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huangyc

木虫 (正式写手)

[求助] vasp编译

5.2用这个makefile编成功了（见http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4337710）
同样的makefile竟然再编的时候出现
mpif90 -FR -lowercase -O1 -c wave_high.f90
PP)
/bin/sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `)'
/bin/sh: -c: line 0: `PP)'
make: *** [symmetry.o] Error 2
错误。这个错误网上基本没有参考，不知什么原因

重新编译主要是由于INCAR中用ALGO=F或38时，出现
rank 1 in job 13  node2_46637   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 11
错误。
用IALGO=48没有问题

请给意见，谢谢

[ Last edited by huangyc on 2012-4-7 at 18:25 ]
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1楼 2012-04-07 18:20:09
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-07 19:45:24
huangyc: 金币+5, ★有帮助 2012-04-08 15:12:12
这两次编译的差别在什么地方？
如果是同一台机器，同样的编译环境的话，不应该出现这样的问题啊
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2楼2012-04-07 18:43:30
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huangyc

木虫 (正式写手)
所以感觉很怪异啊
同一个文件夹下，上次刚把vasp编译出来
测试的时候用晶胞在DIV下能正确收敛并得到正确能量，现在计算slab时能量正值，无法收敛，且DIV不能再用
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3楼2012-04-07 19:37:57
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
uuv2010: 金币+1, 正解~多谢~ 2012-04-07 20:38:19
huangyc: 金币+5, ★有帮助 2012-04-08 15:12:21
编译前请make clean(具体可以查看makefile中的clean段)
且  rm  *.f90


然后重新make
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4楼2012-04-07 19:47:28
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huangyc

木虫 (正式写手)
还是不行
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5楼2012-04-07 21:40:33
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huangyc

木虫 (正式写手)
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-07 23:05:03
编译的事情真诡异！上面的问题还要如此！我重新改了makefile（换库）又成功编译出。运行算例仍然是能量正值，且ALGO=38和Fast不能用（rank 1 in job 13  node2_46637   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 11）

找了半天原因，发现是机器超线程的原因

按照out的警告。加上NPAR=核的平方即可

一切问题皆解决
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6楼2012-04-07 22:58:51
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
引用回帖:
6楼: Originally posted by huangyc at 2012-04-07 22:58:51:
编译的事情真诡异！上面的问题还要如此！我重新改了makefile（换库）又成功编译出。运行算例仍然是能量正值，且ALGO=38和Fast不能用（rank 1 in job 13  node2_46637   caused collective abort of all ranks
   ...

NPAR=核的平方根吧？
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7楼2012-04-08 15:31:54
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huangyc

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by uuv2010 at 2012-04-08 15:31:54:
NPAR=核的平方根吧？

嗬，还真是平方根呢。昨晚一兴奋没太注意，谢谢提醒

我的机器双路四核，NPAR设置多少合适啊。另外，大家机器的超线程是不是禁止启动呢

谁能顺便说下LZ出现这个问题的原因呢
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8楼2012-04-08 20:45:10
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