应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » ms中的一个问题
142/2返回列表上一页12
查看: 1720  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

huangshuang1

木虫 (著名写手)
我想请问一下楼主，我用怎样只选择我的水分子作为研究对象啊，我选不好，要么就把聚合物中的氧也一起选了
赞一下 回复此楼
11楼2012-09-09 13:57:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangjun44

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by huangshuang1 at 2012-09-09 13:57:40
我想请问一下楼主，我用怎样只选择我的水分子作为研究对象啊，我选不好，要么就把聚合物中的氧也一起选了

先看一下你的properties窗口，对比一下水分子和聚合物中有什么性质是不一样的。举个例子，看看水分子中的氧的力场跟你聚合物中的氧是不是一样，假如不一样，你可以试一下Atom Selelction，里面的Select by property中选择forcefield type，把水分子的氧的力场填进去，然后按select，这是氧都被选中，然后再在你的图中，右键选择select fragment（好像是这个，有好几个select，你试一下哪个是吧），这样就把水都选中了。

还有一种就是先在保证水分子的xsd文件处于打开的状态，然后也保证你的动力学运行的轨迹文件处于打开（active）的状态，再点击find pattern。上面pattern document选择你保存的水分子，然后下面match property选择ElementType，转向轨迹文件，点击find就可以了。不过貌似这种选择会对set造成一定影响。

还有个肯定能行的方法，就是是一个一个点……啰啰嗦嗦讲了一大堆，希望帮到你吧~
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

huangshuang1
12楼2012-09-09 20:03:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huangshuang1

木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by liangjun44 at 2012-09-09 20:03:07
先看一下你的properties窗口，对比一下水分子和聚合物中有什么性质是不一样的。举个例子，看看水分子中的氧的力场跟你聚合物中的氧是不是一样，假如不一样，你可以试一下Atom Selelction，里面的Select by propert ...

十分谢谢版主啊！方法我大概知道了，还是有一点疑问：
   我现在的聚合物中氧的立场都不一样，水分子在加入到AC模拟盒前和模拟盒后的立场也不一样，我只进行了Discover的优化过程，怎么会出现这种情况，这个立场是怎么出现的？？？  
  初学，请过见谅。
赞一下 回复此楼
13楼2012-09-09 21:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangjun44

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by huangshuang1 at 2012-09-09 21:15:35
十分谢谢版主啊！方法我大概知道了，还是有一点疑问：
   我现在的聚合物中氧的立场都不一样，水分子在加入到AC模拟盒前和模拟盒后的立场也不一样，我只进行了Discover的优化过程，怎么会出现这种情况，这个立场是 ...

Discover，就是动力学模拟的模块，跑动力学都要给你的结构分配力场才能计算一些列的参数（原理可以参考一些动力学的资料）。Discover可以设置自动分配力场或者手动分配，一般默认自动分配的，当然也可以手动，而且手动的机会话出错会少点。
你是想优化前后力场都一样吗？
我也是初学的，很明白不懂的痛苦，欢迎多交流~
还有，我不是版主，版主他会不会以为我想夺他的位置的（版主请自动忽略这段）
赞一下 回复此楼
14楼2012-09-09 23:09:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liangjun44 的主题更新
142/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:58 by C79jjtjAKjEn
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 6/300 2026-09-15 07:38 by C79jjtjAKjEn
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:34 by C79jjtjAKjEn
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:14 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 6/300 2026-09-15 07:14 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-15 06:49 by 5BDX0d0WFp7t
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-15 06:38 by 5BDX0d0WFp7t
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:02 by 5BDX0d0WFp7t
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-15 05:34 by 5BDX0d0WFp7t
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 01:21 by mibUvS8DDCwf
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 23:13 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:45 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:36 by vZfe6xYu34yj
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