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ldy2140

金虫 (小有名气)

[求助] scaffold在分子生物学领域是什么意思

查生物信息学的数据库时经常会看到这个单词scaffold，有时会以genomic scaffold出现，查过字典给的解释是脚手架、支架。不知所云，望指点。
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伸手摘星，未必你如愿，但不会弄脏你的手。
1楼 2012-06-03 14:26:54
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ldy2140

金虫 (小有名气)
给你举个例子，比如一个基因组大小是1M，测序得到若干条reads，这些reads进行拼接，如果完全可以拼接起来，中间没有gap的序列称为contig，即连续的意思。如果中间有gap,但是可以知道gap的长度，这样的序列就叫做scaffold, 即脚手架（非连续）的意思。
然后把contig和scaffold从长到短进行排列，然后相加，当恰好加到1M的50%，也就是500k的时候，那一条contig或者scaffold的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。很明显这个数值越大说明组装的质量越好。
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伸手摘星，未必你如愿，但不会弄脏你的手。
5楼2013-05-13 14:27:06
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古可ぷ

荣誉版主 (文坛精英)

优秀区长优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
Mally89: 金币+1 2012-06-03 15:45:41
基因组支架
基因组支架
基因组支架
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非吾小天下，才高而已；非吾纵古今，时赋而已；非吾睨九州，宏观而已；三非焉罪？无梦至胜
2楼2012-06-03 15:12:38
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啸天犬

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
Mally89: 金币+1 2012-06-03 15:45:50
Google翻译出来的是基因组支架的意思，不知道放到文中是否合适啊？
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天下兴亡，我的责任！
3楼2012-06-03 15:35:04
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readbycandle

木虫 (著名写手)

A thinking worm

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
ldy2140: 金币+5, 翻译EPI+1, ★有帮助, scaffold是基因组鸟枪法测序引入的概念 没有确切的翻译 不过还是谢谢你了 2012-06-04 21:28:29
也有译为“基因组骨架”、“基因体构架”的。
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4楼2012-06-03 19:30:54
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