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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » relax计算停住了。大家看看是怎么回事
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pariah: 金币+5 2012-04-07 09:39:34
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教 2012-04-07 10:12:09
这是计算资源不足的明显表现。
如果你多用核，应该就会很快跳过。
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11楼2012-04-06 23:18:34
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢回帖交流！ 2012-04-07 10:12:23
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11楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-04-06 23:18:34:
这是计算资源不足的明显表现。
如果你多用核，应该就会很快跳过。

不过一般计算资源不足不是容易卡在
“Starting wfc are xxxx randomized atomic wfcs”
这里么~
LZ的体系并不大，卡在Dense grid xxxx G-vectors这里，怎么看也不像是计算资源不足的样子，毕竟都使用了6个核心计算了……并且就算计算机也被别人同时用着，按照Linux的CPU分配，跑上几个小时以上这一步也应该过去了吧……
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思想重于技巧，内涵重于表象
12楼2012-04-07 01:20:36
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢回帖交流！ 2012-04-07 10:12:38
引用回帖:
12楼: Originally posted by souledge at 2012-04-07 01:20:36:
不过一般计算资源不足不是容易卡在
“Starting wfc are xxxx randomized atomic wfcs”
这里么~
LZ的体系并不大，卡在Dense grid xxxx G-vectors这里，怎么看也不像是计算资源不足的样子，毕竟都使用了6个核心 ...

卡在“Dense grid xxxx G-vectors”正式由于计算资源不足的表现，那是因为使用的k点太多所致。你单机算一个例子，如果你使用很密的k点，也很容易导致这个问题。何况楼主的体系，对单机而言，体系不算小，电子数目也不少。
还有一个问题，lz使用的是USPP的赝势，却没有定义ecutrho. ecutrho默认是ecutwfc的四倍。而且体系中有Ba这个元素，ecutwfc=40貌似有些小。最好做一个测试。
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13楼2012-04-07 02:19:32
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pariah

铜虫 (小有名气)
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13楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-04-07 02:19:32:
卡在“Dense grid xxxx G-vectors”正式由于计算资源不足的表现，那是因为使用的k点太多所致。你单机算一个例子，如果你使用很密的k点，也很容易导致这个问题。何况楼主的体系，对单机而言，体系不算小，电子数目 ...

我单机是48个核心的，我奇怪的是他并没有占有内存，而是一味的占用了6个cpu，所以我觉得并不是时间长了就会过去的。
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14楼2012-04-07 09:06:06
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pariah

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by souledge at 2012-04-06 16:54:17:
可以在编译时使用内部库：
--with-internal-blas
--with-internal-lapack
PWscf自带了这些线性数学库，并且这两个库的质量还很不错。经常用这两个库编译静态的VASP，测试与使用动态MKL连接的VASP计算速度没有 ...

那请问如果我中间换成ifort，mpich2用不用重新编译？export FC=ifort一下？这个有必要吗？
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15楼2012-04-07 09:07:28
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
fzx2008: 金币+1, 专家考核, 谢谢回帖交流！ 2012-04-07 10:13:02
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15楼: Originally posted by pariah at 2012-04-07 09:07:28:
那请问如果我中间换成ifort，mpich2用不用重新编译？export FC=ifort一下？这个有必要吗？

不清楚MPICH的挂载ifort的方式，反正编译一下也就是十分钟的事~编译的时候configure FC=ifort就可以指定了。直接F90=ifort不知道管不管用~
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思想重于技巧，内涵重于表象
16楼2012-04-07 09:53:16
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教 2012-04-07 10:13:40
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13楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-04-07 02:19:32:
卡在“Dense grid xxxx G-vectors”正式由于计算资源不足的表现，那是因为使用的k点太多所致。你单机算一个例子，如果你使用很密的k点，也很容易导致这个问题。何况楼主的体系，对单机而言，体系不算小，电子数目 ...

用台机（一直都用台机，老板到现在不批钱至少买个高端台机）算过60来个原子体系的，用7x7x7的K点，USPP赝势，45Ry+450Ry，0.01Ry的MP Smearing，耗费内存10GB左右，使用六个核心，卡在开始生成波函的地方十几分钟以上才开始进入SCF步~不过限制G向量网格时真没碰到问题~
原子中有Ti和W，都是考虑了半芯态生成的~整个电子数目还是非常多的~
这个过程有点类似VASP中，如果是在FFT planing那里挂的，可能就是编译问题多点；如果是reading WAVCAR挂的，可能是编译问题，也可能是资源问题了，要看具体情况了~
个人理解~
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思想重于技巧，内涵重于表象
17楼2012-04-07 09:58:48
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pariah

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by souledge at 2012-04-07 09:53:16:
不清楚MPICH的挂载ifort的方式，反正编译一下也就是十分钟的事~编译的时候configure FC=ifort就可以指定了。直接F90=ifort不知道管不管用~

还是喜欢直接 yum install～～ 0 0 汗 呵呵
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18楼2012-04-07 10:18:48
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souledge

专家顾问 (著名写手)
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18楼: Originally posted by pariah at 2012-04-07 10:18:48:
还是喜欢直接 yum install～～ 0 0 汗 呵呵

用的什么系统？我这里有静态编译好的PGI版的pw.x，如果你的系统内核不是太老或者太新的，应该可以能直接运行试一下~
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思想重于技巧，内涵重于表象
19楼2012-04-07 10:44:22
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by souledge at 2012-04-07 09:58:48:
用台机（一直都用台机，老板到现在不批钱至少买个高端台机）算过60来个原子体系的，用7x7x7的K点，USPP赝势，45Ry+450Ry，0.01Ry的MP Smearing，耗费内存10GB左右，使用六个核心，卡在开始生成波函的地方 ...

好吧，你如果要这么说我就无语了。K点生成后那个地方，对数据交换、CPU和内存要求很高。不同的机器，配置是不同的。你的60个原子的体系，我不知道是何种体系，K点还可以这么密，我非常佩服！60个原子的体系，如果还包括重元素，我即使用天河也要算一天。
呵呵，Dense这个地方，数据通信最重要，因为要分配计算节点。
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20楼2012-04-07 11:29:50
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