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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 蛋白质二级结构、三级结构的预测
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)

[交流] 蛋白质二级结构、三级结构的预测

最近得到一段氨基酸序列（大概100多个氨基酸），不是某个蛋白的氨基酸全序列。  像这样的氨基酸序列能对它进行蛋白质的高级结构分析吗？   如果能的话，一般用什么软件（可以发英文文章的软件），谢谢各位大侠！！！！
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1楼 2012-05-26 18:15:15
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imyting

至尊木虫 (正式写手)
★
wushuwei1104(金币+1): 谢谢参与
在线工具swiss-model，还有DS、MOE等软件
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2楼2012-05-26 18:47:41
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muyan325

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
用这个可以预测高级结构
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3楼2012-05-26 21:48:22
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by imyting at 2012-05-26 18:47:41
在线工具swiss-model，还有DS、MOE等软件

如果是片段的话 对其高级结构预测不会有什么问题吧！（比如说跟全长相比较，不会有什么出入吧！）  会不会出现因为是小的氨基酸片段而和跟全长相比的话会预测不准确！
还有除了对其2级和高级结构进行预测外，还能不能做小片段氨基酸序列的其他预测（信号肽，亲水性等等）。  
谢谢各位大侠！
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4楼2012-05-26 22:00:55
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by muyan325 at 2012-05-26 21:48:22
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
用这个可以预测高级结构

如果是片段的话 对其高级结构预测不会有什么问题吧！（比如说跟全长相比较，不会有什么出入吧！）  会不会出现因为是小的氨基酸片段而和跟全长相比的话会预测不准确！
还有除了对其2级和高级结构进行预测外，还能不能做小片段氨基酸序列的其他预测（信号肽，亲水性等等）。  
谢谢各位大侠！
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5楼2012-05-26 22:01:16
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muyan325

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by wushuwei1104 at 2012-05-26 22:01:16
如果是片段的话 对其高级结构预测不会有什么问题吧！（比如说跟全长相比较，不会有什么出入吧！）  会不会出现因为是小的氨基酸片段而和跟全长相比的话会预测不准确！
还有除了对其2级和高级结构进行预测外，还能 ...

可以先预测一下看看，如果这个片段是主要的功能区域就没有问题，将预测结构跟全蛋白的进行叠加一下，看一下立体结构的同源性高不高。
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6楼2012-05-26 22:22:46
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xiaoxiuqing

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by muyan325 at 2012-05-26 22:22:46
可以先预测一下看看，如果这个片段是主要的功能区域就没有问题，将预测结构跟全蛋白的进行叠加一下，看一下立体结构的同源性高不高。...

请问这个如何叠加呀？谢谢
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7楼2012-05-28 16:33:16
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muyan325

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaoxiuqing at 2012-05-28 16:33:16
请问这个如何叠加呀？谢谢...

用COOT，不过我不会操作，我们老师帮我做过叠加
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8楼2012-05-28 19:01:16
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wdfdtk9楼
2012-08-01 17:50   回复  
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