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【转载】常用生物软件简介
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1． Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。 g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。 i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。 网址： http://www.oligo.net/ 2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。 Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。 BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。 AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept和ASCII Text。 ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直 接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBank、EMBL或FASTA文件。 Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、Blast Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。 网址： http://www.informaxinc.com/solutions/vectornti/index.html 3． DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主要由7部分组成： EditSeq①：用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的工具，同时还具有编辑已有序列的功能。EditSeq可识别FASTA, Genbank, ABI, GCG以及ASCII Text文件，同时也支持键盘输入和直接从自动序列分析图谱上读取序列。 ②MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理实验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。 GeneQuest③：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序列和酶切位点等。 MegAlign④：对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种不同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输出进化树和进化距离等数据。 Protean⑤：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功能区的预测功能。 PrimerSelect⑥：设计PCR引物、测序引物和探针。 SeqMan II⑦：多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼接。在拼接前可以对序列进行修正，对自动测序的序列结果可除去污染序列或载体序列。 网址： http://www.dnastar.com/ 4． GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，它不能对多个序列以某种算法进行自动比较，但是能对其他软件的比较结果进一步处理。如编辑和修改，用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，并输出各种漂亮的图形格式；还进一步可以报告为进化树的格式。 网址： http://www.psc.edu/biomed/genedoc/ 5． DNAman是一个专业序列分析软件包，与Windows95/98Me/NT/2000完美兼容，功能强大且容易上手；更难能可贵的是，它提供了目前最好的质粒作图及克隆路线绘制组件。DNAman的功能包括：DNA和蛋白质序列的编辑；DNA序列文件格式的转换；多个序列（包括DNA和蛋白质序列）的同源比较以及对比较结果的编辑分析等；进化树的绘制和分析；DNA或蛋白质序列的点阵比较；DNA序列的拼接及分析；实现与INTERNET的无缝连接，直接完成Blast等工作；Motif查找；限制性酶谱分析；根据不同MM子表 完成DNA－蛋白质的翻译；蛋白质理化特性分析及二级结构预测；PCR引物及探针的设计和评估；绘制高质量的质粒图谱和克隆路线图。 网址： http://www.lynnon.com/pc/framepc.html 6． Winplas 2.7一般用来绘制发表质量的质粒图，结果用作论文或教材等的质粒插图。其特性包括：可以根据已知序列自动生成质粒图，也可以根据要求直接绘制质粒图；可读入目前大部分的序列格式文件，直接引入序列信息；绘图功能包括：位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形序列绘制；结果可输出到剪贴板从而插入文档，并可输出为各种图像文件。 网址： http://www.goldsteinsoftware.com/winplas.html 7． Reference Manager是一个搜索和管理文献的工具软件，可以通过在线关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料, 同时保存查找的资料为本地文件，以利于管理。它可以与WORD挂接，从而在文档编辑的过程中直接从Reference Manager查找并插入引用。 网址： http://www.refman.com/ 8． Melanie 3是著名的Melanie 2D电泳图谱分析软件包的第3代产品，由瑞士生物信息研究院开发。它为2D凝胶图谱的分析、注解和查询提供了一个All－in－one的解决方案。该软件包使用方便，功能强大，为各种简单的或大尺度的2D凝胶图谱的比较研究提供全面的分析手段。