchange-correlation      = SLA-PW-PBX-PBC ( 1 4 3 4 0)
     EXX-fraction              =        0.00

     celldm(1)=   8.000000  celldm(2)=   0.000000  celldm(3)=   0.000000
     celldm(4)=   0.000000  celldm(5)=   0.000000  celldm(6)=   0.000000

     crystal axes: (cart. coord. in units of alat)
               a(1) = (  -0.500000   0.000000   0.500000 )  
               a(2) = (   0.000000   0.500000   0.500000 )  
               a(3) = (  -0.500000   0.500000   0.000000 )  

     reciprocal axes: (cart. coord. in units 2 pi/alat)
               b(1) = ( -1.000000 -1.000000  1.000000 )  
               b(2) = (  1.000000  1.000000  1.000000 )  
               b(3) = ( -1.000000  1.000000 -1.000000 )  


     PseudoPot. # 1 for Au read from file:
     ./Au.UPF
     MD5 check sum: 15a0ea9b2ae947e147398c8c9f1aa40e
     Pseudo is Norm-conserving, Zval = 11.0
     NO
     Using radial grid of 1279 points,  6 beta functions with:
                l(1) =   0
                l(2) =   0
                l(3) =   1
                l(4) =   1
                l(5) =   2
                l(6) =   2

     atomic species   valence    mass     pseudopotential
        Au            11.00   198.00000     Au( 1.00)

     48 Sym. Ops., with inversion, found

   Cartesian axes

     site n.     atom                  positions (alat units)
         1           Au  tau(   1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000  )

     number of k points=    84  Marzari-Vanderbilt smearing, width (Ry)=  0.0200
                       cart. coord. in units 2pi/alat
        k(    1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000), wk =   0.0009103
   .....
        k(   84) = (   0.5384615  -0.0769231   1.0000000), wk =   0.0218480

     Dense  grid:    16145 G-vectors     FFT dimensions: (  36,  36,  36)

     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Kohn-Sham Wavefunctions         0.08 Mb     (    514,   10)
        NL pseudopotentials             0.14 Mb     (    514,   18)
        Each V/rho on FFT grid          0.18 Mb     (  11664)
        Each G-vector array             0.03 Mb     (   4035)
        G-vector shells                 0.00 Mb     (    208)
     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Auxiliary wavefunctions         0.31 Mb     (    514,   40)
        Each subspace H/S matrix        0.02 Mb     (  40,  40)
        Each matrix      0.00 Mb     (     18,   10)
        Arrays for rho mixing           1.42 Mb     (  11664,   8)

     Initial potential from superposition of free atoms

     Starting from uniform charge
     Starting wfc are    0 randomized atomic wfcs

     total cpu time spent up to now is        0.9 secs

     per-process dynamical memory:    12.5 Mb

     Self-consistent Calculation

     iteration #  1     ecut=    95.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  1.00E-02,  avg # of iterations =  6.4

     total cpu time spent up to now is        6.0 secs

     total energy              =     -63.11741613 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =     -77.03197874 Ry
     estimated scf accuracy    <      20.19924248 Ry

     iteration #  2     ecut=    95.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  1.00E-02,  avg # of iterations =  3.0

     total cpu time spent up to now is        8.8 secs

     total energy              =     -66.33952894 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =     -66.69855574 Ry
     estimated scf accuracy    <       0.58336081 Ry

     iteration #  3     ecut=    95.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  5.30E-03,  avg # of iterations =  2.0

     negative rho (up, down):  0.411E-04 0.000E+00

     total cpu time spent up to now is       11.1 secs

     total energy              =     -66.47634607 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =     -66.53897440 Ry
     estimated scf accuracy    <       0.09750013 Ry

     iteration #  4     ecut=    95.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  8.86E-04,  avg # of iterations =  2.1

     total cpu time spent up to now is       13.4 secs

     total energy              =     -66.48135986 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =     -66.55417483 Ry
     estimated scf accuracy    <       0.13985938 Ry

     iteration #  5     ecut=    95.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  8.86E-04,  avg # of iterations =  2.0

     total cpu time spent up to now is       15.6 secs

     total energy              =     -66.50929656 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =     -66.50939388 Ry
     estimated scf accuracy    <       0.00034285 Ry

