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zhanghh1127

金虫 (正式写手)

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专业: 生物信息学

[求助] 寻找找一个在分子生物学实验方面有经验的前辈

学生刚刚开始做分子生物学方面的实验，有关方面了解的不是很多，但是现行的实验难度较大，因此学生想找一个在分子生物学（PCR，基因序列比对，建树，分析等方面）有经验的前辈作为老师，想着平时有什么不会的地方可以相助谢谢

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依照责任与担当而活

1楼2012-05-25 01:09:10

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zhanghh1127

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引用回帖:

9楼: Originally posted by mark870625 at 2012-05-26 14:18:30
建树建了2年了,需要帮助可以问我.我导师是这方面的大牛

我以51个菌株的4个基因序列为材料，采用seqmatrix进行的多个基因的拼接，比对软件用的在线的Mafft，建树软件用PAUP，
批处理命令如下：
begin paup;

   [exset * exclude =  ;
   delete /only; ]

   log file=123.txt replace=yes;
   pset collapse=minbrlen;
   [ctype 1.5_1:all;]
   set maxtrees=5000 increase=no;
   outgroup  CBS560.81;
   set criterion=parsimony;

   hsearch addseq=random  nreps=1000; roottrees outroot=monophyl;
   savetrees brlens=yes file=MP.tre replace=yes;
   pscores ALL/ci=yes tl=yes hi=yes rc=yes ri=yes khtest=yes;

   bootstrap nreps=1000 Keepall=yes / AddSeq=random nreps=10;
   roottrees outroot=monophyl;
   savetrees file=BT.tre from=1 to=1 savebootp=both maxdec=0 replace=yes;

end;
最后得到的树的文件经mega软件不显示掉<50%的步长值，结果为附件temp.tre，
参考文献里面的树为附件tree in reference.tre,

结果与问题：
   我建的系统树的拓扑结构与文献里基本一致，但是我的树形与参考文献差别太大，我试过了figtree，treeview，mega都没办法将系统树转化为文献里的样式。不知是我自己的建树命令与参考文献（见图1）差别太大还是我转化不了。