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huangshuang1

木虫 (著名写手)
我想请问一下楼主，我用怎样只选择我的水分子作为研究对象啊，我选不好，要么就把聚合物中的氧也一起选了
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11楼2012-09-09 13:57:40
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by huangshuang1 at 2012-09-09 13:57:40
我想请问一下楼主，我用怎样只选择我的水分子作为研究对象啊，我选不好，要么就把聚合物中的氧也一起选了

先看一下你的properties窗口，对比一下水分子和聚合物中有什么性质是不一样的。举个例子，看看水分子中的氧的力场跟你聚合物中的氧是不是一样，假如不一样，你可以试一下Atom Selelction，里面的Select by property中选择forcefield type，把水分子的氧的力场填进去，然后按select，这是氧都被选中，然后再在你的图中，右键选择select fragment（好像是这个，有好几个select，你试一下哪个是吧），这样就把水都选中了。

还有一种就是先在保证水分子的xsd文件处于打开的状态，然后也保证你的动力学运行的轨迹文件处于打开（active）的状态，再点击find pattern。上面pattern document选择你保存的水分子，然后下面match property选择ElementType，转向轨迹文件，点击find就可以了。不过貌似这种选择会对set造成一定影响。

还有个肯定能行的方法，就是是一个一个点……啰啰嗦嗦讲了一大堆，希望帮到你吧~
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huangshuang1
12楼2012-09-09 20:03:07
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huangshuang1

木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by liangjun44 at 2012-09-09 20:03:07
先看一下你的properties窗口，对比一下水分子和聚合物中有什么性质是不一样的。举个例子，看看水分子中的氧的力场跟你聚合物中的氧是不是一样，假如不一样，你可以试一下Atom Selelction，里面的Select by propert ...

十分谢谢版主啊！方法我大概知道了，还是有一点疑问：
   我现在的聚合物中氧的立场都不一样，水分子在加入到AC模拟盒前和模拟盒后的立场也不一样，我只进行了Discover的优化过程，怎么会出现这种情况，这个立场是怎么出现的？？？  
  初学，请过见谅。
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13楼2012-09-09 21:15:35
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by huangshuang1 at 2012-09-09 21:15:35
十分谢谢版主啊！方法我大概知道了，还是有一点疑问：
   我现在的聚合物中氧的立场都不一样，水分子在加入到AC模拟盒前和模拟盒后的立场也不一样，我只进行了Discover的优化过程，怎么会出现这种情况，这个立场是 ...

Discover，就是动力学模拟的模块，跑动力学都要给你的结构分配力场才能计算一些列的参数（原理可以参考一些动力学的资料）。Discover可以设置自动分配力场或者手动分配，一般默认自动分配的，当然也可以手动，而且手动的机会话出错会少点。
你是想优化前后力场都一样吗？
我也是初学的，很明白不懂的痛苦，欢迎多交流~
还有，我不是版主，版主他会不会以为我想夺他的位置的（版主请自动忽略这段）
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14楼2012-09-09 23:09:35
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