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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 用Trinity进行de novo拼装
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七八月的阳光

铜虫 (初入文坛)

[交流] 用Trinity进行de novo拼装

最近在公司做了转录组测序，植物样本，illumina Hiseq2000，三个样本共100M的clean reads，一起拼接。该公司用Trinity软件进行de novo拼接，拼出来contigs达40多万条，后来又用CD-HIT进行聚类，结果仍有30多万条，其中包含很多转录本的存在。从文献中看一般植物转录组de novo拼接也就几万条序列，太多的转录本会影响到后面表达量的比较。不知道是由于Trinity这个拼接软件的原因还是其他什么原因。
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1楼 2012-04-11 16:40:10
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
七八月的阳光: 金币+3, 十分感谢这些天来给的意见！ 2012-04-17 08:14:20
我个人感觉数据可靠性的高低，和你的contig长度/数量没有直接关系呢？
你现在contig比较多的原因是因为：1 通量不足以拼的好；2 二代高通量读长比较短； 3 转录组本身de novo拼接就不好弄，并不能看出来怎么质量就不好了。
极端一点，丝毫不去拼接，直接拿reads去做定量，也没有问题啊（不过一般是在有ref的情况下）
你是不是多虑了？
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15楼2012-04-16 19:52:12
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
植物的基因组多大呢？
contig的N50有多少？
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2楼2012-04-11 16:50:53
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七八月的阳光

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-11 16:50:53:
植物的基因组多大呢？
contig的N50有多少？

不知道呢，可能很大，有90多条染色体。
选取的contig为200bp以上，N50为558
不知道是不是和多倍体重复基因有关系
第一次发金币，发出去了吗？
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3楼2012-04-11 16:57:55
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zhaohq1209: 金币+4, 学习了~欢迎继续交流哈 2012-04-13 11:28:17
我个人感觉是你的测序深度太小，而不是软件的问题，即便把其他的拼接软件都用一遍，也不会有什么明显改善。
如果你想把contig尽量拼好一点，进行项目的时候就应该和公司讨论好。才100M的reads，不够的。看看文献上的测序量有多少？
不过转录组本来也不要求拼长，直接去比对也可以的。你如果是觉得contig太多，就过滤一下吧，比如，选400bp以上的？
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4楼2012-04-12 08:26:10
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