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huangshuang1

木虫 (著名写手)

我想请问一下楼主,我用怎样只选择我的水分子作为研究对象啊,我选不好,要么就把聚合物中的氧也一起选了
11楼2012-09-09 13:57:40
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by huangshuang1 at 2012-09-09 13:57:40
我想请问一下楼主,我用怎样只选择我的水分子作为研究对象啊,我选不好,要么就把聚合物中的氧也一起选了

先看一下你的properties窗口,对比一下水分子和聚合物中有什么性质是不一样的。举个例子,看看水分子中的氧的力场跟你聚合物中的氧是不是一样,假如不一样,你可以试一下Atom Selelction,里面的Select by property中选择forcefield type,把水分子的氧的力场填进去,然后按select,这是氧都被选中,然后再在你的图中,右键选择select fragment(好像是这个,有好几个select,你试一下哪个是吧),这样就把水都选中了。

还有一种就是先在保证水分子的xsd文件处于打开的状态,然后也保证你的动力学运行的轨迹文件处于打开(active)的状态,再点击find pattern。上面pattern document选择你保存的水分子,然后下面match property选择ElementType,转向轨迹文件,点击find就可以了。不过貌似这种选择会对set造成一定影响。

还有个肯定能行的方法,就是是一个一个点……啰啰嗦嗦讲了一大堆,希望帮到你吧~

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12楼2012-09-09 20:03:07
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huangshuang1

木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by liangjun44 at 2012-09-09 20:03:07
先看一下你的properties窗口,对比一下水分子和聚合物中有什么性质是不一样的。举个例子,看看水分子中的氧的力场跟你聚合物中的氧是不是一样,假如不一样,你可以试一下Atom Selelction,里面的Select by propert ...

十分谢谢版主啊!方法我大概知道了,还是有一点疑问:
   我现在的聚合物中氧的立场都不一样,水分子在加入到AC模拟盒前和模拟盒后的立场也不一样,我只进行了Discover的优化过程,怎么会出现这种情况,这个立场是怎么出现的???  
  初学,请过见谅。
13楼2012-09-09 21:15:35
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by huangshuang1 at 2012-09-09 21:15:35
十分谢谢版主啊!方法我大概知道了,还是有一点疑问:
   我现在的聚合物中氧的立场都不一样,水分子在加入到AC模拟盒前和模拟盒后的立场也不一样,我只进行了Discover的优化过程,怎么会出现这种情况,这个立场是 ...

Discover,就是动力学模拟的模块,跑动力学都要给你的结构分配力场才能计算一些列的参数(原理可以参考一些动力学的资料)。Discover可以设置自动分配力场或者手动分配,一般默认自动分配的,当然也可以手动,而且手动的机会话出错会少点。
你是想优化前后力场都一样吗?
我也是初学的,很明白不懂的痛苦,欢迎多交流~
还有,我不是版主,版主他会不会以为我想夺他的位置的(版主请自动忽略这段)
14楼2012-09-09 23:09:35
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