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黑色华金虫 (小有名气)
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Improved mapping of protein binding sites Summary Computational mapping methods place molecular probes – small molecules or functional groups – on a protein surface in order to identify the most favorable binding positions by calculating an interaction potential. Mapping is an important step in a number of flexible docking and drug design algorithms. Wehave developed improved algorithms for mapping protein surfaces using small organic molecules as molecular probes. The calculations reproduce the binding of eight organic solvents to lysozyme as observed by NMR, as well as the binding of four solvents to thermolysin, in good agreement with x-ray data. Application to protein tyrosine phosphatase 1B shows that the information provided by the mapping can be very useful for drug design. We also studied why the organic solvents bind in the active site of proteins, in spite of the availability of alternative pockets that can very tightly accommodate some of the probes. A possible explanation is that the binding in the relatively large active site retains a number of rotational states, and hence leads to smaller entropy loss than the binding elsewhere else. Indeed, the mapping reveals that the clusters of the ligand molecules in the protein’s active site contain different rotational-translational conformers, which represent different local minima of the free energy surface. In order to study the transitions between different conformers, reaction path and molecular dynamics calculations were performed. Results show that most of the rotational states are separated by low free energy barriers at the experimental temperature, and hence the entropy of binding in the active site is expected to be high. |
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【答案】应助回帖
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黑色华: 金币+5, 翻译EPI+1, ★有帮助, mapping 一个动词噢~ 2012-05-09 09:15:54
爱与雨下: 金币+1 2012-05-10 18:40:13
sltmac: 金币+25 2012-05-26 10:52:22
黑色华: 金币+5, 翻译EPI+1, ★有帮助, mapping 一个动词噢~ 2012-05-09 09:15:54
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sltmac: 金币+25 2012-05-26 10:52:22
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蛋白结合位点的改进的映射 总结： 计算映射法固定探针分子 — — 小分子或官能团 — — 通过计算潜在的蛋白表面相互作用上确定最有利的绑定位置。用小分子蛋白表面或有机官能团映射是大量的柔性对接和药物设计算法的重要一步。 我们使用分子探针的有机小分子蛋白表面开发改进的映射算法。我们计算在x 射线数据良好协议中有机溶剂对溶菌酶核磁共振，观察绑定的现象，以及对嗜热菌蛋白酶和四个溶剂的绑定的影响。蛋白酪氨酸磷酸酶 1B 的应用显示映射所提供的资料可以是非常有用的药物设计。我们还研究为何有机溶剂中的蛋白质可以替代绑定非常紧密的探针以及某些探测器。一个可能的解释是相对较大的活动网状结构中绑定保留一些旋转的空间，因此导致小熵损失比其他地方的绑定更加稳定。事实上，映射揭示了蛋白质的活动网状结构中配体分子的群集，它包含了不同的旋转平面，代表着不同的表面自由能的局部极小值。为了研究不同形式的转换，我们进行了反应路径和分子动力学的计算。结果显示大多数旋转分隔低，能源壁垒高，因此绑定的熵预计要高。 |
2楼2012-05-08 23:48:17
黑色华
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题目里面有点不对劲啊3楼2012-05-09 09:13:53
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5楼2012-05-10 16:21:34
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6楼2012-05-10 17:07:23
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