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lavinia金虫 (正式写手)
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[求助]
固体表面吸附计算
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大家好！请教个问题，我按照如下步骤进行固体表面有机分子吸附操作： 1. 晶体结构构建：由ICSD数据库下载cif文件后倒入，几何优化 2.表面剪切： Build | Surfaces/ cleave surface 3.分配立场：Discover/ set up/ typing 4.固定非表面原子，进行Discover/minimizer优化 5. 建超晶胞 6.此时所加真空层厚度为0 7.构建有机分子，建立一个空的晶体结构(此晶格参数与1的晶格参数同，对吗？)，并把有机分子放入晶格中（Amorphous cell/ caculation/packing） 8.将步骤7所得有机分子与步骤6所得晶体表面上（所用模块为Amorphous cell/ caculation/packing），结果出错提示：Unable to run Amorphous Cell. The density is too small. Ensure that the density is above the framework density. 请问如何改正8的错误呢？另外，步骤7将有机小分子放进空盒子后，发现此盒子不能完全容纳此分子，怎么办？步骤6为什么把真空层厚度设为0？ |
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 第一性原理 | 催化与分子模拟 |
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lavinia
2楼2012-06-01 22:10:57