     iteration #  6     ecut=    95.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  3.12E-06,  avg # of iterations =  3.0

     negative rho (up, down):  0.414E-07 0.000E+00

     total cpu time spent up to now is       17.9 secs

     total energy              =     -66.50930797 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =     -66.50936116 Ry
     estimated scf accuracy    <       0.00009642 Ry

     iteration #  7     ecut=    95.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  8.77E-07,  avg # of iterations =  2.0

     total cpu time spent up to now is       20.1 secs

     total energy              =     -66.50933022 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =     -66.50933146 Ry
     estimated scf accuracy    <       0.00000185 Ry

     iteration #  8     ecut=    95.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  1.68E-08,  avg # of iterations =  2.0

     total cpu time spent up to now is       22.3 secs

     End of self-consistent calculation

          k = 0.0000 0.0000 0.0000 (  1989 PWs)   bands (ev):

     4.9169   9.5368   9.5368   9.5368  10.7772  10.7772  29.3941  32.3830
......
     the Fermi energy is    13.8935 ev

!    total energy              =     -66.50933070 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =     -66.50933105 Ry
     estimated scf accuracy    <       0.00000047 Ry

     The total energy is the sum of the following terms:

     one-electron contribution =       4.96066528 Ry
     hartree contribution      =       8.35053877 Ry
     xc contribution           =     -10.47416694 Ry
     ewald contribution        =     -69.34603887 Ry
     smearing contrib. (-TS)   =      -0.00032894 Ry

     convergence has been achieved in   8 iterations

     init_run     :      0.76s CPU      0.77s WALL (       1 calls)
     electrons    :     20.88s CPU     21.47s WALL (       1 calls)

     Called by init_run:
     wfcinit      :      0.64s CPU      0.65s WALL (       1 calls)
     potinit      :      0.02s CPU      0.02s WALL (       1 calls)

     Called by electrons:
     c_bands      :     18.14s CPU     18.70s WALL (       8 calls)
     sum_band     :      2.61s CPU      2.63s WALL (       8 calls)
     v_of_rho     :      0.10s CPU      0.11s WALL (       9 calls)
     mix_rho      :      0.01s CPU      0.01s WALL (       8 calls)

     Called by c_bands:
     init_us_2    :      0.38s CPU      0.37s WALL (    1428 calls)
     cegterg      :     17.28s CPU     17.78s WALL (     672 calls)

     Called by *egterg:
     h_psi        :     15.41s CPU     15.54s WALL (    2642 calls)
     g_psi        :      0.14s CPU      0.15s WALL (    1886 calls)
     cdiaghg      :      0.64s CPU      0.82s WALL (    2558 calls)

     Called by h_psi:
     add_vuspsi   :      0.15s CPU      0.30s WALL (    2642 calls)

     General routines
     calbec       :      0.66s CPU      0.47s WALL (    2642 calls)
     fft          :      0.05s CPU      0.06s WALL (      98 calls)
     fftw         :     16.09s CPU     15.91s WALL (   49360 calls)

     Parallel routines
     fft_scatter  :      6.68s CPU      5.06s WALL (   49458 calls)
     EXX routines

     PWSCF        :    21.73s CPU        22.34s WALL


   This run was terminated on:  19:42:52  25Jun2012            

=------------------------------------------------------------------------------=
   JOB DONE.
=------------------------------------------------------------------------------=

思想重于技巧,内涵重于表象
6楼2012-06-25 19:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newton3915

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by souledge at 2012-06-25 19:53:10
拜托能否自己先多检查一下自己的输入文件,模型建立,还有程序的编译情况啊?不要稍微有点状况就来报错好不?我实在觉得我没义务要这么验证赝势的可用性,并且我实在受不了没好好的检验就开始下负面结论的非科学态 ...

呃……批评的好,问题解决了,谢谢啊
7楼2012-06-25 21:02:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gemucai

木虫 (正式写手)

这么有名的元素没有赝势吗?那些开发赝势的人应该第一时间弄出来啊。
8楼2012-06-27 08:25:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longchzh120

新虫 (小有名气)

WDD880227: 应助指数-1, 您这不是应助,请不要选择应助回帖 2012-06-27 11:11:42
学习一下,这个问题我也想知道
9楼2012-06-27 08:57:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 newton3915 的主题更新
信息提示
请填处理意见