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我以51个菌株的4个基因序列为材料，采用seqmatrix进行的多个基因的拼接，比对软件用的在线的Mafft，建树软件用PAUP，
批处理命令如下：
begin paup;
[exset * exclude = ;
delete /only; ]
log file=123.txt replace=yes;
pset collapse=minbrlen;
[ctype 1.5_1:all;]
set maxtrees=5000 increase=no;
outgroup CBS560.81;
set criterion=parsimony;
hsearch addseq=random nreps=1000; roottrees outroot=monophyl;
savetrees brlens=yes file=MP.tre replace=yes;
pscores ALL/ci=yes tl=yes hi=yes rc=yes ri=yes khtest=yes;
bootstrap nreps=1000 Keepall=yes / AddSeq=random nreps=10;
roottrees outroot=monophyl;
savetrees file=BT.tre from=1 to=1 savebootp=both maxdec=0 replace=yes;
end;
最后得到的树的文件经mega软件不显示掉<50%的步长值，结果为附件temp.tre，
参考文献里面的树为附件tree in reference.tre,
结果与问题：
我建的系统树的拓扑结构与文献里基本一致，但是我的树形与参考文献差别太大，我试过了figtree，treeview，mega都没办法将系统树转化为文献里的样式。不知是我自己的建树命令与参考文献（见图1）差别太大还是我转化不了。
![寻找找一个在分子生物学实验方面有经验的前辈]()
图1.png
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- 附件 1 : temp.pdf
2016-10-29 12:44:41, 24.62 K
- 附件 2 : tree_in_reference.pdf
2016-10-29 12:44:41, 212.61 K
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