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ldy2140

金虫 (小有名气)

[求助] scaffold在分子生物学领域是什么意思

查生物信息学的数据库时经常会看到这个单词scaffold,有时会以genomic scaffold出现,查过字典给的解释是脚手架、支架。不知所云,望指点。

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伸手摘星,未必你如愿,但不会弄脏你的手。
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ldy2140

金虫 (小有名气)

给你举个例子,比如一个基因组大小是1M,测序得到若干条reads,这些reads进行拼接,如果完全可以拼接起来,中间没有gap的序列称为contig,即连续的意思。如果中间有gap,但是可以知道gap的长度,这样的序列就叫做scaffold, 即脚手架(非连续)的意思。
然后把contig和scaffold从长到短进行排列,然后相加,当恰好加到1M的50%,也就是500k的时候,那一条contig或者scaffold的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。很明显这个数值越大说明组装的质量越好。
伸手摘星,未必你如愿,但不会弄脏你的手。
5楼2013-05-13 14:27:06
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古可ぷ

荣誉版主 (文坛精英)

优秀区长优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖


Mally89: 金币+1 2012-06-03 15:45:41
基因组支架
基因组支架
基因组支架
非吾小天下,才高而已;非吾纵古今,时赋而已;非吾睨九州,宏观而已;三非焉罪?无梦至胜
2楼2012-06-03 15:12:38
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啸天犬

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


Mally89: 金币+1 2012-06-03 15:45:50
Google翻译出来的是基因组支架的意思,不知道放到文中是否合适啊?
天下兴亡,我的责任!
3楼2012-06-03 15:35:04
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readbycandle

木虫 (著名写手)

A thinking worm

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
ldy2140: 金币+5, 翻译EPI+1, 有帮助, scaffold是基因组鸟枪法测序引入的概念 没有确切的翻译 不过还是谢谢你了 2012-06-04 21:28:29
也有译为“基因组骨架”、“基因体构架”的。
4楼2012-06-03 19:30:54
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