该软件包的构思和功能同时满足了专家和初学者的需要，重要的是它对凝胶图谱的自动和交互式的分析方式，极大地方便了用户的使用。无论是对凝胶的识别、定量还是匹配，Melanie都能胜任。内容广泛的注解方案、高超的统计和分类能力、万能的搜索引擎和智能的报告功能，使得该软件成为了名副其实的新一代2D凝胶分析软件。事实上，一般科研工作者研究的数据来源是多渠道的，为了满足这种需要，Melanie 3支持大多光谱测定数据，同时通过本地网络或Internet网，实现了与其他外部数据链接。 网址： http://www.expasy.ch/melanie/ 9． TotalLab是一个完整的图像分析应用程序包，随着该软件推出和功能的完善，可以说，它将会带来实验室的一场革命。TotalLab软件包由几大部本集合而成，它们是：1D电泳图谱分析，基因芯片分析，菌落计算和扫描功能。每一个组件都从同一界面运行，该界面被称为TotalLab控制中心。也就是说，TotalLab可以直接分析1D凝胶图谱、点杂交、微量滴定板、其他阵列以及通过扫描仪得到的菌落图像等等。 其实，给人印象最深的特点是它的使用简单的界面。TotalLab是目前实验室使用软件中最友好的一个，程序中的分析功能都设计得尽可能地灵活且操作简单。该软件所分析的图像可通过各种图像摄取设备输入，无论是复杂的射线图及荧光图谱，还是标准的凝胶自动成像系统 和桌面扫描仪，都能被自动识别。正是由于TotalLab功能强，使用简便，且能与目前的所有Windows系统都能很好地兼容，所以只要一个实验室有了TotalLab，加上紫外灯以及一台数码相机或扫描仪，就可以组建起自己的凝胶自动成像系统。 网址： http://www.totallab.com/ 10． InStat 绝大多数的统计软件都是由统计数家来设计的，其目的也是为了方便统计学家的使用。这些软件都具有各自的个性和极强的功能。但是作为一个普通的科学研究人员，往往被他们那厚厚的说明书、晦涩的统计学术语和高昂的价格所困。GraphPad InStat与他们不同的是，他是由科学家自己为自己的使用而设计的。下面是你应该选择InStat的四个理由：首先，InStat可以一步一步地引导你地使用，这样就大大方便了你对该软件的掌握，毫不夸张地说，你甚至可以在几秒的时间里学会该软件的使用。第二，InStat可以通过对你的数据提出若干问题的方法来帮助你挑选一个合适的测试方法，你甚至没有必要知道你所需要的测试方法的名字。如果你还没有把握的话，还可以参考软件提供的帮助页面，在里面你将会得到相关统计原因的解释。第三，InStat并不在意你是否是一个专业统计人员，他所最终提供的统计结果是用简单的语言和很少的统计术语来展示。第四，通常，在统计软件中，很容易对一个正确的问题而得到一个错误的回答，为此，InStat提供了一种独特的分析检测列表。你可以两次核对那些没有违反测试假设的数据，以及你所选择的测试方法，当然该方法应该与你的实验设计相匹配。 网址： http://www.graphpad.com/instat3/instat.htm 11． Prism主要包括非线性回归、基础生物统计和科学绘图三个方面的功能。Prism的独特设计会大大提高用户分析、作图和组织实验数据的效率。该软件的突出特点主要有以下几个方面：自动误差校对并从重复估计值中计算出误差值；简单的一步法非线性回归分析；直接从列表中选择方程式，并由Prism完成余下的工作；简单易懂的帮助系统，在每个选择和结果的后面都以显示其基本原理；自动更新，能在数据输入的过程中修复错误，并自动更新结果、图表和版面。自动程序分析，当重复一个实验时，能一步完成改实验的数据分析和图表的绘制；记录所有工作过程，并将记录结果保存为一个特定格式的文件。由于每一步都是有关联的，你可以随时折回以前的工作步骤。 网址： http://www.prism.uvsq.fr/ 12． Origin是一个高级科学绘图和数据分析软件，它具有处理速度快，通用性强和界面友好等特点；同时提供了去除边缘数据功能和各种绘图工具。作为最新的版本，Origin6.0能更好地与Windows系统兼容，同时易用性、功能和速度都有了进一步的提 高。你能很方便地导入数据或者直接打开Excel数据。只需通过简单地点击鼠标，就可以极快且毫不费力地产生一系列地2D和3D曲线图。对着对象双击鼠标，得到一个专用对话框后就可以修改曲线图的组成元素。另外，Origin突出的分析功能还包括各种描述性的统计、区分、综合、筛选、FFT、线性及非线性的曲线装配和最高峰查询等。最终的曲线图可以导出为EPS、AI、JPEG和其他通用的图形文件格式。 网址： http://www.origin.ea.com/ 13． SigmaPlot 在对数据进行长时间的收集和分析后，你就有了简洁而有精确展示结果的需要。可以肯定的是，你能用电子制表或数据分析软件来产生一个图表，但是那样会消耗大量的时间，剩下来真正做研究的时间就会大打折扣。有了SigmaPlot，将会极大地提高你的图表绘制和分析能力，得到发表质量的图表。 科学工作者可根据自己的需要来定制SigmaPlot，从而设计出任何结果输出的解决方案。为此，该软件提供了大量图表绘制分析选项：技术性轴向刻度、多轴显示和多向交叉的3－D图表等等。通过SigmaPlot的智能界面和操作向导，你就可以一步一步地绘制表格同时进行数据分析。在生成个性图表时的灵活性，以及输出结果时的速度，都会超出你的想象。 网址： http://www.spssscience.com/SigmaPlot/index.cfm 14． ChemWindow6.0 是由Bio－Rad公司最新推出的一款化学绘图的综合软件包，它的最大卖点就是能绘制几乎任何复杂程度的化学结构图和化学实验工具器械的示意图。使用ChemWindow，能够绘制出出版质量的化学结构和化学反应图、实验室装备和化学工艺流程图等。为了提高绘图的速度和可操作性，该软件提供了3个不同类别的素材库，它们是：1.分别按名称归类且可编辑的有机化学和药理学结构式，共4500个；2. 130个实验室玻璃器皿构件，极易组合成各种实验设备；3. 250个工程符号，用以构建工艺流程图表。 ChemWindow具有智能化的适时保存工具，使得用户可以在打乱结构图后可以自动复原并显示分子聚合体以及每个片段所在位置。另外，该版本提供了一些新的功能，如：最新标记工具、纽曼设计、角化反应、设计工作台、标签原子和支持真彩色等。 网址： http://www.chemwindow.com/ |
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