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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » tranal程序中空间分布函数SDF输入文件各项代表的意义
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wangding605

木虫 (小有名气)

[求助] tranal程序中空间分布函数SDF输入文件各项代表的意义

参照手册里面的解释，还是没有明白NOI和下面IO1，IO2，IO3，具体代表是什么
• NOI = Defines the number of equivalent local coordinate
systems on the molecule (for example, for DNA SDFs can be defined
around each of phosphate group used as a local basis)
• IO1 = ,,...,
IO2 = ,,...,
IO3 = ,,...,
NOI values in each of these three lines. They define NOI local basises. Each
basis is defined by three sites (for example, ,,. The
center of local coordinate system is set at the first site, the X-axis goes
as a mediana of 2-1-3 angle, and the Z-axis is perpendicular to the plane
defined by these three sites.
水平有限，敬请赐教
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办法总比困难多
1楼 2012-03-30 16:16:51
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wangding605

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 如水.101 at 2012-04-16 09:31:40:
IO1 、IO2 、IO3 是来确定中心原子的或分子的。

现在是确定坐标的已经知道，关键是确定坐标之后有些原子连接是错误的
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办法总比困难多
3楼2012-04-18 17:27:00
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-16 09:33:31
wangding605: 金币+2, ★有帮助 2012-04-18 17:25:41
IO1 、IO2 、IO3 是来确定中心原子的或分子的。
赞一下 回复此楼
勇者无惧无欲则刚
2楼2012-04-16 09:31:40
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-19 09:14:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangding605 at 2012-04-18 17:27:00:
现在是确定坐标的已经知道，关键是确定坐标之后有些原子连接是错误的

你确定“&END”下面的参数都写对了么？
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勇者无惧无欲则刚
4楼2012-04-19 08:53:14
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wangding605

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 如水.101 at 2012-04-19 08:53:14
你确定“&END”下面的参数都写对了么？...

应该是正确的，因为大部分能表示正确
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办法总比困难多
5楼2012-06-05 20:15:11
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